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Oak genome reveals facets of long lifespan

hal.structure.identifierBiodiversité, Gènes & Communautés [BioGeCo]
dc.contributor.authorPLOMION, Christophe
hal.structure.identifierLaboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité [LBGB]
dc.contributor.authorAURY, Jean-Marc
hal.structure.identifierUnité de Recherche Génomique Info [URGI]
dc.contributor.authorAMSELEM, Joelle
hal.structure.identifierBiodiversité, Gènes & Communautés [BioGeCo]
dc.contributor.authorLEROY, Thibault
hal.structure.identifierGénétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales [GDEC]
dc.contributor.authorMURAT, Florent
hal.structure.identifierInteractions Arbres-Microorganismes [IAM]
dc.contributor.authorDUPLESSIS, Sébastien
hal.structure.identifierLaboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité [LBGB]
dc.contributor.authorFAYE, Sébastien
hal.structure.identifierUnité de Recherche Génomique Info [URGI]
dc.contributor.authorFRANCILLONNE, Nicolas
hal.structure.identifierGenoscope - Centre national de séquençage [Evry] [GENOSCOPE]
dc.contributor.authorLABADIE, Karine
hal.structure.identifierBiodiversité, Gènes & Communautés [BioGeCo]
dc.contributor.authorLE PROVOST, Grégoire
hal.structure.identifierBiodiversité, Gènes & Communautés [BioGeCo]
dc.contributor.authorLESUR KUPIN, Isabelle
hal.structure.identifierBiodiversité, Gènes & Communautés [BioGeCo]
dc.contributor.authorBARTHOLOME, Jérôme
hal.structure.identifierEtude du Polymorphisme des Génomes Végétaux [EPGV]
dc.contributor.authorFAIVRE-RAMPANT, Patricia
hal.structure.identifierInteractions Arbres-Microorganismes [IAM]
dc.contributor.authorKOHLER, Annegret
hal.structure.identifierBiodiversité, Gènes & Communautés [BioGeCo]
dc.contributor.authorLEPLÉ, Jean-Charles
hal.structure.identifierAmélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales [UMR AGAP]
dc.contributor.authorCHANTRET, Nathalie
hal.structure.identifierDepartment of Ecology and Genetics [Uppsala] [EBC]
dc.contributor.authorCHEN, Jun
hal.structure.identifierAmélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales [UMR AGAP]
dc.contributor.authorDIEVART, Anne
hal.structure.identifierUnité de Recherche Génomique Info [URGI]
dc.contributor.authorALAEITABAR, Tina
hal.structure.identifierGenoscope - Centre national de séquençage [Evry] [GENOSCOPE]
dc.contributor.authorBARBE, Valérie
hal.structure.identifierLaboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité [LBGB]
dc.contributor.authorBELSER, Caroline
hal.structure.identifierCentre National de Ressources Génomiques Végétales [CNRGV]
dc.contributor.authorBERGES, Helene
hal.structure.identifierBiodiversité, Gènes & Communautés [BioGeCo]
dc.contributor.authorBODENES, Catherine
hal.structure.identifierSanté de la vigne et qualité du vin [SVQV]
dc.contributor.authorBOGEAT-TRIBOULOT, Marie-Béatrice
hal.structure.identifierHelmholtz Zentrum für Umweltforschung = Helmholtz Centre for Environmental Research [UFZ]
dc.contributor.authorBOUFFAUD, Marie-Lara
hal.structure.identifierBiodiversité, Gènes & Communautés [BioGeCo]
dc.contributor.authorBRACHI, Benjamin
hal.structure.identifierBiodiversité, Gènes & Communautés [BioGeCo]
dc.contributor.authorCHANCEREL, Emilie
hal.structure.identifierSanté de la vigne et qualité du vin [SVQV]
dc.contributor.authorCOHEN, David
hal.structure.identifierLaboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité [LBGB]
dc.contributor.authorCOULOUX, Arnaud
hal.structure.identifierLaboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité [LBGB]
dc.contributor.authorDA SILVA, Corinne
hal.structure.identifierLaboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité [LBGB]
