Génération et utilisation de graphes de connaissances pour aider à la contextualisation des données de métabolomique
FILANGI, Olivier
Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes [IGEPP]
Plateforme de Profilage Métabolique et de Métabolomique [P2M2]
Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes [IGEPP]
Plateforme de Profilage Métabolique et de Métabolomique [P2M2]
LAISNEY, Guillaume
Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes [IGEPP]
Plateforme de Profilage Métabolique et de Métabolomique [P2M2]
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Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes [IGEPP]
Plateforme de Profilage Métabolique et de Métabolomique [P2M2]
FILANGI, Olivier
Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes [IGEPP]
Plateforme de Profilage Métabolique et de Métabolomique [P2M2]
Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes [IGEPP]
Plateforme de Profilage Métabolique et de Métabolomique [P2M2]
LAISNEY, Guillaume
Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes [IGEPP]
Plateforme de Profilage Métabolique et de Métabolomique [P2M2]
Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes [IGEPP]
Plateforme de Profilage Métabolique et de Métabolomique [P2M2]
BOUCHEREAU, Alain
Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes [IGEPP]
Plateforme de Profilage Métabolique et de Métabolomique [P2M2]
Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes [IGEPP]
Plateforme de Profilage Métabolique et de Métabolomique [P2M2]
BOUDET, Matéo
Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes [IGEPP]
Plateforme bioinformatique GenOuest [Rennes]
Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes [IGEPP]
Plateforme bioinformatique GenOuest [Rennes]
DELLERO, Younes
Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes [IGEPP]
Plateforme de Profilage Métabolique et de Métabolomique [P2M2]
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fr
Communication dans un congrès
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IN-OVIVE 2025 - 8ème édition de l’Atelier INtégration de sources/masses de données hétérogènes et Ontologies, dans le domaine des sciences du VIVant et de l’Environnement, adossé à la conférence Ingénierie des Connaissances @PFIA, 2025-07-01, Dijon. 2025
Abstract
Cet article présente une e-infrastructure de graphes de connaissances, le "Metabolomic Semantic Data Lake", pour contextualiser les données métabolomiques. Elle relie des concepts biologiques et annote la littérature ...Read more >
Cet article présente une e-infrastructure de graphes de connaissances, le "Metabolomic Semantic Data Lake", pour contextualiser les données métabolomiques. Elle relie des concepts biologiques et annote la littérature scientifique grâce à des méthodes issues de l'intelligence artificielle, palliant le manque d'annotation dans certains domaines. Basée sur des technologies Big Data et le Web Sémantique, elle offre une API pour un accès facile aux données. Les graphes FORVM ChemDisease et FORVM Plants permettent d'analyser des voies toxicologiques et d'identifier des biomarqueurs végétaux. L'objectif est d'améliorer l'intégration et l'interprétation des données en sciences de la vie.Read less <
English Abstract
This article introduces a knowledge graph e-infrastructure, the Metabolomic Semantic Data Lake, for contextualizing metabolomics data. It links biological concepts and annotated scientific literature using AI, addressing ...Read more >
This article introduces a knowledge graph e-infrastructure, the Metabolomic Semantic Data Lake, for contextualizing metabolomics data. It links biological concepts and annotated scientific literature using AI, addressing annotation gaps. Based on Big Data technologies and the Semantic Web, it offers an API for easy data access. FORVM ChemDisease and FORVM Plants graphs enable the analysis of toxicological pathways and the identification of plant biomarkers. The aim is to enhance data integration and interpretation in life sciences.Read less <
Keywords
Métabolomique
web sémantique
IA
graphe de connaissance
données massives
lac de données
English Keywords
semantic web
knowledge graph
big data
data-lake
Metabolomics
ANR Project
Développement d'une infrastructure française distribuée pour la métabolomique dédiée à l'innovation
Next generation metabolomics and fluxomics, from population to single cells - ANR-21-ESRE-0035
MetaboHUB National Infrastructure of metabolomics and fluxomics - ANR-24-INBS-0012
Next generation metabolomics and fluxomics, from population to single cells - ANR-21-ESRE-0035
MetaboHUB National Infrastructure of metabolomics and fluxomics - ANR-24-INBS-0012
Origin
Hal importedCollections