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hal.structure.identifierGembloux Agro-Bio Tech [Gembloux]
dc.contributor.authorMACLOT, François
hal.structure.identifierBiologie du fruit et pathologie [BFP]
dc.contributor.authorCANDRESSE, Thierry
hal.structure.identifierPlant Health Institute of Montpellier [UMR PHIM]
hal.structure.identifierDépartement Systèmes Biologiques [Cirad-BIOS]
dc.contributor.authorFILLOUX, Denis
hal.structure.identifierPlant Health Institute of Montpellier [UMR PHIM]
hal.structure.identifierDépartement Systèmes Biologiques [Cirad-BIOS]
dc.contributor.authorROTT, Philippe
hal.structure.identifierMichigan State University [East Lansing]
dc.contributor.authorMALMSTROM, Carolyn
hal.structure.identifierWageningen University and Research [Wageningen] [WUR]
dc.contributor.authorVAN DER VLUGT, René
hal.structure.identifierGembloux Agro-Bio Tech [Gembloux]
dc.contributor.authorMASSART, Sébastien
hal.structure.identifierPlant Health Institute of Montpellier [UMR PHIM]
hal.structure.identifierDépartement Systèmes Biologiques [Cirad-BIOS]
dc.contributor.authorROUMAGNAC, Philippe
dc.date.issued2021
dc.identifier.issn1267-8694
dc.description.abstractL’écologie des virus végétaux a commencé à être explorée à la fin du xixe siècle. Depuis lors, des avancées majeures ont mis en évidence de complexes interactions virus-hôte-vecteur dans des environnements variés. Ces progrès ont été accélérés par de nouvelles technologies de détection et de caractérisation des virus, dont la dernière en date est le séquençage à haut débit (HTS). Les technologies HTS permettent, pour la première fois, de caractériser sans information préalable le virome, c’est-à-dire l’ensemble des virus présents dans un échantillon. Ces travaux de phytoviromique basés sur les technologies HTS ont récemment produit d’importants résultats. À titre d’exemples, on peut citer la mise en évidence des influences réciproques entre la dynamique des phytovirus et la structure des communautés hôtes multi-espèces ou des effets de la simplification des écosystèmes causés par les activités humaines sur la biodiversité et l’émergence de nouveaux virus dans les cultures. Cependant, pour être efficaces, les études de phytoviromique doivent surmonter des défis à chaque étape de la procédure, depuis l’échantillonnage des plantes jusqu’aux analyses bio-informatiques. Cette revue résume tout d’abord les progrès historiques majeurs de l’écologie des virus végétaux réalisés en association avec les développements technologiques, puis précise les éléments clés à considérer pour tenter de se projeter à court terme vers des études sans a priori d’écologie des communautés virales.
dc.description.abstractEnPlant virus ecology began to be explored at the end of the 19th century. Since then, major advances have revealed complex virus-host-vector interactions in a variety of environments. These advances have been accelerated by development of new technologies for virus detection and characterization, the latest of which being high-throughput sequencing (HTS). HTS technologies have proved to be effective for non-targeted characterization of all or nearly all viruses present in a sample without requiring prior information about virus identity, as would be needed for virus-targeted tests. Phytoviromic studies have thus made important advances, including characterization of the complex interactions between phytovirus dynamics and the structure of multi-species host communities, and documentation of the effects of anthropogenic ecosystem simplification on plant virus emergence and diversity. However, such studies must overcome challenges at every stage, from plant sampling to bioinformatics analysis. This review summarizes major advances in plant virus ecology, in association with technological developments, and presents key considerations for use of HTS in the study of the ecology of phytovirus communities.
dc.language.isofr
dc.publisherJohn Libbey Eurotext
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by/
dc.subjectécologie des virus de plantes et évolution
dc.subjectphytovirome
dc.subjectmétagénomique
dc.subjectnouvelles générations de séquençage
dc.subjectséquençage haut-débit (HTS)
dc.subjectavancées historiques
dc.subjectopportunités et défis
dc.subject.enecology and evolution of plant viruses
dc.subject.enhigh-throughput sequencing (HTS)
dc.subject.enmetagenomics
dc.subject.ennext generation sequencing
dc.subject.enopportunities and challenges
dc.subject.enphytovirome
dc.titleDe la paire de bottes à la paire de bases : de l’intérêt d’étudier l’écologie des viromes de plantes
dc.title.enFrom boots on the ground to nucleotides in the sequencer: a century of advances in the study of the plant virus ecology
dc.typeArticle de revue
dc.typeArticle de synthèse
dc.identifier.doi10.1684/vir.2021.0879
dc.subject.halSciences du Vivant [q-bio]
dc.subject.halSciences du Vivant [q-bio]/Biologie végétale
dc.subject.halSciences du Vivant [q-bio]/Biologie végétale/Phytopathologie et phytopharmacie
bordeaux.journalVirologie
bordeaux.page29-42
bordeaux.volume25
bordeaux.issue1
bordeaux.peerReviewedoui
hal.identifierhal-03162172
hal.version1
hal.popularnon
hal.audienceInternationale
hal.origin.linkhttps://hal.archives-ouvertes.fr//hal-03162172v1
bordeaux.COinSctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info:ofi/fmt:kev:mtx:journal&rft.title=De%20la%20paire%20de%20bottes%20%C3%A0%20la%20paire%20de%20bases%20:%20de%20l%E2%80%99int%C3%A9r%C3%AAt%20d%E2%80%99%C3%A9tudier%20l%E2%80%99%C3%A9cologie%20des%20viromes&rft.atitle=De%20la%20paire%20de%20bottes%20%C3%A0%20la%20paire%20de%20bases%20:%20de%20l%E2%80%99int%C3%A9r%C3%AAt%20d%E2%80%99%C3%A9tudier%20l%E2%80%99%C3%A9cologie%20des%20virome&rft.jtitle=Virologie&rft.date=2021&rft.volume=25&rft.issue=1&rft.spage=29-42&rft.epage=29-42&rft.eissn=1267-8694&rft.issn=1267-8694&rft.au=MACLOT,%20Fran%C3%A7ois&CANDRESSE,%20Thierry&FILLOUX,%20Denis&ROTT,%20Philippe&MALMSTROM,%20Carolyn&rft.genre=article&unknown


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