Plan d'expérience pour identifier des antagonistes microbiens de Plasmopara viticola, un agent pathogène foliaire majeur de la vigne cultivée (Vitis vinifera L.)

Abstract

La viticulture ne représente que 3% de la surface agricole utile en France mais est un utilisateur important de produits phytosanitaires. Le programme de recherche VITAE (2020-26) combinera plusieurs approches pour réduire l'utilisation de ces produits. Une de ces approches est le développement du biocontrôle microbien de la maladie foliaire majeure qu'est le mildiou, causée par Plasmopara viticola. Afin d'identifier les micro-organismes naturellement présents dans les vignobles qui pourraient être des antagonistes des pathogènes, nous sélectionnerons des paires de parcelles différant significativement en fréquence et en intensité des symptômes du mildiou dans plusieurs régions françaises. Une campagne d'échantillonnage des feuilles de vigne et du sol de surface sera ensuite réalisée au printemps, avant les premiers traitements fongicides, afin de capturer respectivement le microbiote présent sur les feuilles à l'arrivée des premières zoospores et le microbiote susceptible d'être en contact avec les oospores. Cette campagne d'échantillonnage nous permettra d'identifier les microorganismes qui pourraient interférer avec les stades asexués (microbiote foliaire) et/ou sexués (microbiote du sol) de P. viticola. Nous utiliserons des approches de métabarcodage et des analyses d'abondance différentielle pour détecter les taxons bactériens et fongiques significativement associés aux parcelles " saines ". Une étape clé de ce projet consistera à sélectionner des paires de parcelles qui diffèrent significativement dans la fréquence et l'intensité des symptômes du mildiou, toutes choses étant aussi similaires que possible. Pour sélectionner les parcelles, nous utiliserons des enquêtes épidémiologiques à long terme menées en France sur les parcelles de vignes non traitées fournies par l'Institut Français de la Vigne et du Vin (IFV). Ce poster présente la méthode utilisée pour sélectionner les paires de parcelles et la carte géographique des parcelles dans lesquelles seront menées les campagnes d'échantillonnage.