Différenciation phénotypique et moléculaire du chêne sessile le long de gradients environnementaux
dc.contributor.advisor | Antoine Kremer | |
hal.structure.identifier | Biodiversité, Gènes & Communautés [BioGeCo] | |
dc.contributor.author | ALBERTO, Florian | |
dc.date.accessioned | 2022-10-12T12:25:46Z | |
dc.date.available | 2022-10-12T12:25:46Z | |
dc.identifier.uri | https://oskar-bordeaux.fr/handle/20.500.12278/156196 | |
dc.description.abstract | Afin d’estimer la capacité de réponse du chêne sessile (Quercus petraea Matt. Liebl.) aux changements climatiques en cours, le potentiel d’adaptation de cette espèce pour le débourrement a été estimé pour des populations naturelles situées le long de deux gradients environnementaux : un gradient altitudinal comprenant 12 populations Pyrénéennes situées entre 131 et 1630 m, et un gradient latitudinal comprenant 21 populations situées sur l’ensemble de l’aire de répartition. Tout d’abord l’empreinte démographique sur les niveaux de diversité génétique a été estimée sur les populations du gradient altitudinal à partir de marqueurs chloroplastiques et nucléaires. Les résultats ont montré que la diversité est maintenue le long du gradient altitudinal essentiellement par des flux de gènes importants entre populations. La variabilité génétique du débourrement à été mesurée en tests de provenances pour 10 populations du gradient altitudinal. Les résultats ont montré une forte différenciation ainsi qu’une héritabilité élevée du trait. De plus, une variabilité génétique importante est maintenue à l’intérieur des populations et semble indiquer que de multiples pressions de sélection agissent de manière fluctuante et/ou opposée. La diversité nucléotidique de gènes candidats du débourrement a été étudiée sur les populations des deux gradients environnementaux. Un niveau de diversité nucléotidique relativement fort et un faible déséquilibre de liaison qui décroit rapidement avec la distance ont été observés. Des signatures de sélections ont été mises en évidence sur un ensemble de 28 gènes candidats dont 6 sont détectés dans les deux gradients. Finalement, une étude d’association a été menée entre variabilité du trait et polymorphisme au sein des gènes candidats sur les populations des deux gradients. Un total de 16 associations significatives a été observé impliquant 10 gènes candidats dont un seul est commun aux deux gradients environnementaux. Ces résultats suggèrent un potentiel d’adaptation important du chêne sessile pour le débourrement face aux changements climatiques et offrent des perspectives intéressantes pour la compréhension des processus évolutifs qui régissent cette adaptation. | |
dc.description.abstractEn | In order to assess the capacity of sessile oak (Quercus petraea Matt. Liebl.) to withstand the ongoing climate changes, we estimated its adaptative potential for bud burst within natural populations. These populations are located along two environmental gradients: an altitudinal gradient comprising 12 populations located between 131 m 1630 m in the Pyrenees, and a latitudinal gradient including 21 populations from the whole species’ distribution range. First the demographic imprint on the overall genetic diversity was assessed on the altitudinal gradient populations using chloroplast and nuclear markers. Results showed that genetic diversity was homogeneously distributed along the gradient and maintained at high altitudes due to high gene flow. The genetic variability of bud burst was measured in provenance tests for 10 populations of the altitudinal gradient. We found a high level of genetic differentiation and a high heritability for the trait. We also observed a high genetic variability within populations, indicating that selection pressures may fluctuate and/or be opposed in natural conditions. Genetic diversity of candidate genes for bud burst was assessed on populations from both environmental gradients. A high level of nucleotide diversity was observed, and linkage disequilibrium was low and decreased rapidly with distance. Selective signatures were observed for 28 candidate genes among which 6 were detected in both gradients. Finally, an association mapping study was performed between bud burst variability and polymorphism at the candidate genes on populations of both gradients separately. A total of 16 associations involving 10 genes were observed, but only one gene was common to both gradients. These results suggest an important adaptive potential of sessile oak for bud burst in the face of climate change and provide interesting perspectives for the comprehension of evolutionary processes controlling bud burst adaptation of sessile oak. | |
dc.language.iso | fr | |
dc.subject | ENVIRONMENTAL GRADIENTS | |
dc.subject | ADAPTATION GENETIQUE | |
dc.subject | DÉBOURREMENT | |
dc.subject | GÈNES CANDIDATS | |
dc.subject | GRADIENTS ENVIRONNEMENTAUX | |
dc.subject | QUERCUS PETRAEA | |
dc.subject | CHENE ROUVRE | |
dc.subject | QUERCUS SESSILIFLORA | |
dc.subject | CHÊNE SESSILE | |
dc.subject.en | GENETIC ADAPTATION | |
dc.subject.en | BUD BURST | |
dc.subject.en | CANDIDATE GENES | |
dc.subject.en | GRADIENT LATITUDINAL | |
dc.title | Différenciation phénotypique et moléculaire du chêne sessile le long de gradients environnementaux | |
dc.type | Thèses de doctorat | |
dc.subject.hal | Sciences du Vivant [q-bio] | |
bordeaux.page | 210 p. | |
bordeaux.hal.laboratories | BioGeCo (Biodiversité Gènes & Communautés) - UMR 1202 | * |
bordeaux.institution | Université de Bordeaux | |
bordeaux.institution | INRAE | |
bordeaux.type.institution | Université des Sciences et Technologies (Bordeaux 1) | |
hal.identifier | tel-02820564 | |
hal.version | 1 | |
hal.origin.link | https://hal.archives-ouvertes.fr//tel-02820564v1 | |
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