Reconstructions phylogénétiques du genre Quercus à partir de séquences du génome nucléaire et chloroplastique

Abstract

Le genre Quercus comprend plus de 500 espèces et est réparti sur l’ensemble de l’hémisphère nord. La phylogénie du genre, faite à ce jour à partir d’un nombre très limité de marqueurs nucléaires, n’était pas résolue. Des incertitudes demeuraient au niveau des nœuds profonds où ont divergé les principaux groupes taxonomiques aujourd’hui reconnus. L’objectif de cette thèse était d’explorer de manière plus exhaustive les ressources génomiques nucléaires et chloroplastiques pour affiner la phylogénie du genre. Les travaux sont basés sur les séquences de six gènes nucléaires et de l’ensemble du génome chloroplastique. Ces travaux confirment le caractère diffus du signal phylogénétique et le gain de résolution obtenu par l’adjonction de séquences nouvelles. Ils confirment également la subdivision du genre en six groupes infragénériques (Cyclobalanopsis, Ilex, Cerris, Lobatae, Quercus s.s. et Protobalanus), dont les relations phylogénétiques ont été précisées, même si certaines irrésolutions persistent. La thèse met très clairement en évidence l’empreinte phylogéographique dans le génome chloroplastique au niveau du genre et de sa distribution mondiale. Le signal phylogéographique chloroplastique ajouté à la phylogénie nucléaire permet d’échafauder un scénario biogéographique de diversification du genre. Ce scénario devra être corroboré par des apports d’autres disciplines (paléontologie et géologie historique).