LE DANTEC, Loïck; GIROLLET, Nabil; GOUZY, Jerome; SALLET, Erika; FOUCHE, Mathieu; QUERO-GARCIA, José; DIRLEWANGER, Elisabeth

Métadonnées

Afficher la notice complète

Licence d’utilisation du document

LE DANTEC, Loïck
Biologie du fruit et pathologie [BFP]

GIROLLET, Nabil
Ecophysiologie et Génomique Fonctionnelle de la Vigne [UMR EGFV]

GOUZY, Jerome
Laboratoire des interactions plantes micro-organismes [LIPM]

Langue

Autre communication scientifique (congrès sans actes - poster - séminaire...)

Ce document a été publié dans

2019-01-12, San Diego. 2019p. PO1193

Résumé en anglais

Sweet cherry (Prunus avium L.) is a diploid species with an estimated genome size of 338 MB (Arumuganathan et al. 1991) and an heterozygous genetic background.We have sequenced and assembled the genome of the ‘Regina’ sweet cherry variety, using FALCON UNZIP and optical mapping. Our de novo genome assembly resulted in a genome of 279 Mb (83 % of estimated genome size), 92 scaffolds and a largest scaffold of 16,3 Mb. The assembly has high contiguity (contig N50=1.23Mb, scaffold N50=5.96Mb) and good completeness with 95,9% BUSCO genes complete (scaffolds+ unscaffolded contigs + haplotigs).Here we present the construction of pseudomolecules using GBS markers, synteny between sweet cherry and peach genomes, and the preliminary results of structural annotation of the genome using a set of RNASeq assemblies of prunus avium.< Réduire

Mots clés

regina

prunus avium

génome

arbre fruitier

fruit

cerisier doux

Origine

Importé de hal

Unités de recherche

Biologie du Fruit & Pathologie (BFP) - UMR 1332