Contribution à la paléoparasitologie du bassin méditerranéen antique : hygiène, alimentation et environnement : une approche microscopique et paléogénétique

Abstract

La paléoparasitologie s’intéresse aux traces conservées de parasites, majoritairement en contexte archéologique. Cette thèse passe en revue les données actuellement disponibles concernant la détection de parasites dans le bassin méditerranéen durant l’Holocène. Cette revue permet de mettre en évidence le grand nombre de données publiées pour une large époque gréco-romaine, comparativement aux autres périodes, et la diversité des méthodes employées pour la détection de ces biorestes, ainsi que les zones et problématiques restant largement à explorer. Cela concerne notamment le besoin d’études exhaustives plutôt que ponctuelles, la recherche en contexte archéofunéraire, la systématisation de l’approche paléogénétique, et la recherche en archives naturelles « hors-sites ». Trois études de cas originales sont présentées en détails dans la suite du manuscrit, et s’inscrivant dans ce même contexte chrono-géographique : l’étude exhaustive des latrines de la ville de Délos, dans les Cyclades, à l’époque hellénistique et impériale ; l’étude de la population archéologique des sépultures tardo-antiques de catastrophe de la Galerie des Offices à Florence ; et l’étude de la tourbière d’Asi Gonia en Crète de l’époque romaine à nos jours. Ces contextes écologiques variés illustrent trois niveaux d’analyses complémentaires : le niveau collectif de l’espace urbain ; le niveau individuel d’une population archéologique ; l’archive naturelle témoignant de l’anthropisation d’un territoire. Sur deux de ces sites, l’approche combinée de la microscopie et de la paléogénétique a montré son grand intérêt et la nécessité d’implanter la recherche d’ADN ancien dans le diagnostic paléoparasitologique de routine.