Étude du virome oral. Détection d'information génétique d'origine virale dans les métagénomes
Idioma
FR
Thèse d'exercice
Fecha de defensa
2022-07-19Especialidad
thèse d'exercice d'odontologie
Resumen
Les virus sont ubiquitaires et présents abondamment dans les microbiomes. Leur action comme pathogènes directs pour l’Homme, et pour les micro-organismes qui composent les microbiotes humains, font des études de métagénomique ...Leer más >
Les virus sont ubiquitaires et présents abondamment dans les microbiomes. Leur action comme pathogènes directs pour l’Homme, et pour les micro-organismes qui composent les microbiotes humains, font des études de métagénomique virale de véritables enjeux de santé publique. L’étude du matériel génétique d’origine virale au sein des métagénomes a ainsi connu un essor ces 10 dernières années. De nombreux logiciels de plus en plus performants et innovants voient le jour grâce aux avancées en matière de séquençage et d’informatique. Cette revue recense de manière non exhaustive des logiciels destinés à l’identification de matériel génétique d’origine virale, mis à disposition des chercheurs pour mener leurs études. Elle décrit leur fonctionnement général, leurs singularités ainsi que les limites qui ont pu être identifiées. Il apparait que les logiciels ont recours à des méthodes variées aussi bien pour l’identification des virus infectants les eucaryotes que pour les virus infectants les procaryotes et que le choix du logiciel est à accorder avec les besoins de l’étude et les compétences de l’opérateur. Bien qu’aucun consensus n’émerge dans la méthode, en particulier pour détecter les virus absents des bases de données, il semble que les progrès en matière d’intelligence artificielle et la prochaine génération d’outils de séquençage sont tous deux prometteurs pour le domaine et permettront de pallier les limites actuelles.< Leer menos
Resumen en inglés
Viruses are ubiquitous and found heavily in associated human microbial communities. Their impacts as pathogen either for human or their microbial communities make their study relevant in regard of public health. Viruses’ ...Leer más >
Viruses are ubiquitous and found heavily in associated human microbial communities. Their impacts as pathogen either for human or their microbial communities make their study relevant in regard of public health. Viruses’ identification in metagenomics capacities grew fast during the last ten years. Breakthrough in the fields of informatics and sequencing lead to the development of several new innovating tools. This review describes some software used for virus’ identification among metagenomes that are available for researchers as well as their general application, main features and drawbacks that we were able to put the light on. We saw that these tools use varying identification methods for eukaryotic or prokaryotic virus recovery and it appears that the choice in software should rely on the main goal of the study and knowledge of the operator. Even though no method appears as the gold standard, it seems that the shift towards artificial intelligence algorithms and the upcoming next generation for sequencing technics will allow researchers to overcome current difficulties.< Leer menos
Palabras clave
Viral
Métagénomique
Outils
Palabras clave en inglés
Viral
Metagenomics
Tools
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