Développement de modèles spécifiques aux séquences génomique virales
Langue
fr
Thèses de doctorat
Date de soutenance
2017-07-19Spécialité
Informatique
École doctorale
École doctorale de mathématiques et informatique (Talence, Gironde)Résumé
Le séquençage ADN d'échantillons complexes contenant plusieurs espèces est une technique de choix pour étudier le paysage viral d'un milieu donné. Or les génomes viraux sont difficiles à identifier, de par leur extrême ...Lire la suite >
Le séquençage ADN d'échantillons complexes contenant plusieurs espèces est une technique de choix pour étudier le paysage viral d'un milieu donné. Or les génomes viraux sont difficiles à identifier, de par leur extrême variabilité et la relation étroite qu'ils entretiennent avec leurs hôtes. Nous proposons de nouvelles pistes de recherche pour apporter une solution spécifique aux séquences virales afin de répondre au besoin d'identification pour lequel les solutions génériques existantes n'apportent pas de réponse satisfaisante.< Réduire
Résumé en anglais
DNA sequencing of complex samples containing various living species is a choice approach to study the viral landscape of a given environment. Viral genomes are hard to identify due to their extreme variability and the tight ...Lire la suite >
DNA sequencing of complex samples containing various living species is a choice approach to study the viral landscape of a given environment. Viral genomes are hard to identify due to their extreme variability and the tight relationship they have with their hosts. We hereby provide new leads for the development of a virusesspecific solution to the need for accurate identification that hasn't found a satisfactory solution in the existing universal software so far.< Réduire
Mots clés
Métagénomique
Apprentissage machine
Environnement
Phylogénie
Assignation taxonomique
Classification supervisée
K-mers
Signature
Virologie
Mots clés en anglais
Metagenomics
Machine learning
Environment
Phylogeny
Taxonomic assignment
Supervised classification
K-mers
Signature
Virology
Origine
Importé de STARUnités de recherche