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PeakForest : une infrastructure numérique, multiplateforme pour la gestion interopérable des données spectrales et des métadonnées des métabolites

hal.structure.identifierUnité de Nutrition Humaine [UNH]
dc.contributor.authorPAULHE, Nils
hal.structure.identifierMetatoul AXIOM [E20]
hal.structure.identifierToxAlim [ToxAlim]
dc.contributor.authorCANLET, Cécile
hal.structure.identifierMédicaments et Technologies pour la Santé [MTS]
hal.structure.identifierCEA- Saclay [CEA]
hal.structure.identifierUniversité Paris-Saclay
hal.structure.identifierMetaboHUB-IDF
dc.contributor.authorDAMONT, Annelaure
hal.structure.identifierMetaboHUB-MetaToul
dc.contributor.authorPEYRIGA, Lindsay
hal.structure.identifierUnité de Nutrition Humaine [UNH]
hal.structure.identifierPlateforme Exploration du Métabolisme [PFEM]
dc.contributor.authorDURAND, Stéphanie
hal.structure.identifierBiologie du fruit et pathologie [BFP]
hal.structure.identifierPlateforme Bordeaux Metabolome
dc.contributor.authorDEBORDE, Catherine
hal.structure.identifierMédicaments et Technologies pour la Santé [MTS]
dc.contributor.authorALVES, Sandra
hal.structure.identifierBiologie du fruit et pathologie [BFP]
hal.structure.identifierPlateforme Bordeaux Metabolome
dc.contributor.authorBERNILLON, Stephane
hal.structure.identifierBiologie du fruit et pathologie [BFP]
hal.structure.identifierPlateforme Bordeaux Metabolome
dc.contributor.authorBERTON, Thierry
hal.structure.identifierUnité de Nutrition Humaine [UNH]
hal.structure.identifierPlateforme Exploration du Métabolisme [PFEM]
dc.contributor.authorBIR, Raphael
dc.contributor.authorBOUVILLE, Alyssa
hal.structure.identifierMetaboHUB-MetaToul
hal.structure.identifierMetaToul FluxoMet [TBI-MetaToul]
dc.contributor.authorCAHOREAU, Edern
hal.structure.identifierUnité de Nutrition Humaine [UNH]
hal.structure.identifierPlateforme Exploration du Métabolisme [PFEM]
dc.contributor.authorCENTENO, Delphine
hal.structure.identifierToxAlim [ToxAlim]
hal.structure.identifierMetatoul AXIOM [E20]
dc.contributor.authorCOSTANTINO, Robin
hal.structure.identifierMetatoul AXIOM [E20]
hal.structure.identifierToxAlim [ToxAlim]
dc.contributor.authorDEBRAUWER, Laurent
hal.structure.identifierMédicaments et Technologies pour la Santé [MTS]
dc.contributor.authorDELABRIÈRE, Alexis
hal.structure.identifierPlateforme Exploration du Métabolisme [PFEM]
hal.structure.identifierUnité de Nutrition Humaine [UNH]
dc.contributor.authorDUPERIER, Christophe
hal.structure.identifierPlateforme Exploration du Métabolisme [PFEM]
hal.structure.identifierUnité de Nutrition Humaine [UNH]
dc.contributor.authorEMERY, Sylvain
hal.structure.identifierBiologie du fruit et pathologie [BFP]
hal.structure.identifierPlateforme Bordeaux Metabolome
dc.contributor.authorFLANDIN, Amelie
hal.structure.identifierMédicaments et Technologies pour la Santé [MTS]
dc.contributor.authorHOHENESTER, Ulli
hal.structure.identifierBiologie du fruit et pathologie [BFP]
hal.structure.identifierPlateforme Bordeaux Metabolome
dc.contributor.authorJACOB, Daniel
hal.structure.identifierUnité de Nutrition Humaine [UNH]
hal.structure.identifierPlateforme Exploration du Métabolisme [PFEM]
dc.contributor.authorJOLY, Charlotte
hal.structure.identifierUnité de Nutrition Humaine [UNH]
hal.structure.identifierPlateforme Exploration du Métabolisme [PFEM]
dc.contributor.authorJOUSSE, Cyril
hal.structure.identifierUnité de Nutrition Humaine [UNH]
hal.structure.identifierPlateforme Exploration du Métabolisme [PFEM]
dc.contributor.authorLAGREE, Marie
hal.structure.identifierBiologie du fruit et pathologie [BFP]
hal.structure.identifierPlateforme Bordeaux Metabolome
dc.contributor.authorLAMARI, Nadia
hal.structure.identifierBiologie du fruit et pathologie [BFP]
hal.structure.identifierPlateforme Bordeaux Metabolome
dc.contributor.authorLEFEBVRE, Marie
