Améliorer la reconstruction du génome microbien dans des environnements complexes en combinant le séquençage à lecture courte et à lecture longue

Abstract

Le sol est l'un des écosystèmes microbiens les plus diversifiés, mais une grande partie de ces communautés reste inexplorée. Les technologies de séquençage ont amélioré notre compréhension, mais des défis subsistent pour caractériser pleinement cette diversité microbienne. Dans cette étude, nous avons utilisé le séquençage à longues lectures PacBio HiFi (LR) et de à lectures courtes Illumina (SR) en séquençage de génome entier (WGS) afin de reconstruire des génomes métagénomiques assemblés (MAGs) à partir d’un échantillon de sol. Des analyses de métabarcoding ont complété notre approche en évaluant la diversité microbienne et en quantifiant la proportion de taxons capturés par le WGS. Nos résultats montrent que le séquençage LR améliore considérablement la continuité et la complétude des génomes par rapport aux méthodes SR, qui produisent des assemblages plus fragmentés. L’intégration des données SR et LR a permis d’accroître la précision du binning, conduisant à une résolution taxonomique plus fine de la diversité microbienne du sol. Bien que le séquençage à lectures longues fournisse une meilleure représentation de la diversité du sol, nos résultats soulignent que certains taxons microbiens peu abondants restent non détectés en raison des limitations de la profondeur de séquençage.