dc.contributor.authorDOSSAT, Carole
hal.structure.identifierBiodiversité, Gènes & Communautés [BioGeCo]
dc.contributor.authorEHRENMANN, François
hal.structure.identifierUnité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse [MIAT INRA]
dc.contributor.authorGASPIN, Christine
hal.structure.identifierLRSV-Régulation et Dynamique de la Formation du Bois [LRSV-RDFB]
dc.contributor.authorGRIMA PETTENATI, Jacqueline
hal.structure.identifierBiodiversité, Gènes & Communautés [BioGeCo]
dc.contributor.authorGUICHOUX, Erwan
hal.structure.identifierInteractions Arbres-Microorganismes [IAM]
dc.contributor.authorHECKER, Arnaud
hal.structure.identifierGerman Centre for Integrative Biodiversity Research [iDiv]
dc.contributor.authorHERRMANN, Sylvie
hal.structure.identifierSanté de la vigne et qualité du vin [SVQV]
dc.contributor.authorHUGUENEY, Philippe
hal.structure.identifierSanté de la vigne et qualité du vin [SVQV]
dc.contributor.authorHUMMEL, Irène
hal.structure.identifierUnité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse [MIAT INRA]
dc.contributor.authorKLOPP, Christophe
hal.structure.identifierBiodiversité, Gènes & Communautés [BioGeCo]
dc.contributor.authorLALANNE, Céline
hal.structure.identifierDepartment of Ecology and Genetics [Uppsala] [EBC]
dc.contributor.authorLASCOUX, Martin
hal.structure.identifierLaboratoire Génome et développement des plantes [LGDP]
dc.contributor.authorLASSERRE, Eric
hal.structure.identifierGenoscope - Centre national de séquençage [Evry] [GENOSCOPE]
dc.contributor.authorLEMAINQUE, Arnaud
hal.structure.identifierBiodiversité, Gènes & Communautés [BioGeCo]
dc.contributor.authorDESPREZ-LOUSTAU, Marie Laure
hal.structure.identifierUnité de Recherche Génomique Info [URGI]
dc.contributor.authorLUYTEN, Isabelle
hal.structure.identifierLaboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité [LBGB]
dc.contributor.authorMADOUI, Mohammed-Amin
hal.structure.identifierGenoscope - Centre national de séquençage [Evry] [GENOSCOPE]
dc.contributor.authorMANGENOT, Sophie
hal.structure.identifierInteractions Arbres-Microorganismes [IAM]
dc.contributor.authorMARCHAL, Clémence
hal.structure.identifierUnité de Recherche Génomique Info [URGI]
dc.contributor.authorMAUMUS, Florian
hal.structure.identifierLaboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité [LBGB]
dc.contributor.authorMERCIER, Jonathan
hal.structure.identifierUnité de Recherche Génomique Info [URGI]
dc.contributor.authorMICHOTEY, Célia
hal.structure.identifierLaboratoire Génome et développement des plantes [LGDP]
dc.contributor.authorPANAUD, Olivier
hal.structure.identifierLaboratoire Génome et développement des plantes [LGDP]
dc.contributor.authorPICAULT, Nathalie
hal.structure.identifierInteractions Arbres-Microorganismes [IAM]
dc.contributor.authorROUHIER, Nicolas
hal.structure.identifierUnité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse [MIAT INRA]
dc.contributor.authorRUÉ, Olivier
hal.structure.identifierSanté de la vigne et qualité du vin [SVQV]
dc.contributor.authorRUSTENHOLZ, Camille
hal.structure.identifierBiodiversité, Gènes & Communautés [BioGeCo]
dc.contributor.authorSALIN, Franck
hal.structure.identifierLaboratoire de Recherche en Sciences Végétales [LRSV]
hal.structure.identifierUniversitat de Girona = University of Girona [UdG]
dc.contributor.authorSOLER, Marçal
hal.structure.identifierHelmholtz Zentrum für Umweltforschung = Helmholtz Centre for Environmental Research [UFZ]
dc.contributor.authorTARKKA, Mika
hal.structure.identifierSanté de la vigne et qualité du vin [SVQV]
dc.contributor.authorVELT, Amandine
hal.structure.identifierThe George Washington University [GW]
dc.contributor.authorZANNE, Amy E.
