Copper tolerance in Agrostis capillaris L. Use in phytostabilization of Cu-contaminated soils
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Thèses de doctorat
Résumé
L’objectif est d’identifier des déterminants moléculaires impliqués dans la réponse de plantes supérieures à un excès de Cu et d’élucider des mécanismes contrôlant la tolérance au Cu, en comparant 2 populations d’Agrostis ...Lire la suite >
L’objectif est d’identifier des déterminants moléculaires impliqués dans la réponse de plantes supérieures à un excès de Cu et d’élucider des mécanismes contrôlant la tolérance au Cu, en comparant 2 populations d’Agrostis capillaris de sensibilité différente à l'exposition au Cu, originaires d’un site contaminé au Cu (Métallicole, M) et d’un site non-contaminé (Non-Métallicole, NM). Les traits phénotypiques, le ionome et l’expression différentielle du protéome soluble ont été quantifiés dans les racines et les feuilles. L’excès de Cu affecte la croissance des 2 populations, mais les plantes M ont une plus grande biomasse quand l’exposition dépasse 10 µM Cu. Le Cu est retenu dans les racines, confirmant le phénotype d’exclusion d’A. capillaris. L’hypothèse d’un(e) plus faible prélèvement/accumulation du Cu dans les racines des plantes M est suggérée aux expositions moyennes, i.e. 25-30 µM Cu. Aux autres expositions, les concentrations en Cu sont similaires pour les 2 populations, mais les traits des plantes M indiquent un meilleur maintien de l’homéostasie du Cu dans les racines. Entre 1 et 30 µM Cu, les concentrations en Cu dans les parties aériennes restent inférieures à 30 mg kg-1 MS, et donc des populations d’A. capillaris seraient adaptées pour phytostabiliser des sols modérément contaminés en Cu. Aux plus fortes contaminations en Cu, le pâturage serait à déconseiller. Les concentrations foliaires en Cu des plantes M, qui sont similaires ou supérieures à celles des plantes NM, excluent la possibilité d’une plus faible translocation du Cu, mais accréditeraient un meilleur maintien de l’homéostasie du Cu dans les feuilles, et suggèrent un besoin plus important de Cu pour cette population. Pour les racines des 2 populations : (1) le métabolisme énergétique est modifié lorsque l’exposition au Cu augmente ; (2) la SAMS est induite par le stress Cu, ce qui peut stimuler la production de Nicotianamine et de GSH, mais aussi celle de l'éthylène. Dans les racines NM : (1) l'accumulation de G3PDH est diminuée aux fortes expositions en Cu, en ligne avec la surexpression de phosphoglucomutase aux expositions faibles et intermédiaires, indiquant un processus de glycolyse limité au-dessus de 25 µM Cu ; (2) l’accumulation est moindre pour des protéines du cycle de Krebs , i.e. Aconitases, succinate déshydrogénase, NADH déshydrogénase Fe/S protéine et de type V proton ATPase, alors que celle de plusieurs protéines chaperones s’accroît, i.e. CPN60-1, CPN60-2 et PDI ; (3) a méthionine synthase est moindre dans les racines NM, alors que la Cystéine synthase y est induite. Dans les racines M : (1) l'accumulation de G3PDH n’est pas limitée par l’exposition élevée en Cu; (2) la surexpression d'une -galactosidase, d'une saccharose:saccharose 1-fructosyltransférase et une 6-phosphofructokinase pyrophosphate-dépendante suggère que plusieurs enzymes coopèrent pour maintenir l'approvisionnement de la glycolyse et TCA sous contrainte Cu ; (3) l’accumulation de MDH et IDH produirait plus d'acides malique et citrique, contribuant à chélater le Cu libre dans les cellules ; (4) la surexpression d'un HSP70 aux expositions intermédiaires et élevées protégerait le métabolisme des protéines; (5) l'induction de 2 sous-unités du protéasome et une phytepsin, avec l’accumulation d'une peptidase à presque toutes les expositions, améliorerait la protéolyse ; (6) l’accumulation de l'ascorbate peroxydase et de la glutathion-S-transférase améliore les mécanismes antioxydants et de détoxification, tandis que leur plus forte accumulation d’aldéhyde déshydrogénase permettrait une meilleure dégradation des aldéhydes potentiellement toxiques. Dans les feuilles des 2 populations stressées par Cu: (1) l'accumulation d’OOE, du complexe cytochrome b6-f, de la protéine chlorophylle a-b binding et de la RuBisCO indique que le pouvoir réducteur ne peut être maintenu lors des réactions dépendantes de la lumière et l'assimilation du CO2 pour celles indépendantes de la lumière ; (2) l'accumulation croissante d’IDH suggère une respiration mitochondriale supérieure ; (3) le stress Cu induit l'accumulation de cystéine/méthionine synthases soulignant un besoin accru en acides aminés contenant du S. Pour les feuilles NM stressée par Cu: (1) les accumulations de sédoheptulose-1,7-bisphosphatase, Rubisco activase et phosphoglycérate proposent la baisse de la RuBisCO comme cause majeure de la moindre assimilation du CO2 ; (2) la baisse est plus brutale pour toutes les enzymes liées à la photosynthèse, tandis qu’une Ferredoxin-NADP réductase et une métalloprotéase FTSH2 s’accroissent ; (3) l’accumulation croissante de plusieurs enzymes glycolytiques et d’ATPases, ainsi que la stimulation de la voie des pentoses phosphates et du cycle de Calvin révèlent un besoin élevé en composés énergétiques ; (4) l’accumulation plus élevée du facteur 4A d'initiation eucaryote, des protéines ribosomale 50S L10 et GTP-binding protein TypA indique une demande de synthèse de protéines, cohérente avec l'accumulation croissante de protéines chaperones, i.e. ClpC2, 60 kDa chaperonine, chaperonine CPN60- 2, nucleoredoxin et PDI ; (5) les accumulations de cystéine synthase, glutamine synthétase, thiorédoxine et thiorédoxine peroxydase sont plus fortes. Dans les feuilles M stressées par Cu : une HSP70 mitochondriale est induite.< Réduire
