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EMERODE: nuclEAR MagnEtic Resonance prOfiles DatabasE

hal.structure.identifierBiologie du fruit et pathologie [BFP]
dc.contributor.authorLEFEBVRE, Marie
hal.structure.identifierBiologie du fruit et pathologie [BFP]
dc.contributor.authorMAUCOURT, Mickael
hal.structure.identifierBiologie du fruit et pathologie [BFP]
dc.contributor.authorMOING, Annick
hal.structure.identifierBiologie du fruit et pathologie [BFP]
dc.contributor.authorROLIN, Dominique
hal.structure.identifierBiologie du fruit et pathologie [BFP]
dc.contributor.authorJACOB, Daniel
hal.structure.identifierBiologie du fruit et pathologie [BFP]
dc.contributor.authorDEBORDE, Catherine
dc.date.issued2016
dc.date.conference2016-05-31
dc.description.abstractEnLa spectrométrie RMN 1D proton est largement utilisée pour caractériser des matrices biologiques lorsd’analyses métabolomiques. Un profil RMN 1D proton de matrice biologique est la signature spécifique d’unematrice biologique, résultant de la combinaison de tous les spectres de molécules composants ce mélange. Parconséquent, l’identification de certains composés n’est parfois basée que sur la visualisation d’un seul déplacementchimique. Elle ne peut être validée qu’en ayant recours à des expériences complémentaires RMN 2D de type HSQCou JRES, selon les directives d’identification des métabolites [1, 2] de la Metabolomics Standards Initiative (MSI).L’identification de composés requiert donc une très bonne connaissance de la matrice étudiée ou la visualisation dematrices biologiques similaires, pour aiguiller l’identification.La Plateforme Métabolome de Bordeaux est utilisée, notamment, pour l’établissement et l’interprétation deprofils métaboliques de matrices végétales, animales, microbiennes ou fongiques selon différents facteurs d’étude.Elle recense près de 90 profils différents, dont les spectres et les annotations de composés connus et inconnus sontarchivés sous forme papier. L’exploitation de ces profils, pour de nouvelles annotations, relève donc d’un processuslaborieux pour les analystes. C’est pourquoi il est nécessaire de pouvoir visualiser, capitaliser et organiser cetteconnaissance.Dans le cadre du projet MetaboHUB IA ANR, nous développons EMERODE (nuclEar MagnEtic ResonanceprOfiles DatabasE), une base de données et son interface web dédiée. La base de données stockera les profilsdécrits selon un minimum d’informations essentielles à leurs caractérisations. L’interface dédiée permettra de (i)charger de manière simple les spectres et leurs annotations, (ii) rechercher des profils de matrices selon différentsfiltres, (iii) visualiser et interagir avec le spectre du profil, (iv) annoter/modifier les profils de RMN 1D 1H et 13C.La visualisation du spectre d’un profil sera possible grâce à un nouvel outil, le Spectra Browser. Celui-ci sebasera sur la libraire SpeckTackle [3] qui permet la visualisation et l’interaction avec le spectre. Les annotationsseront projetées sous forme de symboles sur un panneau de visualisation à l’échelle du spectre, et positionné souscelui-ci. Les métabolites identifiés seront reliés aux composés correspondants dans les autres bases de données(HMDB, Chebi) et plus particulièrement PeakForest, la base de données de spectres de références, développéedans le cadre de MetaboHUB, et dont une partie des composés a été acquise dans les mêmes conditionsd’extraction et d’acquisition. Ainsi, chaque nouvelle annotation viendra enrichir la base de données elle-mêmepour de futures annotations.
dc.language.isoen
dc.subjectmetabolomic
dc.subject.enNMR
dc.subject.endatabase
dc.subject.enannotation
dc.subject.envisualization
dc.title.enEMERODE: nuclEAR MagnEtic Resonance prOfiles DatabasE
dc.typeAutre communication scientifique (congrès sans actes - poster - séminaire...)
dc.subject.halSciences du Vivant [q-bio]/Biologie végétale
bordeaux.conference.title10. journées scientifiques du Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique RFMF 2016
bordeaux.countryFR
bordeaux.conference.cityMontpellier
bordeaux.peerReviewednon
hal.identifierhal-02741930
hal.version1
hal.invitednon
hal.proceedingsnon
hal.conference.organizerRéseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique (RFMF). FRA.
hal.conference.end2016-06-02
hal.popularnon
hal.audienceInternationale
hal.origin.linkhttps://hal.archives-ouvertes.fr//hal-02741930v1
bordeaux.COinSctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info:ofi/fmt:kev:mtx:journal&rft.date=2016&rft.au=LEFEBVRE,%20Marie&MAUCOURT,%20Mickael&MOING,%20Annick&ROLIN,%20Dominique&JACOB,%20Daniel&rft.genre=conference


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