GROPPI, Alexis; LIU, Shuo; CORNILLE, A.; TRICON, David; BUI, Quynh Trang; CRUAUD, Corinne; ARRIBAT, Sandrine; BELSER, Caroline; MARANDE, William; SALSE, Jérôme; HUNEAU, Cécile; RODDE, Nathalie; RHALLOUSSI, Wassim; CAUET, Stéphane; ISTACE, Benjamin; DENIS, Erwan; CARRÈRE, Sébastien; AUDERGON, Jean-Marc; ROCH, Guillaume; LAMBERT, Patrick; ZHEBENTYAYEVA, Tetyana; LIU, Wei-Sheng; BOUCHEZ, Olivier; LOPEZ-ROQUES, Céline; SERRE, Rémy-Félix; DEBUCHY, Robert; TRAN, Joseph; WINCKER, Patrick; CHEN, Xilong; PÉTRIACQ, Pierre; BARRÉ, Aurélien; NIKOLSKI, Macha; AURY, Jean-Marc; ABBOTT, Albert; GIRAUD, Tatiana; DECROOCQ, Véronique

doi:10.1038/s41467-021-24283-6

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GROPPI, Alexis
Centre de Bioinformatique de Bordeaux [CBIB]

LIU, Shuo
Biologie du fruit et pathologie [BFP]

CORNILLE, A.
Génétique Quantitative et Evolution - Le Moulon (Génétique Végétale) [GQE-Le Moulon]

GROPPI, Alexis
Centre de Bioinformatique de Bordeaux [CBIB]

LIU, Shuo
Biologie du fruit et pathologie [BFP]

CORNILLE, A.
Génétique Quantitative et Evolution - Le Moulon (Génétique Végétale) [GQE-Le Moulon]

TRICON, David
Biologie du fruit et pathologie [BFP]

BUI, Quynh Trang
Biologie du fruit et pathologie [BFP]

CRUAUD, Corinne
Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] [GENOSCOPE]

ARRIBAT, Sandrine
Centre National de Ressources Génomiques Végétales [CNRGV]

BELSER, Caroline
Laboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité [LBGB]

MARANDE, William
Centre National de Ressources Génomiques Végétales [CNRGV]

SALSE, Jérôme
Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales [GDEC]

HUNEAU, Cécile
Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales [GDEC]

RODDE, Nathalie
Centre National de Ressources Génomiques Végétales [CNRGV]

RHALLOUSSI, Wassim
Centre National de Ressources Génomiques Végétales [CNRGV]

CAUET, Stéphane
Centre National de Ressources Génomiques Végétales [CNRGV]

ISTACE, Benjamin
Laboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité [LBGB]

DENIS, Erwan
Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] [GENOSCOPE]

CARRÈRE, Sébastien
Laboratoire des Interactions Plantes Microbes Environnement [LIPME]

AUDERGON, Jean-Marc
Génétique et Amélioration des Fruits et Légumes [GAFL]

ROCH, Guillaume
Génétique et Amélioration des Fruits et Légumes [GAFL]

LAMBERT, Patrick
Génétique et Amélioration des Fruits et Légumes [GAFL]

ZHEBENTYAYEVA, Tetyana
Pennsylvania State University [Penn State]

LIU, Wei-Sheng
Liaoning Institute of Pomology

BOUCHEZ, Olivier
Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique [GeT-PlaGe]

LOPEZ-ROQUES, Céline
Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique [GeT-PlaGe]

SERRE, Rémy-Félix
Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique [GeT-PlaGe]

DEBUCHY, Robert
Institut de Biologie Intégrative de la Cellule [I2BC]

TRAN, Joseph
Ecophysiologie et Génomique Fonctionnelle de la Vigne [UMR EGFV]

WINCKER, Patrick
Génomique métabolique [UMR 8030]

CHEN, Xilong
Génétique Quantitative et Evolution - Le Moulon (Génétique Végétale) [GQE-Le Moulon]

PÉTRIACQ, Pierre
Biologie du fruit et pathologie [BFP]

BARRÉ, Aurélien
Centre de Bioinformatique de Bordeaux [CBIB]

NIKOLSKI, Macha
Centre de Bioinformatique de Bordeaux [CBIB]

AURY, Jean-Marc
Laboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité [LBGB]

ABBOTT, Albert
University of Kentucky [UK]

GIRAUD, Tatiana
Ecologie Systématique et Evolution [ESE]

DECROOCQ, Véronique
Biologie du fruit et pathologie [BFP]

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Idioma

Article de revue

Este ítem está publicado en

Nature Communications. 2021-06-25, vol. 12, n° 1, p. 3956

Nature Publishing Group

Resumen en inglés

Among crop fruit trees, the apricot (Prunus armeniaca) provides an excellent model to study divergence and adaptation processes. Here, we obtain nearly 600 Armeniaca apricot genomes and four high-quality assemblies anchored on genetic maps. Chinese and European apricots form two differentiated gene pools with high genetic diversity, resulting from independent domestication events from distinct wild Central Asian populations, and with subsequent gene flow. A relatively low proportion of the genome is affected by selection. Different genomic regions show footprints of selection in European and Chinese cultivated apricots, despite convergent phenotypic traits, with predicted functions in both groups involved in the perennial life cycle, fruit quality and disease resistance. Selection footprints appear more abundant in European apricots, with a hotspot on chromosome 4, while admixture is more pervasive in Chinese cultivated apricots. Our study provides clues to the biology of selected traits and targets for fruit tree research and breeding.< Leer menos

Palabras clave

divergence

Génomique

Génétique

Fruit à noyau

Abricot

Abricotier

Arbre fruitier à noyau

Prunus armeniaca

adaptation

domestication

DOI

http://dx.doi.org/10.1038/s41467-021-24283-6

Proyecto ANR

Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique

Orígen

Importado de Hal

Centros de investigación

Ecophysiologie et Génomique Fonctionnelle de la Vigne (EGFV) - UMR 1287