Efficient high order schemes for stiff ODEs in cardiac electrophysiology
DOUANLA LONTSI, Charlie
Modélisation et calculs pour l'électrophysiologie cardiaque [CARMEN]
IHU-LIRYC
Modélisation et calculs pour l'électrophysiologie cardiaque [CARMEN]
IHU-LIRYC
COUDIÈRE, Yves
Modélisation et calculs pour l'électrophysiologie cardiaque [CARMEN]
Institut de Mathématiques de Bordeaux [IMB]
IHU-LIRYC
Modélisation et calculs pour l'électrophysiologie cardiaque [CARMEN]
Institut de Mathématiques de Bordeaux [IMB]
IHU-LIRYC
DOUANLA LONTSI, Charlie
Modélisation et calculs pour l'électrophysiologie cardiaque [CARMEN]
IHU-LIRYC
Modélisation et calculs pour l'électrophysiologie cardiaque [CARMEN]
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COUDIÈRE, Yves
Modélisation et calculs pour l'électrophysiologie cardiaque [CARMEN]
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Modélisation et calculs pour l'électrophysiologie cardiaque [CARMEN]
Institut de Mathématiques de Bordeaux [IMB]
IHU-LIRYC
Langue
en
Article de revue
Ce document a été publié dans
Revue Africaine de Recherche en Informatique et Mathématiques Appliquées. 2018-04-25, vol. Volume 28 - 2018 - 2019 - Mathematics for Biology and the Environment
African Society in Digital Science
Résumé
Dans ce travail, nous analysons le recours aux solveurs exponentiels d’ordre élevé pourdes EDO raides dans le contexte de la modélisation en électrophysiologie cardiaque. Nous nousintéressons en particulier aux schémas ...Lire la suite >
Dans ce travail, nous analysons le recours aux solveurs exponentiels d’ordre élevé pourdes EDO raides dans le contexte de la modélisation en électrophysiologie cardiaque. Nous nousintéressons en particulier aux schémas exponentiels Adams Bashforth et Rush Larsen de l’ordre 2à 4. Ces schémas sont explicites et multi-pas. La précision et le coût de ces méthodes sont analysésnumériquement et comparés avec plusieurs schémas explicites et implicites classiques à diversordres. Cette analyse nous permet de calculer des valeurs informatives qui ont un interêt particulieren électrophysiologie cardiaque: Le temps d’activation (ta), le temps de restitution (tr) et la durée dupotentiel d’action (APD). L’étude est faite à travers le modèle ionique Beeler Reuter, spécialementconçu pour les cellules ventriculaires cardiaques. Nous montrons que malgré la raideur des équations,les schémas exponentiels permettent de faire des calculs à des pas de temps aussi grand quepour des schémas implicites. De plus pour une précision donnée, un gain significatif en terme de coûtest obtenu avec des solveurs exponentiels. Nous concluons qu’il est possible de faire des calculsprécis à des grands échelles de temps avec des schémas explicites d’ordre élevé. Ce qui est unecaractéristique très importante quand il s’agit des EDO raides et non linéaires.< Réduire
Résumé en anglais
In this work we analyze the resort to high order exponential solvers for stiff ODEs in the context of cardiac electrophysiology modeling. The exponential Adams-Bashforth and the Rush-Larsen schemes will be considered up ...Lire la suite >
In this work we analyze the resort to high order exponential solvers for stiff ODEs in the context of cardiac electrophysiology modeling. The exponential Adams-Bashforth and the Rush-Larsen schemes will be considered up to order 4. These methods are explicit multistep schemes.The accuracy and the cost of these methods are numerically analyzed in this paper and benchmarked with several classical explicit and implicit schemes at various orders. This analysis has been led considering data of high particular interest in cardiac electrophysiology : the activation time ($t_a$ ), the recovery time ($t_r $) and the action potential duration ($APD$). The Beeler Reuter ionic model, especially designed for cardiac ventricular cells, has been used for this study. It is shown that, in spite of the stiffness of the considered model, exponential solvers allow computation at large time steps, as large as for implicit methods. Moreover, in terms of cost for a given accuracy, a significant gain is achieved with exponential solvers. We conclude that accurate computations at large time step are possible with explicit high order methods. This is a quite important feature when considering stiff non linear ODEs.< Réduire
Mots clés
schémas exponetiels
équations aux dérivées ordinaires raides
Electrophysiologie cardiaque
schémas d’ordre élevé
Mots clés en anglais
stiff ordinary differential equations
cardiac electrophysiology
high order schemes
Exponential schemes
Project ANR
Modèles numériques haute résolution de l'électrophysiologie cardiaque - ANR-13-MONU-0004
Origine
Importé de halUnités de recherche