Étude du virome oral. Détection d'information génétique d'origine virale dans les métagénomes

Abstract

Les virus sont ubiquitaires et présents abondamment dans les microbiomes. Leur action comme pathogènes directs pour l’Homme, et pour les micro-organismes qui composent les microbiotes humains, font des études de métagénomique virale de véritables enjeux de santé publique. L’étude du matériel génétique d’origine virale au sein des métagénomes a ainsi connu un essor ces 10 dernières années. De nombreux logiciels de plus en plus performants et innovants voient le jour grâce aux avancées en matière de séquençage et d’informatique. Cette revue recense de manière non exhaustive des logiciels destinés à l’identification de matériel génétique d’origine virale, mis à disposition des chercheurs pour mener leurs études. Elle décrit leur fonctionnement général, leurs singularités ainsi que les limites qui ont pu être identifiées. Il apparait que les logiciels ont recours à des méthodes variées aussi bien pour l’identification des virus infectants les eucaryotes que pour les virus infectants les procaryotes et que le choix du logiciel est à accorder avec les besoins de l’étude et les compétences de l’opérateur. Bien qu’aucun consensus n’émerge dans la méthode, en particulier pour détecter les virus absents des bases de données, il semble que les progrès en matière d’intelligence artificielle et la prochaine génération d’outils de séquençage sont tous deux prometteurs pour le domaine et permettront de pallier les limites actuelles.