Barrières écologiques à la dissémination des agents causals de l’encre dans les châtaigneraies françaises

Abstract

Les maladies émergentes des plantes constituent des menaces pour les services écosystémiques et à la santé publique dans le monde entier. Depuis quelques années, le châtaignier fait l’objet d’une recrudescence des signalements de dégâts d’origine pathologique, et en particulier de la maladie de l’encre. Cette maladie est causée par Phytophthora cinnamomi et/ou P. x cambivora, deux agents pathogènes exotiques qui ont été introduits en Europe au cours du XIXème siècle. L’objectif de ce travail était d’une part de préciser l’aire de distribution de l’encre du châtaignier en France, et de confirmer le statut d’espèce invasive naturalisée de P. cinnamomi. D’autre part, le second objectif était d’identifier les barrières écologiques qui pourraient limiter sa dissémination, des barrières liées aux hôtes, au microbiote du sol et/ou à l’environnement abiotique. Pour répondre à ces problématiques, la mise au point de méthodes de détection et de quantification de P. cinnamomi dans le sol (droplet digital PCR ciblée, adaptation d’un pipeline de métabarcoding) a été nécessaire. L’étude d’un dispositif de suivi du dépérissement du châtaignier en France, implémenté par le Département de la Santé des Forêts, a permis de confirmer que P. cinnamomi était largement répandu en France. Grâce à un dispositif expérimental dans une forêt de châtaigniers en mélange avec d’autres essences forestières, et où l’encre a été diagnostiquée, nous avons caractérisé les communautés fongiques du sol et quantifié l’inoculum de P. cinnamomi dans le sol. Ces communautés se sont avérées modifiées en présence de P. cinnamomi. De plus, nous avons mis en évidence que la quantité de P. cinnamomi était plus faible dans les parcelles mixtes que pures, suggérant l’existence d’un effet de dilution liée à la diversité des hôtes. La compétence des hôtes, i.e. capacité à transmettre l’inoculum, est un trait de l’hôte rarement évalué en phytopathologie, mais qui résulte parfois en des effets de dilution. Dans un premier temps, nous avons cherché à élaborer un cadre conceptuel pour l’étude de ce trait au travers d’une revue bibliographique. Dans un second temps, nous avons obtenu les premières évaluations de compétence pour P. cinnamomi de différentes essences forestières, au travers d’un dispositif expérimental en conditions contrôlées. Le chêne sessile (Quercus petraea) et le chêne pédonculé (Q. robur) se sont avérés très peu compétents pour P. cinnamomi. Ces résultats pourraient avoir d’importantes implications pour la gestion des écosystèmes de châtaigniers et de chênes menacés par la maladie de l’encre.