Distribution spatiale de lignées d’oïdium des chênes en France analysée à l’aide d’outils rapides de caractérisation moléculaire

Abstract

*L’oïdium est l’une des maladies fongiques les plus importantes sur chênes en Europe. Des études récentes basées sur l’internal transcribed spacer (ITS) ont suggéré l’implication de quatre lignées (espèces putatives) différentes. L’objectif de l’étude était de caractériser la distribution spatiale de ces lignées/espèces et en particulier de tester l’hypothèse d’une différenciation spatiale à plusieurs échelles : régionale (France), altitudinale (transect pyrénéen) et locale (au sein d’une parcelle forestière).*Des méthodes de détection des quatre types d’ITS ont été développées : (1) analyse SCCP ; (2) amplification par PCR de l’ITS par des amorces spécifiques. La SSCP a permis de détecter facilement les ITS correspondant à E. alphitoides et E. quercicola. Par contre, les ITS plus rares correspondant à E. hypophylla et Phyllactinia guttata (sensu lato) n’ont été détectés que par amplification spécifique.*L’étude a confirmé la forte prédominance (avec une fréquence supérieure à 80 %) de la séquence d’ITS associée à E. alphitoides. Les isolats présentant la même séquence d’ITS qu’E quercicola, espèce récemment décrite et encore non mentionnée en Europe, ont également été retrouvés dans toutes les régions françaises à une fréquence importante (15 % en moyenne pour l’échantillonnage national).*Aucune différenciation spatiale entre les espèces putatives n’a pu être mise en évidence : E. alphitoides a souvent été détectée en association avec des isolats de différents types d’ITS dans la même région, le même arbre, voire la même lésion.