Un modèle de variabilité fonctionnelle chez les arbres forestiers : le gène CCR d'eucalyptus

Abstract

La variabilité nucléotidique du gène codant la Cinnamoyl CoA Reductase (CCR) et ses effets sur le taux de lignine est étudiée au sein d’une population d’Eucalyptus urophylla S.T. Blake. La presque totalité de la séquence (94%, 3220 paires de bases) est décrite pour 15 individus. Le gène est hautement polymorphe et présente 131 mutations ponctuelles (SNP) ainsi que divers autres types de mutations. Les fragments exoniques présentent 10 SNP non synonymes dont 5 dans l’exon 5. La séquence promotrice (694 pb) est décrite pour les deux allèles d’un des géniteurs. Elle regroupe 5 SNPs. La variabilité fonctionnelle de ce promoteur sera étudiée grâce à son expression dans Arabidopsis thaliana. L’analyse de la teneur en lignine de 348 arbres appartenant à 35 familles de pleins frères obtenues avec ces 15 géniteurs montre que ce caractère présente un fort contrôle génétique additif (h²=0.76). Un nouvel algorithme type MCMC a été développé pour procéder aux études d’association sur 208 descendants génotypés grâce à un marqueur microsatellite présent dans le gène CCR. Les résultats montrent qu’une part importante de la variance du taux de lignine est due au polymorphisme du gène CCR. Ces résultats laissent envisager le développement d’une sélection précoce assistée par marqueurs.