hal.structure.identifierUnité de Nutrition Humaine [UNH]
hal.structure.identifierPlateforme Bordeaux Metabolome
dc.contributor.authorLOPEZ-PIFFET, Claire
hal.structure.identifierUnité de Nutrition Humaine [UNH]
hal.structure.identifierPlateforme Exploration du Métabolisme [PFEM]
dc.contributor.authorLYAN, Bernard
hal.structure.identifierBiologie du fruit et pathologie [BFP]
hal.structure.identifierPlateforme Bordeaux Metabolome
dc.contributor.authorMAUCOURT, Mickael
hal.structure.identifierUnité de Nutrition Humaine [UNH]
hal.structure.identifierPlateforme Exploration du Métabolisme [PFEM]
dc.contributor.authorMIGNE, Carole
hal.structure.identifierMédicaments et Technologies pour la Santé [MTS]
dc.contributor.authorOLIVIER, Marie-Francoise
hal.structure.identifierMédicaments et Technologies pour la Santé [MTS]
dc.contributor.authorRATHAHAO-PARIS, Estelle
hal.structure.identifierBiologie du fruit et pathologie [BFP]
hal.structure.identifierPlateforme Bordeaux Metabolome
dc.contributor.authorPÉTRIACQ, Pierre
hal.structure.identifierBiologie du fruit et pathologie [BFP]
hal.structure.identifierPlateforme Bordeaux Metabolome
dc.contributor.authorPINELLI, Julie
hal.structure.identifierBiologie du fruit et pathologie [BFP]
hal.structure.identifierPlateforme Bordeaux Metabolome
dc.contributor.authorROCH, Léa
hal.structure.identifierMédicaments et Technologies pour la Santé [MTS]
dc.contributor.authorROGER, Pierrick
hal.structure.identifierBiologie du fruit et pathologie [BFP]
hal.structure.identifierPlateforme Bordeaux Metabolome
dc.contributor.authorROQUES, Simon
hal.structure.identifierMédicaments et Technologies pour la Santé [MTS]
dc.contributor.authorTABET, Jean-Claude
hal.structure.identifierMetatoul AXIOM [E20]
hal.structure.identifierToxAlim [ToxAlim]
dc.contributor.authorTREMBLAY-FRANCO, Marie
hal.structure.identifierUnité de Nutrition Humaine [UNH]
hal.structure.identifierPlateforme Exploration du Métabolisme [PFEM]
dc.contributor.authorTRAÏKIA, Mounir
hal.structure.identifierMédicaments et Technologies pour la Santé [MTS]
dc.contributor.authorWARNET, Anna
hal.structure.identifierBiologie du fruit et pathologie [BFP]
hal.structure.identifierPlateforme Bordeaux Metabolome
dc.contributor.authorZHENDRE, Vanessa
hal.structure.identifierBiologie du fruit et pathologie [BFP]
hal.structure.identifierPlateforme Bordeaux Metabolome
dc.contributor.authorROLIN, Dominique
hal.structure.identifierMétabolisme et Xénobiotiques [ToxAlim-MeX]
hal.structure.identifierMetatoul AXIOM [E20]
dc.contributor.authorJOURDAN, Fabien
hal.structure.identifierMédicaments et Technologies pour la Santé [MTS]
dc.contributor.authorTHÉVENOT, Etienne
hal.structure.identifierBiologie du fruit et pathologie [BFP]
hal.structure.identifierPlateforme Bordeaux Metabolome
dc.contributor.authorMOING, Annick
hal.structure.identifierMetatoul AXIOM [E20]
hal.structure.identifierToxAlim [ToxAlim]
dc.contributor.authorJAMIN, Emilien
hal.structure.identifierMédicaments et Technologies pour la Santé [MTS]
hal.structure.identifierLaboratoire Innovations en Spectrométrie de Masse pour la santé [LI-MS]
hal.structure.identifierMetaboHUB-IDF
hal.structure.identifierService de Pharmacologie et Immunoanalyse [SPI]
dc.contributor.authorFENAILLE, François
hal.structure.identifierMédicaments et Technologies pour la Santé [MTS]
dc.contributor.authorJUNOT, Christophe
hal.structure.identifierUnité de Nutrition Humaine [UNH]
hal.structure.identifierPlateforme Exploration du Métabolisme [PFEM]
dc.contributor.authorPUJOS-GUILLOT, Estelle
hal.structure.identifierUnité de Nutrition Humaine [UNH]
hal.structure.identifierPlateforme Exploration du Métabolisme [PFEM]
dc.contributor.authorGIACOMONI, Franck
dc.date.issued2022-06
dc.identifier.issn1573-3882
