Révéler les consortia microbiens qui interfèrent avec le mildiou de la vigne grâce à l'épidémiologie du microbiome

Abstract

Ce rapport a été adressé aux viticulteurs ayant mis à disposition leurs parcelles pour mon projet de thèse. Il présente la méthode utilisée, les principaux résultats et les perspectives de travail.L’étude visait à identifier des micro-organismes capables de protéger la vigne contre Plasmopara viticola, l’agent du mildiou, afin de réduire l’usage de fongicides chimiques. Pendant deux ans, des échantillons de feuilles et de sols ont été collectés au printemps dans 14 parcelles viticoles de la région de Bordeaux, sélectionnées en raison de niveaux de symptômes de mildiou contrastés observés sur plusieurs années. L’échantillonnage a ciblé les jeunes feuilles et les premiers centimètres de sol. Des analyses de biologie moléculaire (extraction d’ADN, PCR et séquençage) ont ensuite permis de caractériser les micro-organismes (bactéries et champignons) présents dans ces parcelles. Différentes hypothèses ont été explorées. La principale, présentée dans ce rapport, est que les parcelles peu affectées par le mildiou hébergent une plus grande abondance de micro-organismes susceptibles de jouer un rôle dans la régulation de l'agent pathogène.Source : Fournier, P., Pellan, L., Jaswa, A., Cambon, M. C., Chataigner, A., Bonnard, O., Raynal, M., Debord, C., Poeydebat, C., Labarthe, S., Delmotte, F., This, P., & Vacher, C. (2025). Revealing microbial consortia that interfere with grapevine downy mildew through microbiome epidemiology. Environmental Microbiome, 20(1), 37. https://doi.org/10.1186/s40793-025-00691-9