Sequence-dependent activity and compartmentalization of foreign DNA in a eukaryotic nucleus
ROUTHIER, Etienne
Collège Doctoral
Structure et Instabilité des Génomes [STRING]
Laboratoire de Physique Théorique de la Matière Condensée [LPTMC]
Collège Doctoral
Structure et Instabilité des Génomes [STRING]
Laboratoire de Physique Théorique de la Matière Condensée [LPTMC]
MOZZICONACCI, Julien
Structure et Instabilité des Génomes [STRING]
Laboratoire de Physique Théorique de la Matière Condensée [LPTMC]
Acquisition et Analyse de Données pour l'Histoire naturelle [2AD]
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Laboratoire de Physique Théorique de la Matière Condensée [LPTMC]
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Article de revue
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Science. 2025-02-07, vol. 387, n° 6734, p. eadm9466
American Association for the Advancement of Science (AAAS)
English Abstract
In eukaryotes, DNA-associated protein complexes coevolve with genomic sequences to orchestrate chromatin folding. We investigate the relationship between DNA sequence and the spontaneous loading and activity of chromatin ...Read more >
In eukaryotes, DNA-associated protein complexes coevolve with genomic sequences to orchestrate chromatin folding. We investigate the relationship between DNA sequence and the spontaneous loading and activity of chromatin components in the absence of coevolution. Using bacterial genomes integrated into Saccharomyces cerevisiae , which diverged from yeast more than 2 billion years ago, we show that nucleosomes, cohesins, and associated transcriptional machinery can lead to the formation of two different chromatin archetypes, one transcribed and the other silent, independently of heterochromatin formation. These two archetypes also form on eukaryotic exogenous sequences, depend on sequence composition, and can be predicted using neural networks trained on the native genome. They do not mix in the nucleus, leading to a bipartite nuclear compartmentalization, reminiscent of the organization of vertebrate nuclei.Read less <
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Amplification des centrioles: Nature, conséquences et acteurs moléculaires impliqués dans les réarrangements chromosomique et cytoplasmique - ANR-19-CE13-0027
Décryptage des déterminants permettant le repliement du génome sous l'action de la cohésine - ANR-22-CE12-0013
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Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique
Développment d'une infrastructure française distribuée coordonnée - ANR-10-INBS-0004
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