https://oskar-bordeaux.fr:443 The DSpace digital repository system captures, stores, indexes, preserves, and distributes digital research material. 2026-05-02T01:15:18Z https://oskar-bordeaux.fr/handle/20.500.12278/187990 FONTDEVILA PARETA, N.; KHALILI, M.; MAACHI, A.; RIVAREZ, M.P.S.; ROLLIN, J.; SALAVERT, F.; TEMPLE, C.; ARANDA, M.A.; BOONHAM, N.; BOTERMANS, M.; CANDRESSE, T.; FOX, A.; HERNANDO, Y.; KUTNJAK, D.; MARAIS, A.; PETTER, F.; RAVNIKAR, M.; SELMI, I.; TAHZIMA, R.; TRONTIN, C.; WETZEL, T.; MASSART, S. 2023-05-30T00:00:00Z https://oskar-bordeaux.fr/handle/20.500.12278/169338 ALGIRE, Mikkel A.; MONTAGUE, Michael G.; VASHEE, Sanjay; LARTIGUE, Carole; MERRYMAN, Chuck 2012-01-01T00:00:00Z https://oskar-bordeaux.fr/handle/20.500.12278/169036 MAZIER, Marianne; SANJUAN, Raquel; FLAMAIN, Fabrice; SARNETTE, Verane; BOTTON, Emmanuel; GERMAN-RETANA, Sylvie; CAMMAS, Mathieu; MORETTI, André; MAISONNEUVE, Brigitte; CARANTA, Carole 2011-01-01T00:00:00Z https://oskar-bordeaux.fr/handle/20.500.12278/168199 PAGÈS, Guilhem; DEBORDE, Catherine; LEMAIRE-CHAMLEY, Martine; MOING, Annick; BONNY, J.-M. https://oskar-bordeaux.fr/handle/20.500.12278/169309 RING, Ludwig; YEH, Su-Ying; HÜCHERIG, Stephanie; HOFFMANN, Thomas; BLANCO-PORTALES, Rosario; FOUCHÉ, Mathieu; VILLATORO, Carmen; DENOYES, Beatrice; MONFORT, Amparo; CABALLERO, José-Luis; MUÑOZ-BLANCO, Juan; GERSHENSON, Jonathan; SCHWAB, Wilfried 2013-01-01T00:00:00Z https://oskar-bordeaux.fr/handle/20.500.12278/168642 FANG, Aiping; BIZOT, Herve; DAVY, Joëlle; GAILLARD, Cedric; DOULIEZ, Jean-Paul; GOSSE, C. 2012-01-01T00:00:00Z https://oskar-bordeaux.fr/handle/20.500.12278/188898 DEBORDE, Catherine; LELEU, Guillaume; LE MAO, Ines; MOING, Annick; JACOB, Daniel; DA COSTA, Gregory; RICHARD, Tristan https://oskar-bordeaux.fr/handle/20.500.12278/199363 DEBORDE, Catherine; BERNILLON, Stéphane; VALLS FONAYET, Josep; JACOB, Daniel; MALEMBIC-MAHER, Sylvie; DESQUE, Delphine; LUSSEAU, Thierry; MOING, Annick; EVEILLARD, Sandrine “Flavescence dorée” (FD) is a major threat to vineyard sustainability in different European grape-growing areas. This quarantine disease involves interactions between plants, leafhopper vectors and FD phytoplasma. It was developed an innovative protocol for the inoculation of FD phytoplasma under controlled conditions and it was shown that there are differences in susceptibility between grapevine varieties. The present study aims at determining the primary and secondary or specialized metabolites whose contents are modified in the grapevine following infection by FD phytoplasmas under controlled conditions to identify metabolites or pathways that are associated with a better resistance to FD. Preliminary results are presented. 2023-01-01T00:00:00Z https://oskar-bordeaux.fr/handle/20.500.12278/169731 Etude intégrative du protéome du fruit de tomate au cours de son développement BELOUAH, Isma La tomate (Solanum lycopersicum) [...] présente de nombreux avantages : facilité de culture, temps de génération court, connaissances et ressources importantes, génome séquencé, facilité de transformation... Le développement du fruit est un procédé complexe hautement régulé et divisible en quatre étapes principales : la division cellulaire, l'expansion cellulaire, l’étape appelé « turning » et la maturation. Chaque étape est associée à un phénotype, qui lui-même découle de changements à différents niveaux cellulaires. [...]