Développement d'une puce microfluidique de PCR quantitative pour suivre la dynamique d'une communauté synthétique de microorganismes sur vigne ayant un potentiel effet de biocontrôle contre le mildiou

Abstract

Une communauté synthétique de microorganismes ayant un potentiel effet de biocontrôle contre le mildiou a été développée dans le cadre de la thèse d'Aarti Jaswa. Afin de suivre l’établissement de cette communauté sur les feuilles de vigne, une puce microfluidique de PCR (Polymerase Chain Reaction) quantitative a été mise au point. Des amorces ciblant individuellement chacun des microorganismes présents sur la puce ont été développées, dans l’objectif de pouvoir obtenir une quantification absolue des souches à tout temps. Cette puce vise aussi a être utilisée sur des échantillons environnementaux, notamment ceux récoltés par les capteurs de spores du réseau VISA. Elle pourrait ainsi donner une idée de la « bonne santé » du vignoble en indiquant la présence ou non de microorganismes sentinelles ciblés par la puce.