hal.structure.identifierInteractions Arbres-Microorganismes [IAM]
dc.contributor.authorMARTIN, Francis
hal.structure.identifierGénomique métabolique [UMR 8030]
dc.contributor.authorWINCKER, Patrick
hal.structure.identifierUnité de Recherche Génomique Info [URGI]
dc.contributor.authorQUESNEVILLE, Hadi
hal.structure.identifierBiodiversité, Gènes & Communautés [BioGeCo]
dc.contributor.authorKREMER, Antoine
hal.structure.identifierGénétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales [GDEC]
dc.contributor.authorSALSE, Jerome
dc.date.issued2018
dc.identifier.issn2055-026X
dc.description.abstractEnOaks are an important part of our natural and cultural heritage. Not only are they ubiquitous in our most common landscapes1 but they have also supplied human societies with invaluable services, including food and shelter, since prehistoric times2. With 450 species spread throughout Asia, Europe and America3, oaks constitute a critical global renewable resource. The longevity of oaks (several hundred years) probably underlies their emblematic cultural and historical importance. Such long-lived sessile organisms must persist in the face of a wide range of abiotic and biotic threats over their lifespans. We investigated the genomic features associatedwith such a long lifespan by sequencing, assembling and annotating the oak genome. We then used the growing number of whole-genome sequences for plants (including tree and herbaceous species) to investigate the parallel evolution of genomic characteristics potentially underpinning tree longevity. A further consequence of the long lifespan of trees is their accumulation of somatic mutations during mitotic divisions of stem cells present in the shoot apical meristems. Empirical4 and modelling5 approaches have shown that intra-organismal genetic heterogeneity can be selected for6 and provides direct fitness benefits in the arms race with short-lived pests andpathogens through a patchwork of intra-organismal phenotypes7. However, there is no clear proof that large-statured trees consist of a genetic mosaic of clonally distinct cell lineages within and between branches. Through this case study of oak, we demonstrate the accumulation and transmission of somatic mutations and the expansion of disease-resistance gene families in trees.
dc.description.sponsorshipPlateforme d'Innovation " Forêt-Bois-Fibre-Biomasse du Futur "
dc.description.sponsorshipRecherches Avancées sur l'Arbre et les Ecosytèmes Forestiers
dc.language.isoen
dc.publisherNature Publishing Group
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by/
dc.subject.enForestry
dc.subject.enGenomics
dc.subject.enPlant evolution
dc.subject.enPlant Immunity
dc.subject.enSequencing
dc.title.enOak genome reveals facets of long lifespan
dc.typeArticle de revue
dc.identifier.doi10.1038/s41477-018-0172-3
dc.subject.halSciences du Vivant [q-bio]
dc.description.sponsorshipEuropeAgreenSkills+
bordeaux.journalNature Plants
bordeaux.page440-452
bordeaux.volume4
bordeaux.issue7
bordeaux.peerReviewedoui
hal.identifierhal-01820559
hal.version1
hal.popularnon
hal.audienceNon spécifiée
hal.origin.linkhttps://hal.archives-ouvertes.fr//hal-01820559v1
bordeaux.COinSctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info:ofi/fmt:kev:mtx:journal&rft.jtitle=Nature%20Plants&rft.date=2018&rft.volume=4&rft.issue=7&rft.spage=440-452&rft.epage=440-452&rft.eissn=2055-026X&rft.issn=2055-026X&rft.au=PLOMION,%20Christophe&AURY,%20Jean-Marc&AMSELEM,%20Joelle&LEROY,%20Thibault&MURAT,%20Florent&rft.genre=article


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