. Grâce aux récents progrès technologiques et en particulier au développement des «techniques omiques», comme la génomique, la transcriptomique, la protéomique, la métabolomique, les principaux composants cellulaires peuvent désormais être étudiés à haut densité. Dans ce contexte, l'objectif de mon doctorat était d'effectuer une analyse protéomique quantitative du développement du fruit de tomate puis d’intégrer les données «omiques» à la fois par des analyses statistiques et par la modélisation mathématique. Le premier chapitre rapporte les résultats de quantification du protéome de fruit de tomate réalisé en collaboration avec la plateforme PAPPSO (INRA, Gif-sur-Yvette). Des échantillons collectés à neuf stades de développement du fruit de tomate ont été extraits et le protéome quantifié, en absence de marquage, par chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse (LC-MS/MS). Ensuite, j'ai cherché la méthode la plus adaptée, testant un ensemble de filtres sur les données, pour obtenir une quantification précise des protéines à partir des intensités ioniques (XIC). Au total, j’ai pu obtenir la quantification absolue de 2494 protéines en utilisant une méthode basée sur la modélisation de l'intensité des peptides. [...] Le deuxième chapitre est consacré aux résultats obtenus par analyses combinées d’«omiques» au cours du développement du fruit de tomate. La transcriptomique a été réalisée en collaboration avec Genotoul GeT (Toulouse) et le groupe Usadel (RWTH Aachen University, Allemagne). Grâce à l’ajout d’étalons internes, plus de 20000 transcrits ont été quantifiés de manière absolue à chacune des neuf étapes de développement. Cette quantification a ensuite été validée par comparaison avec des données de concentration de 71 transcrits précédemment obtenues par PCR quantitative. Enfin, nous avons cherché à intégrer les quatre niveaux de données - transcriptome, protéome, métabolome et activome- afin d‘identifier les principales variables associées au développement. Pour ces quatre niveaux, les analyses ont confirmé que l’entrée en maturation s’accompagne de changements majeurs et révélé une grande similarité entre la fin et le début du développement, notamment au niveau du métabolisme énergétique. Le troisième chapitre porte sur les résultats de modélisation de la traduction protéique obtenus grâce à la quantification absolue du transcriptome et du protéome. Afin d’expliquer la corrélation décroissante observée au cours du développement entre les concentrations en protéines et celles des transcrits correspondants, nous avons résolu un modèle mathématique de la traduction protéique basé sur une équation différentielle ordinaire et impliquant deux constantes de vitesse: pour la synthèse et la dégradation de la protéine. La résolution de cette équation, validée par un critère de qualité basé un intervalle de confiance fermé, a conduit à l'estimation de ces constantes pour plus de 1000 protéines. [...] Enfin le dernier chapitre décrit l’ensemble du matériel et des méthodes utilisées pour obtenir les différents résultats présentés dans le manuscrit. Dans le domaine de la biologie des systèmes, ce travail illustre comment l'intégration de multiples données «omiques» et la modélisation mécanistique basée sur la quantification absolue des «omiques» peut révéler de nouvelles propriétés des composants cellulaires. https://oskar-bordeaux.fr/handle/20.500.12278/169729 Histoire évolutive et impact des différents processus évolutifs sur la diversité génétique de l’abricotier (Prunus armeniaca L.) LIU, Shuo L’abricotier cultivé (Prunus armeniaca L.) appartient au genre Prunus, de la sous-famille des Prunoideae qui comprend la totalité des arbres fruitiers à noyaux de la famille des Rosaceae. Il fait partie de la section taxonomique Armeniaca (Lam.) Koch. qui se présente comme un complexe d’espèces diploïdes, inter-fertiles avec un génome d’environ 200-220 Mbp (n=8). La section Armeniaca comprend deux espèces cultivées, P. armeniaca (fruitière) et P. mume (ornementale) ; mais également cinq espèces encore disponibles à l’état sauvage en Asie Centrale et en Asie du Nord-Est, le plus souvent en altitude. Dans ce contexte, mon travail de thèse vise à