La Cyber-carothèque nationale : la collection dédiée aux prélèvements stratigraphiques,sédimentaires (marin et continental), de roche et de glace, pour aller vers des écosytèmes de données ouvertes

Abstract

La gestion des données constitue l’un des défis de la Science Ouverte de la prochaine décennie. Ceci est particulièrement important dans le domaine des Sciences de la Terre et de l’Environnement dans lequel la multiplication des échantillons de terrain et de mesures qui sont réalisées sur chacun d’entre eux, (DR1) conduit à une croissance exponentielle du nombre de données. Or, l’absence de systèmes d’information dédiés empêche de capitaliser sur cette grande richesse en reliant les données entre elles, notamment par des métadonnées riches et fiables. Dans cette contribution, nous présentons un système mis en production depuis 2017 afin de bancariser les informations de terrain collectées lors du prélèvements de carottes sédimentaires. Ce système tend à répondre au plus près des principes d’ouverture de la données F.A.I.R. et est constitué de deux modules opérationnels : i) le CoreBook, qui est une application mobile de collecte d’information sur le terrain sous Android, et ii) la Cyber-carothèque nationale (Base de données MySQL), qui est un portail d’import multi-institutionnels de consultation et de diffusion des données collectées. A ce duo sera rattaché un troisième module opérationnel en 2023, Collec-Science. Ce système de gestion de base de données (SGBD) est développé par l’INRAe de Bordeaux. Il permettra, par interopérabilité, de faciliter la gestion des stocks d’échantillons dans les entrepôts d’échantillons gérés par des laboratoires français. CoreBook est une application embarquée sur tablette Android qui apporte une plus-value en qualité lors des opérations de carottage sur le terrain, notamment les opérations complexes de carottages multi-sections et/ou multi-trous. Il est adapté à tout type de méthode de carottage (carottier russe, gravitaire, piston stationnaire, etc.). Que ce soit par une opération de synchronisation du Corebook, ou par l’import via un fichier d’inventaire respectant un format spécifique, ou par le flux de données entrant CSW (Ie IFREMER), les métadonnées de carottage sont ainsi capitalisées et tracées au niveau du portail national de la Cybercarothèque. Ainsi, chaque échantillon peut se voir attribuer un identifiant unique au format international IGSN, permettant de les identifier sans ambiguïté lors de citations dans des publications ou d’intégration dans des systèmes d’information tiers. Il s’agit là d’étapes préalables indispensables vers la bancarisation, la qualité, le partage et l’utilisabilité des données de qualité. ∗IntervenantEn prenant le problème de la gestion des données à la base, au niveau des opérations de terrain, le système CoreBook- Cyber-carothèque- Gestion d’échantillons fournit à la communauté scientifique nationale un socle solide pour aller vers des des bases de données tournées vers les données instrumentales. La Cyber-carothèque est accessible à l’adresse : www.cybercarotheque.fr, page sur laquelle figure le lien et les instructions pour créer le compte de son laboratoire et de ses utilisateurs, ses référentiels d’outils et télécharger l’application CoreBook.