BERNARDO, Pauline; MUHIRE, Brejnev; FRANÇOIS, Sarah; DESHOUX, Maelle; HARTNADY, Penelope; FARKAS, Kata; KRABERGER, Simona; FILLOUX, Denis; FERNANDEZ, Emmanuel; GALZI, Serge; FERDINAND, Romain; GRANIER, Martine; MARAIS, Armelle; MONGE BLASCO, Pablo; CANDRESSE, Thierry; ESCRIU, Fernando; VARSANI, Arvind; HARKINS, Gordon W.; MARTIN, Darren P.; ROUMAGNAC, Philippe

doi:10.1016/j.virol.2016.03.016

Métadonnées

Licence d’utilisation du document

BERNARDO, Pauline
Biologie et Génétique des Interactions Plante-Parasite [UMR BGPI]
Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement [Cirad]

MUHIRE, Brejnev
Computational Biology Group, Institute of Infectious Disease and Molecular Medicine, Faculty of Health Sciences

FRANÇOIS, Sarah
Diversité, Génomes & Interactions Microorganismes - Insectes [Montpellier] [DGIMI]
Biologie et Génétique des Interactions Plante-Parasite [UMR BGPI]
Institut National de la Recherche Agronomique [INRA]
Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier [Montpellier SupAgro]
Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle [MIVEGEC]
Centre National de la Recherche Scientifique [CNRS]
Institut de Recherche pour le Développement [IRD]

BERNARDO, Pauline
Biologie et Génétique des Interactions Plante-Parasite [UMR BGPI]
Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement [Cirad]

MUHIRE, Brejnev
Computational Biology Group, Institute of Infectious Disease and Molecular Medicine, Faculty of Health Sciences

DESHOUX, Maelle
Biologie et Génétique des Interactions Plante-Parasite [UMR BGPI]

HARTNADY, Penelope
Computational Biology Group, Institute of Infectious Disease and Molecular Medicine, Faculty of Health Sciences

FARKAS, Kata
School of Biological Sciences and Biomolecular Interaction Centre

KRABERGER, Simona
School of Biological Sciences and Biomolecular Interaction Centre

FILLOUX, Denis
Biologie et Génétique des Interactions Plante-Parasite [UMR BGPI]
Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement [Cirad]

FERNANDEZ, Emmanuel
Biologie et Génétique des Interactions Plante-Parasite [UMR BGPI]
Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement [Cirad]

GALZI, Serge
Biologie et Génétique des Interactions Plante-Parasite [UMR BGPI]
Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement [Cirad]

FERDINAND, Romain
Biologie et Génétique des Interactions Plante-Parasite [UMR BGPI]
Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement [Cirad]

GRANIER, Martine
Biologie et Génétique des Interactions Plante-Parasite [UMR BGPI]
Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement [Cirad]

MARAIS, Armelle
Biologie du fruit et pathologie [BFP]
Biologie du fruit et pathologie [BFP]

MONGE BLASCO, Pablo
Unidad de Sanidad Vegetal

CANDRESSE, Thierry
Biologie du fruit et pathologie [BFP]
Biologie du fruit et pathologie [BFP]

ESCRIU, Fernando
Unidad de Sanidad Vegetal

VARSANI, Arvind
School of Biological Sciences and Biomolecular Interaction Centre
Department of Plant Pathology and Emerging Pathogens Institute
Structural Biology Research Unit, Department of Clinical Laboratory Sciences

HARKINS, Gordon W.
South African National Bioinformatics Institute, MRC Unit for Bioinformatics Capacity Development

MARTIN, Darren P.
Computational Biology Group, Institute of Infectious Disease and Molecular Medicine, Faculty of Health Sciences

ROUMAGNAC, Philippe
Biologie et Génétique des Interactions Plante-Parasite [UMR BGPI]
Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement [Cirad]

< Réduire

Langue

Article de revue

Ce document a été publié dans

Virology. 2016, vol. 493, p. 142-153

Elsevier

Résumé en anglais

Little is known about the prevalence, diversity, evolutionary processes, genomic structures and population dynamics of viruses in the divergent geminivirus lineage known as the capulaviruses. We determined and analyzed full genome sequences of 13 Euphorbia caput-medusae latent virus (EcmLV) and 26 Alfalfa leaf curl virus (ALCV) isolates, and partial genome sequences of 23 EcmLV and 37 ALCV isolates. While EcmLV was asymptomatic in uncultivated southern African Euphorbia caput-medusae, severe alfalfa disease symptoms were associated with ALCV in southern France. The prevalence of both viruses exceeded 10% in their respective hosts. Besides using patterns of detectable negative selection to identify ORFs that are probably functionally expressed, we show that ALCV and EcmLV both display evidence of inter-species recombination and biologically functional genomic secondary structures. Finally, we show that whereas the EcmLV populations likely experience restricted geographical dispersion, ALCV is probably freely moving across the French Mediterranean region.< Réduire

Mots clés

maladie des plantes

pathologie végétale

maladie virale

afrique du sud

Mots clés en anglais

geminiviridae

alfalfa leaf curl virus

euphorbia caput-medusae latent virus

prevalence

recombination

secondary structure

genome organization

France

Spain

South Africa