A candidate gene for lignin composition in Eucalyptus: cinnamoyl-CoA reductase (CCR)
MANDROU, Eric
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VIGNERON, Philippe
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Idioma
en
Article de revue
Este ítem está publicado en
Tree Genetics and Genomes. 2012, vol. 8, n° 2, p. 353-364
Springer Verlag
Resumen en inglés
Lignin content and composition are considered as mandatory traits of eucalyptus breeding programs, especially for pulp, paper, and bioenergy production. In this article, we used 33 Eucalyptus urophylla full-sib families ...Leer más >
Lignin content and composition are considered as mandatory traits of eucalyptus breeding programs, especially for pulp, paper, and bioenergy production. In this article, we used 33 Eucalyptus urophylla full-sib families of an 8 × 8 factorial design to provide estimates of genetic parameters for lignin- and growth-related traits. Secondly, from the sequencing of the 16 unrelated founders, we described the nucleotide and haplotype variability of cinnamoyl-CoA reductase (CCR), a candidate gene for lignin-related traits encoding the cinnamoyl-CoA reductase. Finally, we tested the association between CCR polymorphisms and trait variation using a mixed linear model. A high value of narrow sense heritability was obtained for lignin content (h² = 0.85) and S/G ratio (h² = 0.62) indicating that these traits are under strong genetic control. High levels of nucleotide (θπ = 0.0131) and haplotype (Hd = 0.958) diversity were detected for CCR. From an initial set of 152 biallelic single nucleotide polymorphisms (SNPs), a subset of 65 nonredundant loci was selected. Three intronic SNPs were found to be associated to the variation of S/G ratio after multiple testing correction. In the line of what has been obtained in forest trees, these SNPs explained between 2.45% and 2.87% of the genetic variance of the trait. This study demonstrates the interest of the candidate gene approach for quantitative trait nucleotide detection in Eucalyptus and paves the way to gene assisted selection of lignin composition in E. urophylla.< Leer menos
Palabras clave
polymorphisme nucléotidique simple
contrôle génétique
Palabras clave en inglés
Eucalyptus
association study
cinnamoyl-CoA reductase (CCR)
lignin content
S/G ratio
Orígen
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