Caractérisation moléculaire du réservoir VIH-1 dans les compartiments sanguin et intestinal

Abstract

La persistance du VIH dans les cellules ou les organes « réservoirs » constitue un obstacle à la guérison de cette infection. Les traitements antirétroviraux actuels ne ciblent pas les réservoirs moléculaires du virus, notamment les provirus intacts, qui sont à l’origine d’un rebond viral après l’interruption du traitement. La muqueuse intestinale représente un réservoir majeur pour le VIH, mais la plupart des études réalisées sur la persistance du VIH ont été faites sur le compartiment sanguin et peu de données sont disponibles sur les compartiments profonds tels que l’intestin. Nous avons étudié 42 patients inclus dans l’étude ANRS EP61 GALT, infectés par le VIH-1 avec une virémie indétectable sous traitement antirétroviral, et pour lesquels des échantillons sanguins et des biopsies digestives endoscopiques avaient été collectés. Nous avons mis au point un processus optimisé de digestion des biopsies intestinales permettant le recueil de l’ADN de haut poids moléculaire et de l’ARN de façon à caractériser le réservoir VIH de façon étagée au niveau duodénal, iléal, et colique chez 10 patients. Nous avons réalisé une quantification de l’ADN et de l’ARN VIH-1 résiduels, et une quantification par ddPCR de la fréquence des provirus intacts dans les compartiments sanguin et intestinal. Les taux d’ADN VIH-1 dans les compartiments sanguins et intestinaux étaient corrélés positivement. L’ARN VIH-1 associé aux cellules était également corrélé à la fréquence de l’ADN VIH-1. Nos résultats préliminaires chez 10 patients n’ont pas retrouvé de différence entre la fréquence des provirus intacts dans les compartiments sanguins et intestinaux, ce qui irait à l’encontre d’une réplication résiduelle virale plus importante au niveau intestinal. Mais nos résultats suggèrent que le réservoir VIH intestinal, même défectif, semble être pro-activateur de la réponse immunitaire T CD8+ systémique.