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Comparative genomics of protoploid Saccharomycetaceae

hal.structure.identifierGénétique moléculaire, génomique, microbiologie [GMGM]
dc.contributor.authorSOUCIET, Jean-Luc
hal.structure.identifierGénétique Moléculaire des Levures
dc.contributor.authorDUJON, Bernard
hal.structure.identifierMicrobiologie et Génétique Moléculaire [MGM]
dc.contributor.authorGAILLARDIN, Claude
hal.structure.identifierDepartment of Genetics [Saint-Louis]
dc.contributor.authorJOHNSTON, Mark
hal.structure.identifierUniversité Catholique de Louvain = Catholic University of Louvain [UCL]
dc.contributor.authorBARET, Philippe V
hal.structure.identifierDepartment of Biology [Utah]
dc.contributor.authorCLIFTEN, Paul
hal.structure.identifierModels and Algorithms for the Genome [ MAGNOME]
hal.structure.identifierLaboratoire Bordelais de Recherche en Informatique [LaBRI]
dc.contributor.authorSHERMAN, David James
hal.structure.identifierStructure et évolution des génomes - UMR 8030 [SEG]
hal.structure.identifierGenoscope - Centre national de séquençage [Evry] [GENOSCOPE]
dc.contributor.authorWEISSENBACH, Jean
hal.structure.identifierArchitecture et Réactivité de l'ARN [ARN]
dc.contributor.authorWESTHOF, Eric
hal.structure.identifierGenoscope - Centre national de séquençage [Evry] [GENOSCOPE]
hal.structure.identifierInstitut de Génomique d'Evry [IG]
dc.contributor.authorWINCKER, Patrick
hal.structure.identifierGenoscope - Centre national de séquençage [Evry] [GENOSCOPE]
dc.contributor.authorJUBIN, Claire
hal.structure.identifierGenoscope - Centre national de séquençage [Evry] [GENOSCOPE]
dc.contributor.authorPOULAIN, Julie
hal.structure.identifierStructure et évolution des génomes - UMR 8030 [SEG]
hal.structure.identifierGenoscope - Centre national de séquençage [Evry] [GENOSCOPE]
dc.contributor.authorBARBE, Valerie
hal.structure.identifierGenoscope - Centre national de séquençage [Evry] [GENOSCOPE]
dc.contributor.authorSÉGURENS, Béatrice
hal.structure.identifierGenoscope - Centre national de séquençage [Evry] [GENOSCOPE]
dc.contributor.authorARTIGUENAVE, François
hal.structure.identifierStructure et évolution des génomes - UMR 8030 [SEG]
hal.structure.identifierGenoscope - Centre national de séquençage [Evry] [GENOSCOPE]
dc.contributor.authorANTHOUARD, Véronique
hal.structure.identifierGenoscope - Centre national de séquençage [Evry] [GENOSCOPE]
dc.contributor.authorVACHERIE, Benoit
hal.structure.identifierGenoscope - Centre national de séquençage [Evry] [GENOSCOPE]
dc.contributor.authorVAL, Marie-Eve
hal.structure.identifierDepartment of Genetics [Saint-Louis]
dc.contributor.authorFULTON, Robert S
hal.structure.identifierDepartment of Genetics [Saint-Louis]
dc.contributor.authorMINX, Patrick
hal.structure.identifierDepartment of Genetics [Saint-Louis]
dc.contributor.authorWILSON, Richard
hal.structure.identifierModels and Algorithms for the Genome [ MAGNOME]
hal.structure.identifierLaboratoire Bordelais de Recherche en Informatique [LaBRI]
dc.contributor.authorDURRENS, Pascal
hal.structure.identifierLaboratoire Bordelais de Recherche en Informatique [LaBRI]
dc.contributor.authorJEAN, Geraldine
hal.structure.identifierInstitut de Biologie et de Technologies de Saclay [IBITECS]
dc.contributor.authorMARCK, Christian
hal.structure.identifierModels and Algorithms for the Genome [ MAGNOME]
hal.structure.identifierModèles et algorithmes pour la Bioinformatique et la Visualisation d'informations; [MABIOVIS]
dc.contributor.authorMARTIN, Tiphaine
hal.structure.identifierModels and Algorithms for the Genome [ MAGNOME]
hal.structure.identifierLaboratoire Bordelais de Recherche en Informatique [LaBRI]
dc.contributor.authorNIKOLSKI, Macha
hal.structure.identifierGénétique Moléculaire des Levures
dc.contributor.authorROLLAND, Thomas
hal.structure.identifierUniversité Catholique de Louvain = Catholic University of Louvain [UCL]
dc.contributor.authorSERET, Marie-Line
hal.structure.identifierMicrobiologie et Génétique Moléculaire [MGM]
dc.contributor.authorCASAREGOLA, Serge
hal.structure.identifierGénétique moléculaire, génomique, microbiologie [GMGM]
dc.contributor.authorDESPONS, Laurence
hal.structure.identifierGénétique Moléculaire des Levures
dc.contributor.authorFAIRHEAD, Cecile
hal.structure.identifierGénétique Moléculaire des Levures
dc.contributor.authorFISCHER, Gilles
hal.structure.identifierGénétique Moléculaire des Levures
dc.contributor.authorLAFONTAINE, Ingrid
hal.structure.identifierGénétique moléculaire, génomique, microbiologie [GMGM]
dc.contributor.authorLEH, Veronique
hal.structure.identifierMicrobiologie, adaptation et pathogénie [MAP]
dc.contributor.authorLEMAIRE, Marc
hal.structure.identifierGénétique moléculaire, génomique, microbiologie [GMGM]
dc.contributor.authorDE MONTIGNY, Jacky
hal.structure.identifierMicrobiologie et Génétique Moléculaire [MGM]
dc.contributor.authorNEUVÉGLISE, Cécile
