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Métatranscriptomique et modèle métabolique pour identifier la succession des métabolismes bactériens en interaction lors de la fabrication d’un fromage modèle à pâte pressée.

hal.structure.identifierScience et Technologie du Lait et de l'Oeuf [STLO]
dc.contributor.authorCAO, Wenfan
hal.structure.identifierPleiade, from patterns to models in computational biodiversity and biotechnology [PLEIADE]
dc.contributor.authorLECOMTE, Maxime
hal.structure.identifierMathématiques et Informatique Appliquées [MIA Paris-Saclay]
dc.contributor.authorLE FUR, Solène
hal.structure.identifierMathématiques et Informatique Appliquées [MIA Paris-Saclay]
dc.contributor.authorAUBERT, Julie
hal.structure.identifierScience et Technologie du Lait et de l'Oeuf [STLO]
dc.contributor.authorMAILLARD, Marie-Bernadette
hal.structure.identifierScience et Technologie du Lait et de l'Oeuf [STLO]
dc.contributor.authorNICOLAS, Aurélie
hal.structure.identifierScience et Technologie du Lait et de l'Oeuf [STLO]
dc.contributor.authorDEUTSCH, Stéphanie-Marie
hal.structure.identifierScience et Technologie du Lait et de l'Oeuf [STLO]
dc.contributor.authorPARAYRE, Sandrine
hal.structure.identifierScience et Technologie du Lait et de l'Oeuf [STLO]
dc.contributor.authorBOISSEL, Françoise
hal.structure.identifierScience et Technologie du Lait et de l'Oeuf [STLO]
dc.contributor.authorLEDUC, Arlette
hal.structure.identifierScience et Technologie du Lait et de l'Oeuf [STLO]
dc.contributor.authorTHIERRY, Anne
hal.structure.identifierScience et Technologie du Lait et de l'Oeuf [STLO]
dc.contributor.authorKERJOUH, Ali
hal.structure.identifierScience et Technologie du Lait et de l'Oeuf [STLO]
dc.contributor.authorHAREL-OGER, Marielle
hal.structure.identifierScience et Technologie du Lait et de l'Oeuf [STLO]
dc.contributor.authorGARRIC, Gilles
hal.structure.identifierPleiade, from patterns to models in computational biodiversity and biotechnology [PLEIADE]
dc.contributor.authorFRIOUX, Clémence
hal.structure.identifierPleiade, from patterns to models in computational biodiversity and biotechnology [PLEIADE]
dc.contributor.authorSHERMAN, David James
hal.structure.identifierPleiade, from patterns to models in computational biodiversity and biotechnology [PLEIADE]
dc.contributor.authorLABARTHE, Simon
hal.structure.identifierScience et Technologie du Lait et de l'Oeuf [STLO]
dc.contributor.authorFALENTIN, Hélène
dc.date.issued2022-06-13
dc.date.conference2022-06-08
dc.description.abstractEnEn fabrication fromagère, les bactéries lactiques (BL) et propioniques sont des actrices clés de la production de métabolites conférant les qualités nutritionnelles et organoleptiques aux fromages. Pourtant, la contribution de chaque espèce à la qualité finale du fromage n’est pas totalement élucidée. L’objectif était de déterminer quelles espèces contribuent à acidifier et produire des composés d’arôme, par quelles voies métaboliques, selon quelle temporalité et aussi d’investiguer les interactions métaboliques bactériennes contribuant au fonctionnement de l’écosystème fromager.Nous avons séquencé et annoté : Lactococcus lactis subsp. lactis biovar diacetylactis CIRM-BIA1206 (LL), Lactiplantibacillus plantarum CIRM-BIA465 (LP), Propionibacterium freudenreichii CIRM-BIA122 (PF). Nous avons reconstruit les voies métaboliques et élaboré un modèle métabolique de communauté. Un fromage à pâte pressée non cuite sans croûte a été réalisé avec ces bactéries et analysé pendant la fabrication et l’affinage (4 réplicats). Des