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Bayesian network analysis of plasma microRNA sequencing data in patients with venous thrombosis

dc.rights.licenseopenen_US
hal.structure.identifierBordeaux population health [BPH]
dc.contributor.authorTHIBORD, Florian
hal.structure.identifierBordeaux population health [BPH]
dc.contributor.authorMUNSCH, Gaelle
IDREF: 257501207
dc.contributor.authorPERRET, C.
dc.contributor.authorSUCHON, P.
dc.contributor.authorROUX, M.
dc.contributor.authorIBRAHIM-KOSTA, M.
dc.contributor.authorGOUMIDI, L.
dc.contributor.authorDELEUZE, J. F.
dc.contributor.authorMORANGE, P. E.
hal.structure.identifierBordeaux population health [BPH]
dc.contributor.authorTREGOUET, David-Alexandre
dc.date.accessioned2021-02-18T15:16:59Z
dc.date.available2021-02-18T15:16:59Z
dc.date.issued2020
dc.identifier.issn1520-765X (Print)en_US
dc.identifier.urihttps://oskar-bordeaux.fr/handle/20.500.12278/26291
dc.description.abstractEnMicroRNAs (miRNAs) are small regulatory RNAs participating to several biological processes and known to be involved in various pathologies. Measurable in body fluids, miRNAs have been proposed to serve as efficient biomarkers for diseases and/or associated traits. Here, we performed a next-generation-sequencing based profiling of plasma miRNAs in 344 patients with venous thrombosis (VT) and assessed the association of plasma miRNA levels with several haemostatic traits and the risk of VT recurrence. Among the most significant findings, we detected an association between hsa-miR-199b-3p and haematocrit levels (P = 0.0016), these two markers having both been independently reported to associate with VT risk. We also observed suggestive evidence for association of hsa-miR-370-3p (P = 0.019), hsa-miR-27b-3p (P = 0.016) and hsa-miR-222-3p (P = 0.049) with VT recurrence, the observations at the latter two miRNAs confirming the recent findings of Wang et al. Besides, by conducting Genome-Wide Association Studies on miRNA levels and meta-analyzing our results with some publicly available, we identified 21 new associations of single nucleotide polymorphisms with plasma miRNA levels at the statistical significance threshold of P < 5 × 10−8, some of these associations pertaining to thrombosis associated mechanisms. In conclusion, this study provides novel data about the impact of miRNAs’ variability in haemostasis and new arguments supporting the association of few miRNAs with the risk of recurrence in patients with venous thrombosis.
dc.language.isoENen_US
dc.rightsAttribution-NonCommercial 3.0 United States*
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc/3.0/us/*
dc.subjectVINTAGE
dc.title.enBayesian network analysis of plasma microRNA sequencing data in patients with venous thrombosis
dc.title.alternativeEur Heart J Supplen_US
dc.typeArticle de revueen_US
dc.identifier.doi10.1093/eurheartj/suaa008en_US
dc.subject.halSciences du Vivant [q-bio]/Santé publique et épidémiologieen_US
dc.identifier.pubmed32368197en_US
bordeaux.journalEuropean Heart Journal Supplementsen_US
bordeaux.pageC34-c45en_US
bordeaux.volume22en_US
bordeaux.hal.laboratoriesBordeaux Population Health Research Center (BPH) - U1219en_US
bordeaux.issueSuppl Cen_US
bordeaux.institutionUniversité de Bordeauxen_US
bordeaux.teamVINTAGEen_US
bordeaux.teamBIOSTAT_BPH
bordeaux.peerReviewedouien_US
bordeaux.inpressnonen_US
hal.identifierhal-03145845
hal.version1
hal.date.transferred2021-02-18T15:17:04Z
hal.exporttrue
dc.description.abstractEsLos micro-ARN (miARN) son pequeñas moléculas de ARN reguladoras que participan en varios procesos biológicos y están implicados en diversas patologías. Mensurables en los líquidos corporales, se ha planteado que los miARN pueden ser biomarcadores eficaces para el diagnóstico de enfermedades y/o características asociadas. Aquí hemos llevado a cabo un análisis de miARN plasmático con tecnología de secuenciación de última generación en 344 pacientes con trombosis venosa (TV) y hemos evaluado la asociación de los niveles de miARN con distintas características hemostáticas y el riesgo de recidiva de TV. Entre los hallazgos más significativos, hemos detectado una asociación entre hsa-miR-199b-3p y los niveles de hematocritos (p = 0,0016); dos marcadores que se habían asociado de forma independiente con el riesgo de sufrir TV. Asimismo, hemos observado una evidencia indicativa de asociación entre hsa-miR-370-3p (p = 0,019), hsa-miR-27b-3p (p = 0,016) y hsa-miR-222-3p (p = 0,049) y la recidiva de TV; los resultados los dos últimos miARN confirman los hallazgos recientes de Wang et al. (Clin Epigenetics, 2019). Además, al efectuar estudios de asociación del genoma completo sobre los niveles de miARN y al metaanalizar nuestros resultados con otros disponibles públicamente, hemos identificado 21 asociaciones nuevas de polimorfismos de un solo nucleótido (PSN) con niveles de miARN plasmático con un umbral de significación estadística de p < 5 × 10−8; algunas de estas asociaciones pertenecen a los mecanismos patogénicos de la trombosis.Como conclusión, en este estudio se proporcionan nuevos datos sobre el impacto de la variabilidad de miARN en la hemostasia y nuevos argumentos que apoyan la asociación de algunas secuencias de miARN con el riesgo de recidiva en pacientes con trombosis venosa.
bordeaux.COinSctx_ver=Z39.88-2004&amp;rft_val_fmt=info:ofi/fmt:kev:mtx:journal&amp;rft.jtitle=European%20Heart%20Journal%20Supplements&amp;rft.date=2020&amp;rft.volume=22&amp;rft.issue=Suppl%20C&amp;rft.spage=C34-c45&amp;rft.epage=C34-c45&amp;rft.eissn=1520-765X%20(Print)&amp;rft.issn=1520-765X%20(Print)&amp;rft.au=THIBORD,%20Florian&amp;MUNSCH,%20Gaelle&amp;PERRET,%20C.&amp;SUCHON,%20P.&amp;ROUX,%20M.&amp;rft.genre=article


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