Optimisation des stratégies d'amélioration génétique du pin maritime grâce à l'utilisation de marqueurs moléculaires

Abstract

Le pin maritime (Pinus pinaster Ait.) est l’une des principales espèces forestières en France, fournissant près d’un quart de la production nationale de bois. Un programme d’amélioration, mis en place dans les années 1960, propose des variétés génétiquement améliorées pour la croissance et la rectitude du tronc.Cette thèse explore la possibilité d’introduire les marqueurs moléculaires dans les stratégies d’amélioration génétique du pin maritime en Aquitaine. Les marqueurs sont utilisés afin de reconstituer a posteriori les pedigrees au sein d’un test de descendance « polycross », pour d’une part vérifier les hypothèses sur lesquelles repose la sélection backward, et d’autre part, pour proposer une stratégie de sélection innovante. Tout d’abord, la reconstitution du pedigree de 984 individus à l’aide de 63 marqueurs SNPs permet de valider les hypothèses de la sélection backward, et montre que les estimations des paramètres génétiques et des valeurs génétiques maternelles, basées sur l’information d’un pedigree partiel ou complet, diffèrent peu. Puis, les meilleurs descendants du test polycross sont présélectionnés et génotypés pour évaluer la faisabilité d’une stratégie de sélection forward. Enfin, des vergers à graines sont simulés selon différentes stratégies de sélection (backward, forward, mixte) afin de comparer les gains génétiques des variétés améliorées ainsi obtenues.Une stratégie de sélection forward chez le pin maritime permettrait d’accélérer les cycles de sélection et d’augmenter la fréquence des sorties variétales. De plus, le jeu de marqueurs SNPs développé dans cette étude est en cours de valorisation dans différentes étapes du programme d’amélioration.