dénombrements bactériens, des dosages de sucres, d’acides organiques et de composés d’arôme [1] ont été réalisés ainsi qu’un séquençage des ARN bactériens. L’analyse des gènes différentiellement exprimés a permis de montrer à quel moment de la fabrication étaient induits les gènes impliqués dans le catabolisme du lactose et du citrate et dans les voies de synthèse de différents composés d’arômes : acides lactique, acétique, propionique, isovalérique (arôme ‘vieux fromage’), diacétyle (arôme beurré). Le catabolisme du lactose était opéré chez LL via la voie du tagatose pendant l’acidification puis via la voie de Leloir et uniquement par cette dernière voie chez LP. La production de diacétyle était effectuée par LL dès le début de la fabrication puis plus modérément par LP. Les synthèses d’acides propionique et isovalérique ont été attribuées à PF et les métabolismes correspondants induits pendant la phase d’affinage. Enfin, les voies de fermentation mixtes ayant été induites pendant l’affinage, l’acide acétique a été vraisemblablement produit par les trois espèces à cette étape. L’implémentation du modèle métabolique communautaire dans l’outil Smetana [2] a révélé les bases moléculaires du commensalisme précédemment évoqué entre BL et PF [3–5]. Les BL produisent de l’acide lactique et potentiellement du glycérol, de la sérine et de la phénylalanine au profit de PF. Ces interactions identifiées in silico restent à valider in vitro.L’ensemble de ces résultats font de la métatranscriptomique associée aux modèles métaboliques, des outils de choix pour mieux comprendre et maîtriser les métabolismes et les interactions régissant le fonctionnement des écosystèmes fromagers.
dc.language.isofr
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/
dc.subjectfabrication fromagere
dc.subjectaffinage
dc.subjectécosystème microbien
dc.subjectbactérie lactique
dc.subjectbactérie propionique
dc.subjectmétatranscriptomique
dc.subjectmodèle métabolique
dc.subjectdénombrement bactérien
dc.titleMétatranscriptomique et modèle métabolique pour identifier la succession des métabolismes bactériens en interaction lors de la fabrication d’un fromage modèle à pâte pressée.
dc.typeCommunication dans un congrès
dc.subject.halSciences du Vivant [q-bio]/Alimentation et Nutrition
dc.subject.halSciences du Vivant [q-bio]/Microbiologie et Parasitologie
dc.subject.halInformatique [cs]/Bio-informatique [q-bio.QM]
bordeaux.conference.title23ème édition du colloque du Club des Bactéries Lactiques
bordeaux.countryFR
bordeaux.conference.cityRennes
bordeaux.peerReviewedoui
hal.identifierhal-03694338
hal.version1
hal.invitednon
hal.proceedingsnon
hal.conference.organizerUMR INRAE - Institut Agro STLO (Science et Technologie du Lait et de l’Œuf)
hal.conference.end2022-06-10
hal.popularnon
hal.audienceInternationale
hal.origin.linkhttps://hal.archives-ouvertes.fr//hal-03694338v1
bordeaux.COinSctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info:ofi/fmt:kev:mtx:journal&rft.title=M%C3%A9tatranscriptomique%20et%20mod%C3%A8le%20m%C3%A9tabolique%20pour%20identifier%20la%20succession%20des%20m%C3%A9tabolismes%20bact%C3%A9riens%20en%20interaction%20lor&rft.atitle=M%C3%A9tatranscriptomique%20et%20mod%C3%A8le%20m%C3%A9tabolique%20pour%20identifier%20la%20succession%20des%20m%C3%A9tabolismes%20bact%C3%A9riens%20en%20interaction%20lo&rft.date=2022-06-13&rft.au=CAO,%20Wenfan&LECOMTE,%20Maxime&LE%20FUR,%20Sol%C3%A8ne&AUBERT,%20Julie&MAILLARD,%20Marie-Bernadette&rft.genre=unknown


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