mieux comprendre les différents processus de l’histoire évolutive d’une espèce fruitière pérenne et comment ceux-ci influent sur la variabilité et la structuration génétique de l’espèce cultivée. Ceci inclut son adaptation à de multiples et changeantes conditions environnementales mais également à l’action de l’Homme au travers de la domestication, de la sélection et de l’amélioration génétique et son effet sur l’architecture génomique de l’abricotier.Dans un premier temps, des études de diversité réalisées à l’aide de marqueurs moléculaires de type microsatellites ont été réalisées chez l’abricotier et ses espèces apparentées, sauvages, afin de clarifier les généalogies et révéler les processus évolutifs qui sont à l’origine de la forme cultivée, fruitière. Notre étude de phylogéographie nous a permis de détecter des groupes génétiques différenciés résultant de l’histoire climatique passée de la planète mais également d’hybridation interspécifique et de flux de gènes récurrent entre individus sauvages et domestiques. Plusieurs événements indépendants de domestication ont ainsi été mis en évidence, ils sont à l’origine de l’abricotier cultivé en Occident, en Chine et en Asie Centrale.La même approche a été utilisée dans un second temps afin de décrire la diversité et la structuration génétique de P. brigantina Vill., la seule espèce européenne de la section Armeniaca, ce qui nous a conduit à préciser sa classification dans le genre Prunus.Enfin dans la troisième partie de cette thèse, la diversité génétique a cette fois été étudiée à l’échelle du génome complet de l’abricotier. L’objectif ici était de rechercher les régions génomiques permettant de différencier les groupes domestiques, européens et chinois, des populations sauvages d’Asie Centrale. Ces zones de forte différenciation dans les génomes correspondent à des signatures de balayages sélectifs. Nous avons ainsi identifié plus de 1700 régions génomiques comme cibles probables de l’adaptation et de la domestication de l’abricotier, pour lesquelles 136 présentaient un fort degré de similarité pour tous les cultivars d’abricotiers indiquant 56 régions génomiques de domestication homologues, non-chevauchantes. Pour 48 de ces régions, nous disposons d’annotations fonctionnelles qui permettent de déterminer les gènes sous sélection et leur fonction. Il apparaît que la plupart de ces gènes sont connus pour affecter l’expression de phénotypes liés 1) à la réponse aux pathogènes et au stress abiotique, 2) à la qualité du fruit ainsi qu’au 3) contrôle moléculaire de la floraison et de la transition entre période végétative et reproductive. Ce résultat constitue un premier pas vers la compréhension des mécanismes responsables du processus de domestication chez une espèce fruitière, pérenne. Il montre que des évènements de domestication indépendants ont impliqué des régions génomiques homologues. Les travaux aÌ venir devront également permettre de préciser les cibles génétiques des processus adaptatifs chez cette espèce fruitière, pérenne, et de fournir des cibles pour les programmes d’amélioration génétique de l’abricotier dans un contexte de changements climatiques. https://oskar-bordeaux.fr/handle/20.500.12278/169796 Durabilité de la résistance et mécanisme de tolérance au virus Y de la pomme de terre (PVY) chez Nicotiana tabacum MICHEL, Vincent Le virus Y de la pomme de terre (PVY) est l’un des virus les plus dommageables sur tabac. Pour contrôler les épidémies de PVY, différents allèles du gène de résistance récessive va ont été introgressés dans des variétés de tabac. Ce gène récemment cloné code pour une copie du facteur d’initiation de la traduction (eIF4E-1). Toutefois, l’émergence de variants de PVY contournant va, dont des isolats nécrotiques particulièrement sévères, montre que cette résistance