Afficher la notice abrégée

The genome of Ectocarpus subulatus – A highly stress-tolerant brown alga

hal.structure.identifierLaboratoire de Biologie Intégrative des Modèles Marins [LBI2M]
dc.contributor.authorDITTAMI, Simon
hal.structure.identifierStation biologique de Roscoff = Roscoff Marine Station [SBR]
hal.structure.identifierFédération de recherche de Roscoff [FR2424]
dc.contributor.authorCORRE, Erwan
hal.structure.identifierABiMS - Informatique et bioinformatique = Analysis and Bioinformatics for Marine Science [ABIMS]
hal.structure.identifierFédération de recherche de Roscoff [FR2424]
hal.structure.identifierStation biologique de Roscoff = Roscoff Marine Station [SBR]
dc.contributor.authorBRILLET-GUÉGUEN, Loraine
hal.structure.identifierLaboratoire de Biologie Intégrative des Modèles Marins [LBI2M]
dc.contributor.authorLIPINSKA, Agnieszka
hal.structure.identifierLaboratoire de Biologie Intégrative des Modèles Marins [LBI2M]
dc.contributor.authorPONTOIZEAU, Noé
hal.structure.identifierUniversité de Rennes [UR]
dc.contributor.authorAITE, Meziane
hal.structure.identifierSanté de la vigne et qualité du vin [SVQV]
dc.contributor.authorAVIA, Komlan
hal.structure.identifierABiMS - Informatique et bioinformatique = Analysis and Bioinformatics for Marine Science [ABIMS]
dc.contributor.authorCARON, Christophe
hal.structure.identifierSungkyunkwan University [Suwon] [SKKU]
dc.contributor.authorCHO, Chung Hyun
hal.structure.identifierLaboratoire de Biologie Intégrative des Modèles Marins [LBI2M]
dc.contributor.authorCOLLEN, Jonas
hal.structure.identifierLaboratoire de Biologie Intégrative des Modèles Marins [LBI2M]
dc.contributor.authorCORMIER, Alexandre
hal.structure.identifierLaboratoire de Biologie Intégrative des Modèles Marins [LBI2M]
dc.contributor.authorDELAGE, Ludovic
hal.structure.identifierDiversité, adaptation, développement des plantes [UMR DIADE]
dc.contributor.authorDOUBLEAU, Sylvie
hal.structure.identifierPleiade, from patterns to models in computational biodiversity and biotechnology [PLEIADE]
hal.structure.identifierDynamics, Logics and Inference for biological Systems and Sequences [Dyliss]
dc.contributor.authorFRIOUX, Clémence
hal.structure.identifierLaboratoire de Biologie Intégrative des Modèles Marins [LBI2M]
dc.contributor.authorGOBET, Angélique
hal.structure.identifierCentre for Genomic Regulation - Centre de Regulació Genòmica [Barcelona] [CRG]
dc.contributor.authorGONZÁLEZ-NAVARRETE, Irene
hal.structure.identifierLaboratoire de Biologie Intégrative des Modèles Marins [LBI2M]
dc.contributor.authorGROISILLIER, Agnès
hal.structure.identifierLaboratoire de Biologie Intégrative des Modèles Marins [LBI2M]
dc.contributor.authorHERVE, Cécile
hal.structure.identifierStation biologique de Roscoff = Roscoff Marine Station [SBR]
dc.contributor.authorJOLLIVET, Didier
hal.structure.identifierLaboratoire de Biologie Intégrative des Modèles Marins [LBI2M]
dc.contributor.authorKLEINJAN, Hetty
hal.structure.identifierLaboratoire de Biologie Intégrative des Modèles Marins [LBI2M]
dc.contributor.authorLEBLANC, Catherine
hal.structure.identifierStation biologique de Roscoff = Roscoff Marine Station [SBR]
hal.structure.identifierFédération de recherche de Roscoff [FR2424]
dc.contributor.authorLIU, Xi
hal.structure.identifierECOlogy of MArine Plankton [ECOMAP]
dc.contributor.authorMARIE, Dominique
hal.structure.identifierLaboratoire de Biologie Intégrative des Modèles Marins [LBI2M]
dc.contributor.authorMARKOV, Gabriel
hal.structure.identifierCentre for Genomic Regulation - Centre de Regulació Genòmica [Barcelona] [CRG]
hal.structure.identifierMax Planck Institute for Molecular Genetics [MPIMG]
dc.contributor.authorMINOCHE, André
hal.structure.identifierABiMS - Informatique et bioinformatique = Analysis and Bioinformatics for Marine Science [ABIMS]
hal.structure.identifierFédération de recherche de Roscoff [FR2424]
hal.structure.identifierStation biologique de Roscoff = Roscoff Marine Station [SBR]
dc.contributor.authorMONSOOR, Misharl
