Avis de l’Anses relatif à « l’évaluation du risque lié à Ceratobasidium theobromae pour les DROM »

Abstract

L’Anses a été saisie le 09 octobre 2024 par la Direction générale de l’alimentation pour la réalisation de l’expertise suivante : Évaluation du risque lié à Ceratobasidium sp. pour les DROM.1.1 Contexte de la saisineLa maladie du balai de sorcière du manioc (cassava witches' broom disease, CWBD) est une maladie dévastatrice de plantations en Asie du Sud-Est. Les symptômes caractéristiques du CWBD classiquement attribués à la présence de phytoplasmes sont le nanisme et la prolifération de pousses faibles et grêles sur la tige du manioc en forme de balai. En 2023, le CWBD observé sur manioc au Laos, au Cambodge et au Vietnam a été associé - en l’absence de tout phytoplasme - à un champignon, du genre Ceratobasidium (Leiva et al., 2023). Ce dernier s’est révélé très proche génétiquement de C. theobromae, agent pathogène responsable de la maladie vascular streak dieback (VSD) sur cacao où il provoque les mêmes symptômes. En 2024, une étude par séquençage du génome d’une souche de Ceratobasidium sp., isolée à partir de manioc produit dans la même région présentant des symptômes du CWBD, et cultivée in vitro, identifie le champignon comme étant un isolat de C. theobromae (Gil‑Ordóñez et al., 2024).Dès mars 2023, des signalements avaient été recueillis par la Direction de l’Environnement, de l’Alimentation, de l’Agriculture et de la Forêt (DGTM/DEAAF) au sujet de la présence d’une maladie se propageant sur les plants de manioc sur le territoire Guyanais dans l’ensemble des communes productrices de cette culture dont les symptômes pouvaient s’apparenter à ceux de la CWBD. Missionnées par la DGTM, plusieurs campagnes de prospections et de prélèvements ont été effectuées par la Fédération Régionale de lutte contre les organismes nuisibles (FREDON) dans les différents bassins de production de manioc de mai 2023 à mai 2024. En l’absence de connaissances suffisantes de l’agent pathogène responsable de cette maladie, ce sont 211 échantillons qui ont été envoyés dans différents laboratoires afin d’identifier le ou les organisme(s) responsable(s) de la maladie. Au fil des mois, les différentesanalyses notamment mycologiques ont permis de mettre en évidence la présence systématique d’un champignon du genre Ceratobasidium.Une mission de chercheurs du Centre international d’agronomie tropicale, Colombie (CIAT) a été déployée du 13 au 17 mai 2024 en Guyane et a confirmé, par analyse de séquence d’un gène barcode et caractérisation morphométrique, l’identification d’une souche de Ceratobasidium sp. proche de celle de C. theobromae identifiée en 2023 en Asie du Sud-Est (Laos, Vietnam, Cambodge). Cette identification a été confirmée le 11 juillet 2024 par le laboratoire national de référence pour les champignons et les oomycètes (unité de mycologie, Laboratoire de la santé des végétaux, Anses) par analyses de séquence de code barre génétique, et PCR espèces-spécifique. La maladie a également été signalée dans l’État de ,l’Amapá au Brésil.Dans ce contexte, les services de l’Etat, appuyé par la FREDON, vont poursuivre les investigations dans l’ensemble des bassins de production pour affiner la situation phytosanitaire et des travaux de recherche vont être menés par le CIRAD pour acquérir des connaissances et, notamment déterminer les risques de passage du champignon sur d’autres espèces.La maladie, qui touche aussi bien les jeunes plants que les plants plus âgés de manioc, se traduit par le jaunissement et le flétrissement des feuilles suivis par un dessèchement des tiges, de l’apex jusqu’aux racines, pouvant conduire à la mort du plant. En cas de reprise de végétation, peuvent être constatées l’émission de tiges tordues et/ou pousse erratique des feuilles (en balai de sorcière). Outre l’impact significatif sur le rendement et la qualité des tubercules, la maladie limite aussi fortement la disponibilité en matériel végétal permettant de replanter les abattis (tiges) et compromet donc à l’échelle de la filière entière l’accès à cette ressource alimentaire.D’un point de vue réglementaire, ni Ceratobasidium sp. ni C. theobromae ne sont réglementés par les textes s’appliquant dans les DROM (Arrêté du 3 septembre 1990). Cependant, le champignon C. theobromae est listé comme organisme de quarantaine au Brésil.1.2 Objet de la saisineCompte tenu des dégâts observés sur le manioc en Guyane et de la menace que pourrait représenter Ceratobasidium sp. pour d’autres cultures d’intérêt agronomique telle que le cacaoyer, une évaluation du risque phytosanitaire sur Ceratobasidium sp. pour les DROM (Guyane, Antilles, La Réunion, Mayotte) s’avère nécessaire.Une attention particulière sera portée à la description des méthodes de diagnostic disponibles et des mesures de gestion mobilisables (y compris en termes de sécurisation du matériel de multiplication et la gestion des terres contaminées).Il a été convenu, lors d’un échange avec le demandeur, qu’il serait envisageable de découper la zone ARP (zone pour laquelle l’Analyse du Risque Phytosanitaire est réalisée) qui englobe actuellement tous les DROM et réaliser l’évaluation du risque en deux parties : la Guyane (territoire où l’organisme nuisible est présent) et les autres DROM regroupés.Par ailleurs, une publication scientifique parue le 17 novembre 2024 et rédigée par Pardo et al. (2024) précise que le champignon détecté sur le manioc en Guyane française est Ceratobasidium theobromae. Compte tenu de cette précision relative à l’espèce et en accord avec le demandeur, le périmètre de la saisine est revu et l’évaluation du risque phytosanitaire porte désormais sur C. theobromae.