n’est pas toujours durable. L’objectif du travail de thèse était i) de comprendre les mécanismes génétiques modulant la durabilité de la résistance va ii) d’identifier des facteurs génétiques différents de va, contrôlant une tolérance aux symptômes de nécrose nervaire induits par certains isolats de PVY. Le phénotypage, le génotypage et l’analyse du transcriptome de 13 variétés résistantes portant va montrent que le type de mutation affectant le locus eIF4E-1 ainsi que la fonctionnalité et le niveau d’expression d’autres copies d’eIF4E impactent la durabilité de va. Nos données permettent de proposer un modèle de leurre où la surexpression de la copie eIF4E-2, sous l’effet de la délétion complète du gène eIF4E-1 et partielle du gène eIF4E-3, limiterait l’apparition de variants contournants, augmentant ainsi la durabilité de la résistance contrôlée par va. En parallèle, un gène R de type NB-LRR nommé NtTPN1 (pour Nicotiana tabacum Tolerance to PVY-induced Necrosis1) a été identifié comme étant directement impliqué dans l’absence de développement de la nécrose nervaire induite par les isolats nécrotiques de PVY. Le phénotype de tolérance au PVY conféré par NtTPN1 ouvre de nouvelles perspectives de contrôle du PVY et en particulier des isolats nécrotiques capables de contourner la résistance liée à va. https://oskar-bordeaux.fr/handle/20.500.12278/168447 Caractérisation de la variabilité phénotypique de ressources génétiques de Stevia rebaudiana (Bertoni) : analyse des composantes du rendement et critères de sélection en condition de production HASTOY, Cécile La consommation excessive de sucres conduit à l’augmentation de désordres métaboliques, tels que l’obésité et le diabète. Les consommateurs souhaitent une alimentation plus saine à base de produits d’origine naturelle. Stevia rebaudiana, l’herbe sucrée du Paraguay, accumule dans ses feuilles des glycosides de stéviol (SGs) considérés comme des édulcorants naturels intenses, dont le marché est en pleine expansion au niveau mondial. Dans ce contexte, la société Oviatis implante une filière BIO de Stevia rebaudiana en Nouvelle-Aquitaine. Les objectifs de cette thèse CIFRE sont de caractériser la variabilité phénotypique d’une collection de cette espèce en vue de la mise en place future d’un programme de sélection. Les composantes du rendement, de biomasse foliaire, de quantité et qualité des SGs et de la réponse à Septoria sp. ont été finement décrites en condition de production pluriannuelle et multi-sites ou en conditions contrôlées. Ces travaux ont permis de 1) développer des outils de phénotypage métabolique, pathologique et au champ, 2) évaluer la variabilité phénotypique de cette collection de Stevia rebaudiana en condition de production et identifier les descripteurs de cette variabilité, 3) identifier les facteurs ontogéniques, abiotiques et culturaux impliqués dans la variabilité de cette collection, 4) évaluer la variabilité de réponses face à la septoriose. Ces résultats permettent d’identifier les critères de sélection de cette espèce pour une production BIO en Nouvelle Aquitaine, ainsi que des génotypes d’intérêt. Ils constituent les bases de la mise en place d’un programme d’amélioration variétale. https://oskar-bordeaux.fr/handle/20.500.12278/170009 Etude du rôle de FW2.2 dans le développement du fruit de tomate AZZI, Lamia Le gène FW2.2 correspond au locus de caractère quantitatif (QTL) majeur impliqué dans le contrôle de la taille finale du fruit de tomate. FW2.2 appartient à une famille multigénique et code une protéine transmembranaire de 163 acides aminés dont la fonction demeure de nos jours inconnue. Pourtant décrite comme un régulateur négatif des mitoses, par conséquent comme un régulateur de la taille du fruit et cloné plus de 12 ans auparavant, aucune fonction biochimique, physiologique