Etude par dynamique moléculaire des interactions de peptides avec des modèles de membranes phospholipidiques

Abstract

Les peptides amphipathiques constituent une famille nombreuse de composés qui agissent sur les cellules du vivant via une perturbation de leurs membranes plasmiques. A travers eux, il existe des peptides cytotoxiques naturels comme la mélittine du venin d'abeille ou la toxine D du Staphylococcus aureus mais aussi des peptides totalement synthétiques contenant seulement Leu ou Lys qui assurent une distribution topologique des acides aminés hydrophiles/hydrophobes similaires à ceux des toxines naturelles. En outre, le mécanisme moléculaire précis responsable de la perméabilité et de la fragmentation des biomembranes est loin d'être connu. A travers plusieurs techniques capables de fournir un renseignement de ce phénomène (du moins des premières étapes) il existe la mécanique moléculaire et la dynamique moléculaire. La première étape sera la construction et l'étude dynamique des modèles de mono et de bicouches de lipides (globalement neutres comme PC et PE ou chargés comme PG ou PS) avec des molécules d'eau explicites dans des conditions limites périodiques (Periodic Boundary Conditions) (boites en 3D). Alors les divers peptides naturels ou synthétiques seront introduits dans ces boites et l'interaction peptide/membrane sera étudiée par dynamique moléculaire.