Sélection des aptamères de l'ADN contre les biomarqueurs du mélanome

Abstract

Le mélanome est un cancer qui représente la grande majorité de la morbidité et de la mortalité causées par tout cancer de la peau en raison de son implication dans les métastases. Parmi plusieurs biomarqueurs rapportés, les récepteurs du domaine de la discoïdine (DDR) et la métalloprotéinase Matrix (MMP) sont également considérés comme des acteurs potentiels du mélanome. Des études récentes démontrent que les DDR et les MMP sont surexprimés dans les mélanomes de mauvais pronostic, ce qui nécessite le recours à des sondes théranostiques à biomarqueurs spécifiques. De nombreux progrès ont été réalisés pour réduire le risque associé au mélanome métastatique à l'aide d'anticorps monoclonaux traditionnels, mais les inconvénients tels que la complexité de la production, la variabilité d'un lot à l'autre, la courte durée de conservation, l'immunogénicité, la réactivité croisée et le coût élevé ne peuvent être négligés. Par conséquent, au cours des dernières années, les aptamères ont acquis un grand intérêt comme substitut d’anticorps pouvant être synthétisés chimiquement avec un faible coût de production et dépassant les limitations associées aux anticorps. Les aptamères sont de courts oligonucléotides à haute affinité et spécificité vis-à-vis de la molécule cible, développés par une méthode combinatoire appelée SELEX (Evolution systématique de ligands par enrichissement exponentiel). Au cours de ma thèse, nous avons réalisé une étude SELEX contre les biomarqueurs DDR1, DDR2 et HMMP14 sur la base de supports alternatifs pour le tri des candidats et le séquençage à haut débit. Un groupe d'aptamères a été sélectionné contre DDR1 et le meilleur candidat a ensuite été dopé pour effectuer davantage de tours de sélection contre DDR1. Finalement, un aptamère contre DDR1 a été sélectionné avec un Kd dans la gamme nanomolaire basse. Cet aptamère peut être utilisé comme outil théranostique dans les études sur le mélanome associé à DDR1. Comme les aptamères présentent un avantage en termes de conjugaison et de modifications aux positions désirées, nous visons en outre à conjuguer cet aptamère avec des nanoparticules pour des études in vivo.