dc.description.abstractEnIntroduction Accuracy of feature annotation and metabolite identification in biological samples is a key element in metabolomics research. However, the annotation process is often hampered by the lack of spectral reference data in experimental conditions, as well as logistical difficulties in the spectral data management and exchange of annotations between laboratories. Objectives To design an open-source infrastructure allowing hosting both nuclear magnetic resonance (NMR) and mass spectra (MS), with an ergonomic Web interface and Web services to support metabolite annotation and laboratory data management. Methods We developed the PeakForest infrastructure, an open-source Java tool with automatic programming interfaces that can be deployed locally to organize spectral data for metabolome annotation in laboratories. Standardized operating procedures and formats were included to ensure data quality and interoperability, in line with international recommendations and FAIR principles. Results PeakForest is able to capture and store experimental spectral MS and NMR metadata as well as collect and display signal annotations. This modular system provides a structured database with inbuilt tools to curate information, browse and reuse spectral information in data treatment. PeakForest offers data formalization and centralization at the laboratory level, facilitating shared spectral data across laboratories and integration into public databases. Conclusion PeakForest is a comprehensive resource which addresses a technical bottleneck, namely large-scale spectral data annotation and metabolite identification for metabolomics laboratories with multiple instruments. PeakForest databases can be used in conjunction with bespoke data analysis pipelines in the Galaxy environment, offering the opportunity to meet the evolving needs of metabolomics research. Developed and tested by the French metabolomics community, PeakForest is freely-available at https://github.com/peakforest .
dc.description.sponsorshipDéveloppement d'une infrastructure française distribuée pour la métabolomique dédiée à l'innovation - ANR-11-INBS-0010
dc.language.isoen
dc.publisherSpringer Verlag
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by/
dc.subject.enCuration
dc.subject.enDatabase
dc.subject.enFAIR
dc.subject.enInteroperability
dc.subject.enMetabolite identification
dc.subject.enSpectral library
dc.titlePeakForest : une infrastructure numérique, multiplateforme pour la gestion interopérable des données spectrales et des métadonnées des métabolites
dc.title.enPeakForest: a multi-platform digital infrastructure for interoperable metabolite spectral data and metadata management
dc.typeArticle de revue
dc.identifier.doi10.1007/s11306-022-01899-3
dc.subject.halInformatique [cs]/Bio-informatique [q-bio.QM]
dc.subject.halChimie
dc.subject.halInformatique [cs]/Base de données [cs.DB]
dc.subject.halSciences du Vivant [q-bio]
bordeaux.journalMetabolomics
bordeaux.page40
bordeaux.volume18
bordeaux.issue6
bordeaux.peerReviewedoui
hal.identifierhal-03695453
hal.version1
hal.popularnon
hal.audienceInternationale
hal.origin.linkhttps://hal.archives-ouvertes.fr//hal-03695453v1
bordeaux.COinSctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info:ofi/fmt:kev:mtx:journal&rft.title=PeakForest%20:%20une%20infrastructure%20num%C3%A9rique,%20multiplateforme%20pour%20la%20gestion%20interop%C3%A9rable%20des%20donn%C3%A9es%20spectrales%20et%20des%20m%C3%A&rft.atitle=PeakForest%20:%20une%20infrastructure%20num%C3%A9rique,%20multiplateforme%20pour%20la%20gestion%20interop%C3%A9rable%20des%20donn%C3%A9es%20spectrales%20et%20des%20m%C3%&rft.jtitle=Metabolomics&rft.date=2022-06&rft.volume=18&rft.issue=6&rft.spage=40&rft.epage=40&rft.eissn=1573-3882&rft.issn=1573-3882&rft.au=PAULHE,%20Nils&CANLET,%20C%C3%A9cile&DAMONT,%20Annelaure&PEYRIGA,%20Lindsay&DURAND,%20St%C3%A9phanie&rft.genre=article


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