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Decoding the oak genome: public release of sequence data, assembly, annotation and publication strategies.

hal.structure.identifierBiodiversité, Gènes & Communautés [BioGeCo]
dc.contributor.authorPLOMION, Christophe
hal.structure.identifierGénomique métabolique [UMR 8030]
hal.structure.identifierLaboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité [LBGB]
dc.contributor.authorAURY, Jean-Marc
hal.structure.identifierUnité de Recherche Génomique Info [URGI]
dc.contributor.authorAMSELEM, Joëlle
hal.structure.identifierUnité de Recherche Génomique Info [URGI]
dc.contributor.authorALAEITABAR, Tina
hal.structure.identifierGenoscope - Centre national de séquençage [Evry] [GENOSCOPE]
dc.contributor.authorBARBE, Valérie
hal.structure.identifierGénomique métabolique [UMR 8030]
hal.structure.identifierLaboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité [LBGB]
dc.contributor.authorBELSER, Caroline
hal.structure.identifierCentre National de Ressources Génomiques Végétales [CNRGV]
dc.contributor.authorBERGÈS, Hélène
hal.structure.identifierBiodiversité, Gènes & Communautés [BioGeCo]
dc.contributor.authorBODÉNÈS, Catherine
hal.structure.identifierUnité de recherche en génomique végétale [URGV]
dc.contributor.authorBOUDET, Nathalie
hal.structure.identifierBiodiversité, Gènes & Communautés [BioGeCo]
dc.contributor.authorBOURY, Christophe
hal.structure.identifierUnité de recherche en génomique végétale [URGV]
dc.contributor.authorCANAGUIER, Aurélie
hal.structure.identifierGénomique métabolique [UMR 8030]
hal.structure.identifierLaboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité [LBGB]
dc.contributor.authorCOULOUX, Arnaud
hal.structure.identifierGénomique métabolique [UMR 8030]
hal.structure.identifierLaboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité [LBGB]
dc.contributor.authorDA SILVA, Corinne
hal.structure.identifierInteractions Arbres-Microorganismes [IAM]
dc.contributor.authorDUPLESSIS, Sébastien
hal.structure.identifierBiodiversité, Gènes & Communautés [BioGeCo]
dc.contributor.authorEHRENMANN, François
hal.structure.identifierGenoscope - Centre national de séquençage [Evry] [GENOSCOPE]
dc.contributor.authorESTRADA-MAIREY, Barbara
hal.structure.identifierGenoscope - Centre national de séquençage [Evry] [GENOSCOPE]
dc.contributor.authorFOUTEAU, Stéphanie
hal.structure.identifierUnité de Recherche Génomique Info [URGI]
dc.contributor.authorFRANCILLONNE, Nicolas
hal.structure.identifierUnité de Biométrie et Intelligence Artificielle (ancêtre de MIAT) [UBIA]
dc.contributor.authorGASPIN, Christine
hal.structure.identifierUnité de recherche en génomique végétale [URGV]
dc.contributor.authorGUICHARD, Cécile
hal.structure.identifierUnité de Biométrie et Intelligence Artificielle (ancêtre de MIAT) [UBIA]
dc.contributor.authorKLOPP, Christophe
hal.structure.identifierGenoscope - Centre national de séquençage [Evry] [GENOSCOPE]
dc.contributor.authorLABADIE, Karine
hal.structure.identifierBiodiversité, Gènes & Communautés [BioGeCo]
dc.contributor.authorLALANNE, Céline
hal.structure.identifierUnité de recherche en génomique végétale [URGV]
dc.contributor.authorLE CLAINCHE, Isabelle
hal.structure.identifierUnité de recherche Amélioration, Génétique et Physiologie Forestières [AGPF]
dc.contributor.authorLEPLÉ, Jean-Charles
hal.structure.identifierBiodiversité, Gènes & Communautés [BioGeCo]
dc.contributor.authorLE PROVOST, Grégoire
hal.structure.identifierBiodiversité, Gènes & Communautés [BioGeCo]
dc.contributor.authorLEROY, Thibault
hal.structure.identifierBiodiversité, Gènes & Communautés [BioGeCo]
dc.contributor.authorLESUR, Isabelle
hal.structure.identifierInteractions Arbres-Microorganismes [IAM]
dc.contributor.authorMARTIN, Francis
hal.structure.identifierGénomique métabolique [UMR 8030]
hal.structure.identifierLaboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité [LBGB]
