cppdiodon

Abstract

CPPDiodon fourni des exécutables et fonctions C++ pour effectuer des calculs en parallèle pour l'analyse de système multivarié tels que : décomposition en valeurs singulières (SVD), analyse par composante principale (PCA) et variantes (avec différents pre-traitements), positionnement multidimensionnel (MDS), analyse de correspondances (CoA).\r\nToutes ces méthodes sont basées sur la décomposition en valeurs singulières d'une matrice (tableau 2D). Pour les petites tailles de matrices la SVD peut être directement calculée en utilisant une bibliothèque de résolution séquentielle ou multi-threads LAPACK telles que OpenBlas ou Intel MKL. Pour les grandes tailles de matrice la SVD devient trop coûteuse en temps de calcul et nous utilisons une méthode SVD aléatoire (rSVD) à la place de la SVD exacte dont l'implémentation est fournie par la bibliothèque C++ FMR. FMR peut effectuer des calculs rSVD sur des supercalculateurs en mémoire partagée et distribuée en utilisant des solutionneurs d'algèbre linaire dense tels que OpenBlas ou Intel MKL sur des noeuds à mémoire partagée et Chameleon pour des systèmes à plusieurs noeuds avec MPI en mémoire distribuée.