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A computational architecture designed for genome annotation: oak genome sequencing project as a use case

hal.structure.identifierUnité de Recherche Génomique Info [URGI]
dc.contributor.authorFRANCILLONNE, Nicolas
hal.structure.identifierEtude du Polymorphisme des Génomes Végétaux [EPGV]
hal.structure.identifierUnité de Recherche Génomique Info [URGI]
dc.contributor.authorALAEITABAR, Tina
hal.structure.identifierUnité de Recherche Génomique Info [URGI]
dc.contributor.authorALFAMA-DEPAUW, Françoise
hal.structure.identifierUnité de Recherche Génomique Info [URGI]
dc.contributor.authorCOUDERC, Loïc
hal.structure.identifierUnité de Recherche Génomique Info [URGI]
dc.contributor.authorGUERCHE, Claire
hal.structure.identifierUnité de Recherche Génomique Info [URGI]
dc.contributor.authorLETELLIER, Thomas
hal.structure.identifierUnité de Recherche Génomique Info [URGI]
dc.contributor.authorLOAEC, Mikaël
hal.structure.identifierUnité de Recherche Génomique Info [URGI]
dc.contributor.authorLUYTEN, Isabelle
hal.structure.identifierUnité de Recherche Génomique Info [URGI]
dc.contributor.authorMICHOTEY, Célia
hal.structure.identifierLaboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité [LBGB]
dc.contributor.authorAURY, Jean-Marc
hal.structure.identifierUnité de Recherche Génomique Info [URGI]
dc.contributor.authorQUESNEVILLE, Hadi
hal.structure.identifierBiodiversité, Gènes & Communautés [BioGeCo]
dc.contributor.authorPLOMION, Christophe
hal.structure.identifierUnité de Recherche Génomique Info [URGI]
dc.contributor.authorAMSELEM, Joelle
dc.date.issued2015
dc.date.conference2015-07-06
dc.description.abstractEnThe ANR Genoak project aims to study the two key evolutionary processes that explain the remarkable diversity found within the oak genus. We performed anautomated structural annotation (transposable elements (TEs) and genes) and functional annotation of predicted genes using robust pipelines i/ REPET for TEs ii/Eugene for gene prediction iii/ FunAnnotPipe (in-house pipeline) mainly based on InterproScan for functional annotation. Further objectives were to: i/ integrate thewhole genome with all the features annotated into a Genome Browser, ii/ provide an interface for gene prediction curation/validation, and iii/ provide an informationsystem pointing towards accessibility and interoperability.
dc.language.isoen
dc.subject.enFunctional annotation
dc.subject.enStructural annotation
dc.title.enA computational architecture designed for genome annotation: oak genome sequencing project as a use case
dc.typeAutre communication scientifique (congrès sans actes - poster - séminaire...)
dc.subject.halSciences du Vivant [q-bio]
bordeaux.pagenp
bordeaux.conference.titleJOBIM 2015 - Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques
bordeaux.countryFR
bordeaux.conference.cityClermont-ferrand
bordeaux.peerReviewedoui
hal.identifierhal-01246649
hal.version1
hal.invitednon
hal.proceedingsoui
hal.conference.end2015-07-09
hal.popularnon
hal.audienceNon spécifiée
hal.origin.linkhttps://hal.archives-ouvertes.fr//hal-01246649v1
bordeaux.COinSctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info:ofi/fmt:kev:mtx:journal&rft.date=2015&rft.spage=np&rft.epage=np&rft.au=FRANCILLONNE,%20Nicolas&ALAEITABAR,%20Tina&ALFAMA-DEPAUW,%20Fran%C3%A7oise&COUDERC,%20Lo%C3%AFc&GUERCHE,%20Claire&rft.genre=conference


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