ni même développementale n’a été déterminée concernant cette protéine. Ce qui est d’autant plus étonnant car aucun lien n’a été révélé entre sa fonction protéique et sa capacité à influencer le cycle cellulaire. L’analyse d’une nouvelle version du génome de la tomate nous a permis d’identifier 17 nouvelles séquences homologues à FW2.2 (que nous avons nommé FW2.2-like) et l’alignement de ces séquences nous a permis d’observer une importante conservation du motif PLAC8 commun à cette famille multigénique. L’étude phylogénétique que nous avons réalisée ne nous a donné aucune indication quant à la fonction potentielle de transporteur de métaux lourds de la protéine FW2.2 malgré le fait que sa séquence protéique présente les mêmes caractéristiques que celles décrites chez des transporteurs de métaux lourds. Des expériences d’électrophysiologie ne nous ont pas permis de confirmer son rôle de transporteur, mais des dosages de contenu minéral réalisés sur des péricarpes de fruits de tomate présentant des niveaux d’expression différents pour FW2.2 nous ont permis d’observer une différence de stockage du cadmium dans le péricarpe de ces fruits. Nous avons également étudié le rôle de la protéine FW2.2 dans le développement des plantes en utilisant des lignées de plantes et des lignées cellulaires surexprimant le gène FW2.2. Ceci nous a mené à l’hypothèse que la protéine FW2.2 pouvait être impliquée dans la voie de signalisation des brassinostéroïdes. Pour terminer, nous avons tenté de comprendre quels mécanismes de régulation étaient déclenchés par FW2.2 en recherchant ses partenaires potentiels par le biais de l’application de la technique du Split-Ubiquitin. https://oskar-bordeaux.fr/handle/20.500.12278/170004 Etude de la réponse immunitaire de la cicadelle Circulifer haematoceps au cours de l'infection par Spiroplasma citri ELIAUTOUT, Remi Spiroplasma citri est une bactérie phytopathogène transmise par la cicadelle Circuliferhaematoceps. L'absence de symptômes malgré la multiplication de S. citri dans l'hémolymphe, suggèreque le système immunitaire joue un rôle important dans la tolérance de la cicadelle vis-à-vis duspiroplasme.Le but de cette thèse a donc été d'étudier la réponse immunitaire de C. haematoceps aucours de l'infection par S. citri.Notre étude sur le système immunitaire de la cicadelle a montré la présence dans le plasma d'uneactivité antibactérienne et d'une activité phénoloxidase. Parmi les principaux types d'hémocytes unephagocytose des bactéries par les granulocytes et les plasmatocytes a été observée. Les gènessusceptibles d'être impliqués dans ces processus ont été recherchés par une approche par hybridationsoustractive. De manière étonnante, aucun gènes codant des récepteurs ni d'effecteurs connus del'immunité n'ont été identifiés. En revanche certains gènes (23 en tout) codent des protéines ayantpotentiellement un rôle immunitaire. Six de ces 23 gènes ont été retenus pour suivre leur expressionau temps précoce d'une infection bactérienne. Les résultats ont montré que les gènes codantI'Hexamérine, la DDBPl et la Thiorédoxine peroxydase étaient surexprimés lors de l'infection par 5.citri. Une approche fonctionnelle d'interférence par ARN a montré d'une part que I'Hexamérine étaitimpliquée dans l'activité phénoloxidase et d'autre part qu'elle jouait un rôle important dans la surviede C. haematococeps au cours de l'infection par 5. citri. En parallèle, le suivi de l'activité phénoloxidaseet de la phagocytose au cours de l'infection a montré que 5. citri était capable de s'adapter à laréponse immunitaire de l'insecte et d'y échapper. Ces résultats rejoignent ceux obtenus chez ladrosophile concernant S. poulsonii. https://oskar-bordeaux.fr/handle/20.500.12278/169963 Aperçus moléculaires d'une voie potentielle d'encapsidation de