Résumé en anglais
Some proteins were responsive to Cu in both populations, but most proteins indicated higher Cu-induced damages in NM roots. In both populations, energy metabolism was altered, as shown by the up-regulation of a G3PDH and ...Lire la suite >
Some proteins were responsive to Cu in both populations, but most proteins indicated higher Cu-induced damages in NM roots. In both populations, energy metabolism was altered, as shown by the up-regulation of a G3PDH and several formate dehydrogenases, but the down-regulation of ATP synthase subunit alpha. This indicated a higher need in reducing power (NADH) and a reduced ATP production and H+ transport and an increased cellular respiration. In NM roots, limitation of G3PDH accumulation at high Cu exposure (30-50µM Cu), in line with the over-expression of phosphoglucomutase only at low and intermediate exposures (1-25µM Cu), indicated a limited glycolysis process at Cu exposure higher than 25µM. Additionally, higher alteration of mitochondrial activity and protein metabolism in NM roots were respectively suggested by the strong down-regulation of proteins involved in TCA cycle, i.e. Aconitases, Succinate dehydrogenase, NADH dehydrogenase Fe/S protein and V-type proton ATPase, and the up-regulation of several protein chapeones, i.e. CPN60-1, CPN60-2 and PDI. On the opposite, M roots did not exhibit any limitation of G3PDH accumulation at high Cu exposure, which may provide a constant source for NADH production. Additionally, the up-regulation of an Alpha-galactosidase together with the over-expression of a Sucrose:sucrose 1-fructosyltransferase and a 6-phosphofructokinase Pyrophosphate-dependent at intermediate Cu exposure suggested that several carbohydrate-related enzymes cooperated together to maintain the supply of glycolysis and TCA under Cu stress. Potential accumulations of malic and citric acids were pointed out by the up-regulation of MDH and IDH only in M roots, which may contribute to chelate free Cu in cells. Moreover, over-expression of a HSP70 at intermediate and high Cu exposures may be a key player in Cu-tolerance in protecting protein metabolism, while induction of two proteasome subunits and a Phytepsin, together with the over-expression of a peptidase at almost all Cu exposure, supported a better proteolysis process. The induction of SAMS by Cu stress in both populations suggested increasing SAM accumulation. SAM may have a pivotal role in plants stress response in stimulating NA and GSH production, but also ethylene synthesis. Down-regulation of methionine synthase only in NM roots, leading to higher accumulation in M roots at high Cu level, may reflect a better ability of Cu-stressed M root cells to maintain methionine biosynthesis. Cysteine synthase was specifically induced in NM roots, indicating a higher need for cysteine to process chelation mechanisms including binding of free Cu. Over-expression of ascorbate peroxidase and glutathione-S-transferase may contribute to enhance antioxidative and detoxification mechanisms in M roots, while increase in aldehyde dehydrogenase accumulation only in M roots may allow a better degradation of potentially toxic aldehydes. Decreasing accumulation of OOE, Cytochrome b6-f complex, Chlorophyll a-b binding protein, and RuBisCO indicated that plants failed to maintain the production of reducing power during light dependent reactions and the carbon assimilation during light independent reactions. Up-regulation in NM leaves of Sedoheptulose-1,7-bisphosphatase, Rubisco activase and phosphoglycerate indicated that reduction of RuBisCO accumulation was mainly responsible for carbon assimilation failure. Additionally, increasing accumulation of IDH suggested a higher mitochondrial respiration in both populations under Cu excess. Increasing accumulation in cysteine/methionine synthases in both populations indicated that Cu excess induced an enhanced need in S-containing amino-acids, probably to increase chelation mechanisms, through production of GSH, NA, polyamines and PC. In NM leaves, higher impacts on photosynthesis were supported by the sharper decrease of all photosynthesis-related enzymes, and the up-regulation of a Ferredoxin-NADP reductase and a metalloprotease FTSH2. A higher need in energetic compounds was revealed by the up-regulation of several glycolytic enzymes and ATPases, together with the stimulation of pentose phosphate pathway and Calvin cycle. A higher need of protein synthesis, as indicated by the up-regulation of Eukaryotic initiation factor 4A, 50S ribosomal protein L10 and GTP-binding protein TypA, was coherent with the increasing accumulation of protein chaperones, i.e. ClpC2, 60kDa chaperonin, chaperonin CPN60-2, nucleoredoxin and PDI, which indicated higher Cu-induced damages on protein metabolism in NM leaves. A mitochondrial HSP70 was induced only in Cu-stressed M leaves and may better protect protein metabolism in M plants. Higher cysteine synthase accumulation in NM leaves, together with the up-regulation of glutamine synthetase, suggested an increased GSH production. Higher oxidative stress in NM leaves was indicated by up-regulation of Thioredoxin and Thioredoxin peroxidase.< Réduire
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