hal.structure.identifierABiMS - Informatique et bioinformatique = Analysis and Bioinformatics for Marine Science [ABIMS]
hal.structure.identifierFédération de recherche de Roscoff [FR2424]
hal.structure.identifierStation biologique de Roscoff = Roscoff Marine Station [SBR]
dc.contributor.authorPÉRICARD, Pierre
hal.structure.identifierLaboratoire de Biologie Intégrative des Modèles Marins [LBI2M]
dc.contributor.authorPERRINEAU, Marie-Mathilde
hal.structure.identifierBezhin Rosko
dc.contributor.authorPETERS, Akira
hal.structure.identifierInstitut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires [IRISA]
dc.contributor.authorSIEGEL, Anne
hal.structure.identifierLaboratoire de Biologie Intégrative des Modèles Marins [LBI2M]
dc.contributor.authorSIMÉON, Amandine
hal.structure.identifierInstitut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires [IRISA]
dc.contributor.authorTROTTIER, Camille
hal.structure.identifierSungkyunkwan University [Suwon] [SKKU]
dc.contributor.authorYOON, Hwan Su
hal.structure.identifierMax-Planck-Institut für Molekulare Genetik [MPIMG]
dc.contributor.authorHIMMELBAUER, Heinz
hal.structure.identifierLaboratoire de Biologie Intégrative des Modèles Marins [LBI2M]
dc.contributor.authorBOYEN, Catherine
hal.structure.identifierUniversity of York [York, UK]
hal.structure.identifierLaboratoire de Biologie Intégrative des Modèles Marins [LBI2M]
dc.contributor.authorTONON, Thierry
dc.date.issued2020-01
dc.identifier.issn1874-7787
dc.description.abstractEnBrown algae are multicellular photosynthetic stramenopiles that colonize marine rocky shores worldwide. Ectocarpus sp. Ec32 has been established as a genomic model for brown algae. Here we present the genome and metabolic network of the closely related species, Ectocarpus subulatus Kützing, which is characterized by high abiotic stress tolerance. Since their separation, both strains show new traces of viral sequences and the activity of large retrotransposons, which may also be related to the expansion of a family of chlorophyll-binding proteins. Further features suspected to contribute to stress tolerance include an expanded family of heat shock proteins, the reduction of genes involved in the production of halogenated defence compounds, and the presence of fewer cell wall polysaccharide-modifying enzymes. Overall, E. subulatus has mainly lost members of gene families down-regulated in low salinities, and conserved those that were up-regulated in the same condition. However, 96% of genes that differed between the two examined Ectocarpus species, as well as all genes under positive selection, were found to encode proteins of unknown function. This underlines the uniqueness of brown algal stress tolerance mechanisms as well as the significance of establishing E. subulatus as a comparative model for future functional studies.
dc.description.sponsorshipBiotechnologies pour la valorisation des macroalgues - ANR-10-BTBR-0004
dc.language.isoen
dc.publisherElsevier
dc.title.enThe genome of Ectocarpus subulatus – A highly stress-tolerant brown alga
dc.typeArticle de revue
dc.identifier.doi10.1016/j.margen.2020.100740
dc.subject.halSciences du Vivant [q-bio]/Biologie végétale
dc.subject.halSciences du Vivant [q-bio]/Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]
bordeaux.journalMarine Genomics
bordeaux.page100740
bordeaux.volume52
bordeaux.peerReviewedoui
hal.identifierhal-02866117
hal.version1
hal.popularnon
hal.audienceInternationale
hal.origin.linkhttps://hal.archives-ouvertes.fr//hal-02866117v1
bordeaux.COinSctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info:ofi/fmt:kev:mtx:journal&rft.jtitle=Marine%20Genomics&rft.date=2020-01&rft.volume=52&rft.spage=100740&rft.epage=100740&rft.eissn=1874-7787&rft.issn=1874-7787&rft.au=DITTAMI,%20Simon&CORRE,%20Erwan&BRILLET-GU%C3%89GUEN,%20Loraine&LIPINSKA,%20Agnieszka&PONTOIZEAU,%20No%C3%A9&rft.genre=article


Fichier(s) constituant ce document

FichiersTailleFormatVue

Il n'y a pas de fichiers associés à ce document.

Ce document figure dans la(les) collection(s) suivante(s)

Afficher la notice abrégée