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Population genomics of apricots unravels domestication history and adaptive events

hal.structure.identifierCentre de Bioinformatique de Bordeaux [CBIB]
dc.contributor.authorGROPPI, Alexis
hal.structure.identifierBiologie du fruit et pathologie [BFP]
dc.contributor.authorLIU, Shuo
hal.structure.identifierGénétique Quantitative et Evolution - Le Moulon (Génétique Végétale) [GQE-Le Moulon]
dc.contributor.authorCORNILLE, A.
hal.structure.identifierBiologie du fruit et pathologie [BFP]
dc.contributor.authorTRICON, David
hal.structure.identifierBiologie du fruit et pathologie [BFP]
dc.contributor.authorBUI, Quynh Trang
hal.structure.identifierGenoscope - Centre national de séquençage [Evry] [GENOSCOPE]
dc.contributor.authorCRUAUD, Corinne
hal.structure.identifierCentre National de Ressources Génomiques Végétales [CNRGV]
dc.contributor.authorARRIBAT, Sandrine
hal.structure.identifierLaboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité [LBGB]
dc.contributor.authorBELSER, Caroline
hal.structure.identifierCentre National de Ressources Génomiques Végétales [CNRGV]
dc.contributor.authorMARANDE, William
hal.structure.identifierGénétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales [GDEC]
dc.contributor.authorSALSE, Jérôme
hal.structure.identifierGénétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales [GDEC]
dc.contributor.authorHUNEAU, Cécile
hal.structure.identifierCentre National de Ressources Génomiques Végétales [CNRGV]
dc.contributor.authorRODDE, Nathalie
hal.structure.identifierCentre National de Ressources Génomiques Végétales [CNRGV]
dc.contributor.authorRHALLOUSSI, Wassim
hal.structure.identifierCentre National de Ressources Génomiques Végétales [CNRGV]
dc.contributor.authorCAUET, Stéphane
hal.structure.identifierLaboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité [LBGB]
dc.contributor.authorISTACE, Benjamin
hal.structure.identifierGenoscope - Centre national de séquençage [Evry] [GENOSCOPE]
dc.contributor.authorDENIS, Erwan
hal.structure.identifierLaboratoire des Interactions Plantes Microbes Environnement [LIPME]
dc.contributor.authorCARRÈRE, Sébastien
hal.structure.identifierGénétique et Amélioration des Fruits et Légumes [GAFL]
dc.contributor.authorAUDERGON, Jean-Marc
hal.structure.identifierGénétique et Amélioration des Fruits et Légumes [GAFL]
dc.contributor.authorROCH, Guillaume
hal.structure.identifierGénétique et Amélioration des Fruits et Légumes [GAFL]
dc.contributor.authorLAMBERT, Patrick
hal.structure.identifierPennsylvania State University [Penn State]
dc.contributor.authorZHEBENTYAYEVA, Tetyana
hal.structure.identifierLiaoning Institute of Pomology
dc.contributor.authorLIU, Wei-Sheng
hal.structure.identifierGénome et Transcriptome - Plateforme Génomique [GeT-PlaGe]
dc.contributor.authorBOUCHEZ, Olivier
hal.structure.identifierGénome et Transcriptome - Plateforme Génomique [GeT-PlaGe]
dc.contributor.authorLOPEZ-ROQUES, Céline
hal.structure.identifierGénome et Transcriptome - Plateforme Génomique [GeT-PlaGe]
dc.contributor.authorSERRE, Rémy-Félix
hal.structure.identifierInstitut de Biologie Intégrative de la Cellule [I2BC]
dc.contributor.authorDEBUCHY, Robert
hal.structure.identifierEcophysiologie et Génomique Fonctionnelle de la Vigne [UMR EGFV]
dc.contributor.authorTRAN, Joseph
hal.structure.identifierGénomique métabolique [UMR 8030]
dc.contributor.authorWINCKER, Patrick
hal.structure.identifierGénétique Quantitative et Evolution - Le Moulon (Génétique Végétale) [GQE-Le Moulon]
dc.contributor.authorCHEN, Xilong
hal.structure.identifierBiologie du fruit et pathologie [BFP]
dc.contributor.authorPÉTRIACQ, Pierre
hal.structure.identifierCentre de Bioinformatique de Bordeaux [CBIB]
dc.contributor.authorBARRÉ, Aurélien
hal.structure.identifierCentre de Bioinformatique de Bordeaux [CBIB]
dc.contributor.authorNIKOLSKI, Macha
hal.structure.identifierLaboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité [LBGB]
dc.contributor.authorAURY, Jean-Marc
hal.structure.identifierUniversity of Kentucky [UK]
dc.contributor.authorABBOTT, Albert
hal.structure.identifierEcologie Systématique et Evolution [ESE]
dc.contributor.authorGIRAUD, Tatiana
hal.structure.identifierBiologie du fruit et pathologie [BFP]
dc.contributor.authorDECROOCQ, Véronique
dc.date.issued2021-06-25
dc.identifier.issn2041-1723
dc.description.abstractEnAmong crop fruit trees, the apricot (Prunus armeniaca) provides an excellent model to study divergence and adaptation processes. Here, we obtain nearly 600 Armeniaca apricot genomes and four high-quality assemblies anchored on genetic maps. Chinese and European apricots form two differentiated gene pools with high genetic diversity, resulting from independent domestication events from distinct wild Central Asian populations, and with subsequent gene flow. A relatively low proportion of the genome is affected by selection. Different genomic regions show footprints of selection in European and Chinese cultivated apricots, despite convergent phenotypic traits, with predicted functions in both groups involved in the perennial life cycle, fruit quality and disease resistance. Selection footprints appear more abundant in European apricots, with a hotspot on chromosome 4, while admixture is more pervasive in Chinese cultivated apricots. Our study provides clues to the biology of selected traits and targets for fruit tree research and breeding.
dc.description.sponsorshipOrganisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique
dc.language.isoen
dc.publisherNature Publishing Group
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by/
dc.subjectdivergence
dc.subjectGénomique
dc.subjectGénétique
dc.subjectFruit à noyau
dc.subjectAbricot
dc.subjectAbricotier
dc.subjectArbre fruitier à noyau
dc.subjectPrunus armeniaca
dc.subjectadaptation
dc.subjectdomestication
dc.title.enPopulation genomics of apricots unravels domestication history and adaptive events
dc.typeArticle de revue
dc.identifier.doi10.1038/s41467-021-24283-6
dc.subject.halSciences du Vivant [q-bio]
dc.subject.halSciences du Vivant [q-bio]/Biologie végétale
dc.subject.halSciences du Vivant [q-bio]/Biologie végétale/Amélioration des plantes
bordeaux.journalNature Communications
bordeaux.page3956
bordeaux.volume12
bordeaux.issue1
bordeaux.peerReviewedoui
hal.identifierhal-03282504
hal.version1
hal.popularnon
hal.audienceInternationale
hal.origin.linkhttps://hal.archives-ouvertes.fr//hal-03282504v1
bordeaux.COinSctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info:ofi/fmt:kev:mtx:journal&rft.jtitle=Nature%20Communications&rft.date=2021-06-25&rft.volume=12&rft.issue=1&rft.spage=3956&rft.epage=3956&rft.eissn=2041-1723&rft.issn=2041-1723&rft.au=GROPPI,%20Alexis&LIU,%20Shuo&CORNILLE,%20A.&TRICON,%20David&BUI,%20Quynh%20Trang&rft.genre=article


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