Le Collège des écoles doctorales propose un guichet unique du doctorat et regroupe les huit écoles doctorales de l’Université de Bordeaux : École doctorale "Mathématiques et Informatique", École doctorale "Sciences Chimiques", École doctorale "Droit", École doctorale "Entreprise, Économie, Société", École doctorale "Sciences de la Vie et de la Santé", École doctorale "Sciences Physiques et de l'Ingénieur", École doctorale "Sciences et Environnements", et École doctorale "Sociétés, Politique, Santé Publique", qui ont des effectifs et des champs disciplinaires différents soit un collectif d’environ 2000 doctorantes et doctorants dont 500 soutiennent leur thèse chaque année. Dans ses grandes lignes, le collège a pour missions : la visibilité et l’identité du doctorat de l’Université de Bordeaux, la formation doctorale transverse, la poursuite de carrière, l’internationalisation,et la vie étudiante.

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