Cartographie de gènes candidats impliqués dans le débourrement, la réponse à l’hypoxie et au stress hydrique chez le chêne pédonculé

Abstract

Face aux changements climatiques annoncés, l’étude de la variabilité génétique existante au sein des espèces forestières est devenue un enjeu important. Pour anticiper l’impact de ces changements sur les espèces à longue durée de vie comme les chênes, il est nécessaire d’étudier les facteurs génétiques impliqués dans l’adaptation à ces nouvelles contraintes. Dans ce cadre, des études sont menées chez le chêne pédonculé pour trois caractères déterminants : le débourrement, la réponse aux stress hydrique et hypoxique. Mon travail vise à étudier la relation gènephénotype entre des gènes candidats et ces caractères. Cette étude a été menée sur une famille de pleins frères issue d’un croisement intraspécifique du chêne pédonculé. Une centaine de gènes candidats expressionnels ou fonctionnels pour les 3 caractères adaptatifs précédents a été proposée. Après la conception des amorces et la recherche de polymorphisme par séquençage chez les parents du croisement, le génotypage des EST polymorphes (par extension d’amorces ou SSCP) a permis de les positionner sur les cartes génétiques du croisement. La recherche de co-localisations entre les gènes polymorphes et des QTL impliqués dans la variation des trois caractères adaptatifs a été menée après reconstruction des cartes parentales à l’aide du logiciel JoinMap. Sur les 9 EST cartographiées, 3 colocalisent avec des QTL impliqués dans la réponse au stress hydrique et hypoxique dont la pertinence biologique et génétique est discutée.