dc.contributor.authorMERCIER, Jonathan
hal.structure.identifierUnité de Recherche Génomique Info [URGI]
dc.contributor.authorMICHOTEY, Célia
hal.structure.identifierGénétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales [GDEC]
dc.contributor.authorMURAT, Florent
hal.structure.identifierBiodiversité, Gènes & Communautés [BioGeCo]
dc.contributor.authorSALIN, Franck
hal.structure.identifierUnité de Recherche Génomique Info [URGI]
dc.contributor.authorSTEINBACH, Delphine
hal.structure.identifierUnité de recherche en génomique végétale [URGV]
dc.contributor.authorFAIVRE-RAMPANT, Patricia
hal.structure.identifierGénomique métabolique [UMR 8030]
dc.contributor.authorWINCKER, Patrick
hal.structure.identifierGénétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales [GDEC]
dc.contributor.authorSALSE, Jérôme
hal.structure.identifierUnité de Recherche Génomique Info [URGI]
dc.contributor.authorQUESNEVILLE, Hadi
hal.structure.identifierBiodiversité, Gènes & Communautés [BioGeCo]
dc.contributor.authorKREMER, Antoine
dc.date.issued2015-05
dc.identifier.issn1755-098X
dc.description.abstractEnThe 1.5 Gbp/2C genome of pedunculate oak (Quercus robur) has been sequenced. A strategy was established for dealing with the challenges imposed by the sequencing of such a large, complex and highly heterozygous genome by a whole-genome shotgun (WGS) approach, without the use of costly and time-consuming methods, such as fosmid or BAC clone-based hierarchical sequencing methods. The sequencing strategy combined short and long reads. Over 49 million reads provided by Roche 454 GS-FLX technology were assembled into contigs and combined with shorter Illumina sequence reads from paired-end and mate-pair libraries of different insert sizes, to build scaffolds. Errors were corrected and gaps filled with Illumina paired-end reads and contaminants detected, resulting in a total of 17,910 scaffolds (>2 kb) corresponding to 1.34 Gb. Fifty per cent of the assembly was accounted for by 1468 scaffolds (N50 of 260 kb). Initial comparison with the phylogenetically related Prunus persica gene model indicated that genes for 84.6% of the proteins present in peach (mean protein coverage of 90.5%) were present in our assembly. The second and third steps in this project are genome annotation and the assignment of scaffolds to the oak genetic linkage map. In accordance with the Bermuda and Fort Lauderdale agreements and the more recent Toronto Statement, the oak genome data have been released into public sequence repositories in advance of publication. In this presubmission paper, the oak genome consortium describes its principal lines of work and future directions for analyses of the nature, function and evolution of the oak genome.
dc.description.sponsorshipRecherches Avancées sur l'Arbre et les Ecosytèmes Forestiers
dc.language.isoen
dc.publisherWiley/Blackwell
dc.subject.enQuercus robur
dc.subject.engenome sequence
dc.subject.engenomic resources
dc.title.enDecoding the oak genome: public release of sequence data, assembly, annotation and publication strategies.
dc.typeArticle de revue
dc.identifier.doi10.1111/1755-0998.12425
dc.subject.halSciences du Vivant [q-bio]
bordeaux.journalMolecular Ecology Resources
bordeaux.page254-265
bordeaux.volume16
bordeaux.issue1
bordeaux.peerReviewedoui
hal.identifierhal-01579667
hal.version1
hal.popularnon
hal.audienceInternationale
hal.origin.linkhttps://hal.archives-ouvertes.fr//hal-01579667v1
bordeaux.COinSctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info:ofi/fmt:kev:mtx:journal&rft.jtitle=Molecular%20Ecology%20Resources&rft.date=2015-05&rft.volume=16&rft.issue=1&rft.spage=254-265&rft.epage=254-265&rft.eissn=1755-098X&rft.issn=1755-098X&rft.au=PLOMION,%20Christophe&AURY,%20Jean-Marc&AMSELEM,%20Jo%C3%ABlle&ALAEITABAR,%20Tina&BARBE,%20Val%C3%A9rie&rft.genre=article


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