l'ARN de potyvirus, et des particules de potyvirus comme nano-porteurs d'enzymes BESONG, Jane La présente étude avait pour but d'identifier de nouvelles stratégies pour la présentation sélective d'enzymes à la surface de nanoparticules virales dans le but d’une application potentielle dans la technologie des biocapteurs ou des puces à protéines. Les potyvirus ont été choisis comme nanosupports modèles. Les Potyvirus, le genre le plus large de la famille des Potyviridae, la seconde plus grande famille de virus de plante, sont responsables de très graves pertes dans les cultures. Ils forment des capsides flexibles en forme de bâtonnet entourant une seule molécule d'ARN positif simple brin. Les événements moléculaires conduisant à la sélection et à l'encapsidation spécifiques de l'ARN potyviral sont inconnus. Afin de mieux exploiter le potentiel de ces virus comme nanosupports, la première étape de ce travail a porté sur l’étude, in vivo, du processus d'encapsidation de l'ARN de particules de potyvirus. Des études précédentes ont montré que la protéine d'enveloppe (CP) du virus de la pomme de terre A (PVA) interfère avec la traduction de l'ARN viral lorsqu'elle est fournie en excès en trans suggérant que cela pourrait se produire pour initier l’encapsidation de l’ARN viral. Dans cette étude, nous avons montré que cette inhibition est médiée par des interactions CP-CP co-traductionnelles se produisant entre deux populations de CP, produites en trans et en cis et permettant très probablement le recrutement spécifique de l'ARN potyviral pour son encapsidation. En accord avec les études d'assemblage in vitro publiées précédemment nous proposons un mécanisme selon lequel l’encapsidation de l'ARN viral est initiée par des interactions CP-CP co-traductionnelles. Dans la deuxième partie de ce travail, différentes approches ont été testées afin d’organiser des enzymes sur les plateformes virales dans le but d’optimiser la canalisation des intermédiaires réactionnels. Parmi les trois stratégies testées seule celle utilisant un peptide qui se liant aux anticorps, le peptide z33 de la protéine A de Staphylococcus aureus a été couronnée de succès. Une couverture de 87 % des sites sur les particules de potyvirus avec l'enzyme a été obtenue. Cette stratégie a été utilisée pour piéger deux enzymes, la 4-coumarate: coenzyme A ligase (4Cl2) et stilbène synthase (STS), catalysant des étapes consécutives dans la voie de synthèse de resvératrol à partir de lysats cellulaires solubles d’E. coli clarifiés, à la surface de particules de potyvirus immobilisées sur les parois d'un tube en polypropylène. Cette stratégie rassemble les approches ascendante et descendante pour construire des nanomatériaux à base de virus et offre un moyen efficace et économique pour co-immobiliser et purifier des enzymes https://oskar-bordeaux.fr/handle/20.500.12278/169799 La Flavescence Dorée de la vigne : Identification et caractérisation des protéases de surface FtsH du phytoplasme de la FD et Caractérisation de la sensibilité variétale par comparaison de cépages très sensibles et peu sensibles. JOLLARD, Camille La Flavescence Dorée (FD) est une maladie épidémique infectant les vignes européennes causée par un phytoplasme (pFD) qui est transmis de vigne à vigne par l’insecte vecteur Scaphoideus titanus. Aucun cépage actuellement cultivé n’est totalement résistant, mais des différences de sensibilité existent. En France, les méthodes de lutte réglementaires se concentrent sur la plantation de pieds certifiés sains, l’arrachage des plants contaminés et des traitements insecticides contre le vecteur dans les zones touchées par la FD. En plus du coût économique de ces moyens de lutte, l’usage des produits phytosanitaires impacte l’environnement et la santé humaine. Une meilleure compréhension des relations