Dériver des associations de gène pour des modèles métaboliques

ISSA, Razanne; SHERMAN, David James

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ISSA, Razanne
Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique [LaBRI]
from patterns to models in computational biodiversity and biotechnology [PLEIADE]

SHERMAN, David James
from patterns to models in computational biodiversity and biotechnology [PLEIADE]
Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique [LaBRI]

Idioma

Rapport

Este ítem está publicado en

2018-12

Resumen

Nous définissons une procédure formelle pour l’inférence de relations gène-protéine- réaction (GPR) à partir de modèles métaboliques complets, par moyen d’une représentation logique des connaissances et un petit ensemble de règles d’inférence. Nous montrons que les différents cas d’utilisation requièrent des différentes relations GPR. Trois exemples tirés de la levure Saccharomyces cerevisae illustrent la procédure et démontrent son utilité.< Leer menos

Resumen en inglés

We define a formal procedure for inferring gene-protein-reaction (GPR) relations from complete metabolic models, using a logical representation of knowledge and a small set of inference rules. We show that different use cases of metabolic models requires difference GPR relations. Three examples from the yeast Saccharomyces cerevisae illustrate the procedure and demonstrate its usefulness.< Leer menos

Palabras clave

Réseaux métaboliques

Génomique comparée

Inférence

Palabras clave en inglés

Comparative genomics

Metabolic networks

Orígen

Importado de Hal

Centros de investigación

BioGeCo (Biodiversité Gènes & Communautés) - UMR 1202