Dériver des associations de gène pour des modèles métaboliques

ISSA, Razanne; SHERMAN, David James

Métadonnées

Licence d’utilisation du document

ISSA, Razanne
Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique [LaBRI]
from patterns to models in computational biodiversity and biotechnology [PLEIADE]

SHERMAN, David James
from patterns to models in computational biodiversity and biotechnology [PLEIADE]
Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique [LaBRI]

Langue

Rapport

Ce document a été publié dans

2018-12

Résumé

Nous définissons une procédure formelle pour l’inférence de relations gène-protéine- réaction (GPR) à partir de modèles métaboliques complets, par moyen d’une représentation logique des connaissances et un petit ensemble de règles d’inférence. Nous montrons que les différents cas d’utilisation requièrent des différentes relations GPR. Trois exemples tirés de la levure Saccharomyces cerevisae illustrent la procédure et démontrent son utilité.< Réduire

Résumé en anglais

We define a formal procedure for inferring gene-protein-reaction (GPR) relations from complete metabolic models, using a logical representation of knowledge and a small set of inference rules. We show that different use cases of metabolic models requires difference GPR relations. Three examples from the yeast Saccharomyces cerevisae illustrate the procedure and demonstrate its usefulness.< Réduire

Mots clés

Réseaux métaboliques

Génomique comparée

Inférence

Mots clés en anglais

Comparative genomics

Metabolic networks

Origine

Importé de hal

Unités de recherche

BioGeCo (Biodiversité Gènes & Communautés) - UMR 1202