hal.structure.identifierGénétique Moléculaire des Levures
dc.contributor.authorTHIERRY, Agnes
hal.structure.identifierMicrobiologie et Génétique Moléculaire [MGM]
dc.contributor.authorBLANC-LENFLE, Isabelle
hal.structure.identifierGénétique moléculaire, génomique, microbiologie [GMGM]
dc.contributor.authorBLEYKASTEN, Claudine
hal.structure.identifierUniversité Catholique de Louvain = Catholic University of Louvain [UCL]
dc.contributor.authorDIFFELS, Julie
hal.structure.identifierGénétique moléculaire, génomique, microbiologie [GMGM]
dc.contributor.authorFRITSCH, Emilie
hal.structure.identifierGénomique (Plate-Forme) - Genomics Platform
dc.contributor.authorFRANGEUL, Lionel
hal.structure.identifierModels and Algorithms for the Genome [ MAGNOME]
hal.structure.identifierLaboratoire Bordelais de Recherche en Informatique [LaBRI]
dc.contributor.authorGOEFFON, Adrien
hal.structure.identifierGénétique moléculaire, génomique, microbiologie [GMGM]
dc.contributor.authorJAUNIAUX, Nicolas
hal.structure.identifierArchitecture et Réactivité de l'ARN [ARN]
dc.contributor.authorKACHOURI-LAFOND, Rym
hal.structure.identifierGénétique Moléculaire des Levures
dc.contributor.authorPAYEN, Celia
hal.structure.identifierGénétique moléculaire, génomique, microbiologie [GMGM]
dc.contributor.authorPOTIER, Serge
hal.structure.identifierGénétique moléculaire, génomique, microbiologie [GMGM]
hal.structure.identifierDepartment of Membrane Transport [Prague]
dc.contributor.authorPRIBYLOVA, Lenka
hal.structure.identifierMicrobiologie et Génétique Moléculaire [MGM]
dc.contributor.authorOZANNE, Christophe
hal.structure.identifierGénétique Moléculaire des Levures
dc.contributor.authorRICHARD, Guy-Franck
hal.structure.identifierGénétique Moléculaire des Levures
dc.contributor.authorSACERDOT, Christine
hal.structure.identifierGénétique moléculaire, génomique, microbiologie [GMGM]
dc.contributor.authorSTRAUB, Marie-Laure
hal.structure.identifierLaboratoire de chimie bactérienne [LCB]
dc.contributor.authorTALLA, Emmanuel
dc.date.accessioned2024-04-15T09:55:42Z
dc.date.available2024-04-15T09:55:42Z
dc.date.issued2009
dc.identifier.issn1088-9051
dc.identifier.urihttps://oskar-bordeaux.fr/handle/20.500.12278/198777
dc.description.abstractEnOur knowledge on yeast genomes remains largely dominated by the extensive studies on Saccharomyces cerevisiae and the consequences of its ancestral duplication, leaving the evolution of the entire class of hemiascomycetes only partly explored. We concentrate here on five species of Saccharomycetaceae, a large subdivision of hemiascomycetes, that we call "protoploid" because they diverged from the S. cerevisiae lineage prior to its genome duplication. We determined the complete genome sequences of three of these species, Kluyveromyces (Lachancea) thermotolerans and Saccharomyces (Lachancea) kluyveri (two members of the newly described Lachancea clade) and Zygosaccharomyces rouxii. We included in our comparisons the previously available sequences of Klyveromyces lactis and Ashbya (Eremothecium) gossypii. Despite their broad evolutionary range and significant individual variations in each lineage, the five protoploid Saccharomycetaceae share a core repertoire of ca. 3,300 protein families and a high degree of conserved synteny. Synteny blocks were used to define gene orthology and to infer ancestors. Far from representing minimal genomes without redundancy, the five protoploid yeasts contain numerous copies of paralogous genes, either dispersed or in tandem arrays, that, altogether, constitute a third of each genome. Ancient, conserved paralogs as well as novel, lineage-specific paralogs were identified.
dc.description.sponsorshipHow do genes arise ? Lessons and questions from the evolution of yeast genomes. - ANR-05-BLAN-0331
dc.language.isoen
dc.publisherCold Spring Harbor Laboratory Press
dc.title.enComparative genomics of protoploid Saccharomycetaceae
dc.typeArticle de revue
dc.identifier.doi10.1101/gr.091546.109
dc.subject.halSciences du Vivant [q-bio]/Génétique
dc.subject.halSciences du Vivant [q-bio]/Biodiversité
bordeaux.journalGenome Research
bordeaux.page1696-1709
bordeaux.volume19
bordeaux.hal.laboratoriesLaboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI) - UMR 5800*
bordeaux.institutionUniversité de Bordeaux
bordeaux.institutionBordeaux INP
bordeaux.institutionCNRS
bordeaux.peerReviewedoui
hal.identifierinria-00407511
hal.version1
hal.popularnon
hal.audienceInternationale
hal.origin.linkhttps://hal.archives-ouvertes.fr//inria-00407511v1
bordeaux.COinSctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info:ofi/fmt:kev:mtx:journal&rft.jtitle=Genome%20Research&rft.date=2009&rft.volume=19&rft.spage=1696-1709&rft.epage=1696-1709&rft.eissn=1088-9051&rft.issn=1088-9051&rft.au=SOUCIET,%20Jean-Luc&DUJON,%20Bernard&GAILLARDIN,%20Claude&JOHNSTON,%20Mark&BARET,%20Philippe%20V&rft.genre=article


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