phylosignal: an R package to measure, test, and explore the phylogenetic signal
KECK, François
Centre Alpin de Recherche sur les Réseaux Trophiques et Ecosystèmes Limniques [CARRTEL]
Centre Alpin de Recherche sur les Réseaux Trophiques et Ecosystèmes Limniques [CARRTEL]
RIMET, Frédéric
Centre Alpin de Recherche sur les Réseaux Trophiques et Ecosystèmes Limniques [CARRTEL]
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BOUCHEZ, Agnes
Centre Alpin de Recherche sur les Réseaux Trophiques et Ecosystèmes Limniques [CARRTEL]
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KECK, François
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RIMET, Frédéric
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BOUCHEZ, Agnes
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FRANC, Alain
from patterns to models in computational biodiversity and biotechnology [PLEIADE]
Biodiversité, Gènes & Communautés [BioGeCo]
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from patterns to models in computational biodiversity and biotechnology [PLEIADE]
Biodiversité, Gènes & Communautés [BioGeCo]
Language
en
Article de revue
This item was published in
Ecology and Evolution. 2016-03-16, vol. 6, n° 9, p. 2774 - 2780
Wiley Open Access
English Abstract
Phylogenetic signal is the tendency for closely related species to display similar trait values as a consequence of their phylogenetic proximity. Ecologists and evolutionary biologists are becoming increasingly interested ...Read more >
Phylogenetic signal is the tendency for closely related species to display similar trait values as a consequence of their phylogenetic proximity. Ecologists and evolutionary biologists are becoming increasingly interested in studying the phylogenetic signal and the processes which drive patterns of trait values in the phylogeny. Here, we present a new R package, phylosignal which provides a collection of tools to explore the phylogenetic signal for continuous biological traits. These tools are mainly based on the concept of autocorrelation and have been first developed in the field of spatial statistics. To illustrate the use of the package, we analyze the phylogenetic signal in pollution sensitivity for 17 species of diatoms.Read less <
Keywords
autocorrelation
trait evolution
English Keywords
comparative analysis
phylogenetic correlogram
phylogenetic signal
R software
Origin
Hal imported