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Génération et utilisation de graphes de connaissances pour aider à la contextualisation des données de métabolomique

hal.structure.identifierInstitut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes [IGEPP]
hal.structure.identifierPlateforme de Profilage Métabolique et de Métabolomique [P2M2]
dc.contributor.authorFILANGI, Olivier
hal.structure.identifierInstitut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes [IGEPP]
hal.structure.identifierPlateforme de Profilage Métabolique et de Métabolomique [P2M2]
dc.contributor.authorLAISNEY, Guillaume
hal.structure.identifierBiologie du fruit et pathologie [BFP]
hal.structure.identifierPlateforme Bordeaux Metabolome
dc.contributor.authorBENABEN, David
hal.structure.identifierInstitut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes [IGEPP]
hal.structure.identifierPlateforme de Profilage Métabolique et de Métabolomique [P2M2]
dc.contributor.authorBOUCHEREAU, Alain
hal.structure.identifierInstitut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes [IGEPP]
hal.structure.identifierPlateforme bioinformatique GenOuest [Rennes]
dc.contributor.authorBOUDET, Matéo
hal.structure.identifierBiologie du fruit et pathologie [BFP]
hal.structure.identifierPlateforme Bordeaux Metabolome
dc.contributor.authorCABASSON, Cécile
hal.structure.identifierInstitut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes [IGEPP]
hal.structure.identifierPlateforme de Profilage Métabolique et de Métabolomique [P2M2]
dc.contributor.authorDELLERO, Younes
hal.structure.identifierLaboratoire d'étude des Résidus et Contaminants dans les Aliments [LABERCA]
dc.contributor.authorGUITTON, Yann
hal.structure.identifierMetaToul Agromix
dc.contributor.authorMARTI, Guillaume
hal.structure.identifierMétabolisme et Xénobiotiques [ToxAlim-MeX]
dc.contributor.authorMATHÉ, Meije
hal.structure.identifierPlateforme Exploration du Métabolisme [PFEM]
dc.contributor.authorPAULHE, Nils
hal.structure.identifierBiologie du fruit et pathologie [BFP]
hal.structure.identifierPlateforme Bordeaux Metabolome
dc.contributor.authorPRIGENT, Sylvain
hal.structure.identifierPlateforme Exploration du Métabolisme [PFEM]
dc.contributor.authorSOUC, Faustine
hal.structure.identifierUnité de recherche sur les Biopolymères, Interactions Assemblages [BIA]
dc.contributor.authorWEBER, Magalie
hal.structure.identifierMétabolisme et Xénobiotiques [ToxAlim-MeX]
dc.contributor.authorFRAISNEY, Clément
hal.structure.identifierPlateforme Exploration du Métabolisme [PFEM]
dc.contributor.authorGIACOMONI, Franck
dc.date.issued2025
dc.date.conference2025-07-01
dc.description.abstractCet article présente une e-infrastructure de graphes de connaissances, le "Metabolomic Semantic Data Lake", pour contextualiser les données métabolomiques. Elle relie des concepts biologiques et annote la littérature scientifique grâce à des méthodes issues de l'intelligence artificielle, palliant le manque d'annotation dans certains domaines. Basée sur des technologies Big Data et le Web Sémantique, elle offre une API pour un accès facile aux données. Les graphes FORVM ChemDisease et FORVM Plants permettent d'analyser des voies toxicologiques et d'identifier des biomarqueurs végétaux. L'objectif est d'améliorer l'intégration et l'interprétation des données en sciences de la vie.
dc.description.abstractEnThis article introduces a knowledge graph e-infrastructure, the Metabolomic Semantic Data Lake, for contextualizing metabolomics data. It links biological concepts and annotated scientific literature using AI, addressing annotation gaps. Based on Big Data technologies and the Semantic Web, it offers an API for easy data access. FORVM ChemDisease and FORVM Plants graphs enable the analysis of toxicological pathways and the identification of plant biomarkers. The aim is to enhance data integration and interpretation in life sciences.
dc.description.sponsorshipDéveloppement d'une infrastructure française distribuée pour la métabolomique dédiée à l'innovation
dc.description.sponsorshipNext generation metabolomics and fluxomics, from population to single cells - ANR-21-ESRE-0035
dc.description.sponsorshipMetaboHUB National Infrastructure of metabolomics and fluxomics - ANR-24-INBS-0012
dc.language.isofr
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc/
dc.subjectMétabolomique
dc.subjectweb sémantique
dc.subjectIA
dc.subjectgraphe de connaissance
dc.subjectdonnées massives
dc.subjectlac de données
dc.subject.ensemantic web
dc.subject.enknowledge graph
dc.subject.enbig data
dc.subject.endata-lake
dc.subject.enMetabolomics
dc.titleGénération et utilisation de graphes de connaissances pour aider à la contextualisation des données de métabolomique
dc.typeCommunication dans un congrès
dc.subject.halInformatique [cs]/Intelligence artificielle [cs.AI]
dc.subject.halSciences de l'environnement
dc.subject.halSciences du Vivant [q-bio]
bordeaux.conference.titleIN-OVIVE 2025 - 8ème édition de l’Atelier INtégration de sources/masses de données hétérogènes et Ontologies, dans le domaine des sciences du VIVant et de l’Environnement, adossé à la conférence Ingénierie des Connaissances @PFIA
bordeaux.countryFR
bordeaux.conference.cityDijon
bordeaux.peerReviewedoui
hal.identifierhal-05075616
hal.version1
hal.invitednon
hal.proceedingsnon
hal.conference.organizerAFIA- Association Française d’Intelligence Artificielle
hal.conference.end2025-07-01
hal.popularnon
hal.audienceInternationale
hal.origin.linkhttps://hal.archives-ouvertes.fr//hal-05075616v1
bordeaux.COinSctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info:ofi/fmt:kev:mtx:journal&rft.title=G%C3%A9n%C3%A9ration%20et%20utilisation%20de%20graphes%20de%20connaissances%20pour%20aider%20%C3%A0%20la%20contextualisation%20des%20donn%C3%A9es%20de%20m%C3%A9tabolomiqu&rft.atitle=G%C3%A9n%C3%A9ration%20et%20utilisation%20de%20graphes%20de%20connaissances%20pour%20aider%20%C3%A0%20la%20contextualisation%20des%20donn%C3%A9es%20de%20m%C3%A9tabolomiq&rft.date=2025&rft.au=FILANGI,%20Olivier&LAISNEY,%20Guillaume&BENABEN,%20David&BOUCHEREAU,%20Alain&BOUDET,%20Mat%C3%A9o&rft.genre=unknown


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