Bioversité des oenocoques dans les boissons fermentées et modalités d'intéractions avec leurs bactériophages

Abstract

Les bactéries à Gram positif de l’espèce Oenococcus oeni sont des coques fermentaires présents à la surface des baies de raisin et sur les équipements des chais. Ces bactéries lactiques sont connues pour leur rôle dans la fermentation malolactique des vins. L’intérêt croissant pour les boissons fermentées a encouragé les inventaires moléculaires de leur microbiote. Ces travaux ont révélé l’existence de niches supplémentaires pour O. oeni comprenant le cidre, ainsi que d’autres boissons à teneur plus réduite en alcool comme le kombucha et le kéfir. Ils ont également mis en lumière l’existence de trois nouvelles espèces dans le genre Oenococcus. Toutefois, malgré la multiplication des études consacrées aux écosystèmes alimentaires microbiens ces dernières années, un nombre limité de souches issues de niches autres que le vin a été isolé et caractérisé dans le genre Oenococcus. Les relations entre les espèces qui sont proches d’un point de vue phylogénétique, mais exploitent des niches différentes, restent donc peu caractérisées. Dans ce contexte, ce projet de thèse a eu pour objectif de mieux comprendre la contribution des phages dans l’évolution des oenocoques et leur biologie. Dans ce travail, nous avons (i) isolé des oenocoques à partir de kéfirs d’eau et de kombucha et décrypté leur génome (ii) évalué si les oenocoques affiliés à des espèces différentes sont connectés via leur phages en explorant les loci CRISPR bactériens et enfin (iii) caractérisé les modalités d’interaction entre le phage lytique X27 et ses bactéries hôtes. L’ensemble de nos résultats suggèrent des traces d’infection entre les phages d’O. oeni et O. sicerae. Par ailleurs, nous avons amélioré nos connaissances sur les modalités de recombinaison entre génomes phagiques et précisé la structure de la partie caudale responsable de la reconnaissance de l’enveloppe de l’hôte. Ces résultats ouvrent la voie à l’élucidation des interactomes entre les oenocoques et leurs phages.