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Gene expression predictions and networks in natural populations supports the omnigenic theory

hal.structure.identifierBiologie intégrée pour la valorisation de la diversité des Arbres et de la Forêt [BioForA]
dc.contributor.authorCHATEIGNER, Aurélien
hal.structure.identifierBiologie intégrée pour la valorisation de la diversité des Arbres et de la Forêt [BioForA]
dc.contributor.authorLESAGE-DESCAUSES, Marie-Claude
hal.structure.identifierBiologie intégrée pour la valorisation de la diversité des Arbres et de la Forêt [BioForA]
dc.contributor.authorROGIER, Odile
hal.structure.identifierBiologie intégrée pour la valorisation de la diversité des Arbres et de la Forêt [BioForA]
dc.contributor.authorJORGE, Véronique
hal.structure.identifierBiodiversité, Gènes & Communautés [BioGeCo]
dc.contributor.authorLEPLÉ, Jean-Charles
hal.structure.identifierInstitut des Sciences des Plantes de Paris-Saclay [IPS2 (UMR_9213 / UMR_1403)]
dc.contributor.authorBRUNAUD, Véronique
hal.structure.identifierInstitut des Sciences des Plantes de Paris-Saclay [IPS2 (UMR_9213 / UMR_1403)]
dc.contributor.authorROUX, Christine Paysant-Le
hal.structure.identifierInstitut des Sciences des Plantes de Paris-Saclay [IPS2 (UMR_9213 / UMR_1403)]
dc.contributor.authorSOUBIGOU-TACONNAT, Ludivine
hal.structure.identifierInstitut des Sciences des Plantes de Paris-Saclay [IPS2 (UMR_9213 / UMR_1403)]
dc.contributor.authorMARTIN-MAGNIETTE, Marie-Laure
hal.structure.identifierBiologie intégrée pour la valorisation de la diversité des Arbres et de la Forêt [BioForA]
dc.contributor.authorSANCHEZ, Léopoldo
hal.structure.identifierBiologie intégrée pour la valorisation de la diversité des Arbres et de la Forêt [BioForA]
hal.structure.identifierBiodiversité agroécologie et aménagement du paysage [UMR BAGAP]
dc.contributor.authorSEGURA, Vincent
dc.date.issued2020-12
dc.identifier.issn1471-2164
dc.description.abstractEnBackground: Recent literature on the differential role of genes within networks distinguishes core from peripheral genes. If previous works have shown contrasting features between them, whether such categorization matters for phenotype prediction remains to be studied.Results: We measured 17 phenotypic traits for 241 cloned genotypes from a Populus nigra collection, covering growth, phenology, chemical and physical properties. We also sequenced RNA for each genotype and built co-expression networks to define core and peripheral genes. We found that cores were more differentiated between populations than peripherals while being less variable, suggesting that they have been constrained through potentially divergent selection. We also showed that while cores were overrepresented in a subset of genes statistically selected for their capacity to predict the phenotypes (by Boruta algorithm), they did not systematically predict better than peripherals or even random genes.Conclusion: Our work is the first attempt to assess the importance of co-expression network connectivity in phenotype prediction. While highly connected core genes appear to be important, they do not bear enough information to systematically predict better quantitative traits than other gene sets.
dc.description.sponsorshipUniversité Fédérale de Toulouse - ANR-11-IDEX-0002
dc.description.sponsorshipUne approche de biologie intégrative pour améliorer le peuplier en vue de sa valorisation en bio-raffinerie grâce à une meilleure compréhension de l'architecture génétique de la production et de la qualité de la biomasse lignocellulosique - ANR-13-JSV6-0001
dc.language.isoen
dc.publisherBioMed Central
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by/
dc.subject.enCore
dc.subject.enPeripheral
dc.subject.enBoruta
dc.subject.enMachine learning
dc.subject.enPopulus nigra
dc.title.enGene expression predictions and networks in natural populations supports the omnigenic theory
dc.typeArticle de revue
dc.identifier.doi10.1186/s12864-020-06809-2
dc.subject.halSciences de l'environnement
bordeaux.journalBMC Genomics
bordeaux.page1-16
bordeaux.volume21
bordeaux.issue1
bordeaux.peerReviewedoui
hal.identifierhal-02902844
hal.version1
hal.popularnon
hal.audienceInternationale
hal.origin.linkhttps://hal.archives-ouvertes.fr//hal-02902844v1
bordeaux.COinSctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info:ofi/fmt:kev:mtx:journal&rft.jtitle=BMC%20Genomics&rft.date=2020-12&rft.volume=21&rft.issue=1&rft.spage=1-16&rft.epage=1-16&rft.eissn=1471-2164&rft.issn=1471-2164&rft.au=CHATEIGNER,%20Aur%C3%A9lien&LESAGE-DESCAUSES,%20Marie-Claude&ROGIER,%20Odile&JORGE,%20V%C3%A9ronique&LEPL%C3%89,%20Jean-Charles&rft.genre=article


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