entre les différents acteurs du pathosystème vigne-pFD-S. titanus est donc essentielle pour pouvoir appliquer d’autres stratégies de lutte. Dans ce contexte, les principaux objectifs de ma thèse étaient (1) d’identifier et de caractériser au niveau fonctionnel des gènes codant des protéases de surface, les FtsH, potentiellement impliquées dans la virulence du pFD, (2) de caractériser la multiplication et la diffusion du pFD dans la vigne en s’affranchissant des interactions vigne-S. titanus, (3) d’initier la caractérisation du déterminisme génétique de la résistance par analyse d’un pool de descendants issus du croisement entre un cépage sensible (CF) et un cépage peu sensible (Mag) et (4) d’identifier des différences de dérégulations géniques entre le cépage très sensible CS et le cépage peu sensible M par comparaison des transcriptomes. Les résultats indiquent que (1) huit gènes FtsH sont codés par le pFD et s’expriment de manière différentielle selon l’hôte, (2) les différences de sensibilité à la FD chez la vigne sont dues au moins en partie aux interactions vigne-pFD, (3) une ségrégation des caractères « infection des plantes » et « multiplication du pFD » dans cette descendance est obtenue et (4) le M active des voies métaboliques différentes par rapport au CS lors de l’infection. A terme, la compréhension puis l’exploitation des différences de sensibilités des cépages pourront contribuer à l’élaboration de pistes alternatives à la lutte actuelle contre la FD dans le cadre d’une réduction des intrants. https://oskar-bordeaux.fr/handle/20.500.12278/169957 Identification de gènes candidats impliqués dans la régulation de la teneur en acide ascorbique chez la tomate : impacts sur le potentiel antioxydant et la qualité post-récolte du fruit BOURNONVILLE, Celine L’acide ascorbique (AsA) est un antioxydant essentiel à la fois pour l’homme et les végétaux. L’AsA provenant des plantes représente la source principale de vitamine C dans l’alimentation quotidienne. Au-delà de son impact nutritionnel, augmenter la teneur en AsA dans le fruit de tomate serait susceptible d’influencer la qualité des fruits après la récolte, en termes de conservation mais également de résistance à des pathogènes. Bien que le métabolisme de l’AsA soit bien caractérisé, les mécanismes impliqués dans sa régulation restent jusqu'à présent peu compris. Des études récentes menées sur des feuilles d’Arabisdopsis thaliana montrent que certaines protéines seraient capables de réguler la teneur en AsA, en agissant au niveau transcriptionnel ou post-transcriptionnel. A ce jour, ce type de régulation n’a pas été encore décrit chez les fruits. Dans ce but, une approche de génétique directe a été développée afin d’étudier les mécanismes impliqués dans la régulation de la teneur en AsA et ceci dans le fruit de tomate (Solanum lycopersicum). L’analyse d’une population de mutants EMS de tomate Micro-Tom a permis l’identification de lignées de mutants présentant des teneurs en AsA de 2,5 à 4 fois plus importantes que celles observées dans les fruits de tomate sauvage. La caractérisation de ces lignées a conduit à des résultats prometteurs pour l’étude de la qualité des fruits après la récolte. Une stratégie de NGS-mapping a permis l’identification des mutations causales responsables du phénotype AsA observé. Ainsi, le criblage de mutants EMS a permis la découverte de nouvelles protéines inattendues, permettant de confirmer au niveau moléculaire l’existence d’une interaction directe en la signalisation lumineuse et la régulation de la voie de biosynthèse de l’AsA. https://oskar-bordeaux.fr/handle/20.500.12278/169807 Caractérisation des propriétés transcriptionelles des mutants hid1Δ et hid3Δ chez S. pombe ALSHEHRI, Mohammed Schizosaccharomyces pombe devient de plus en plus un système modèle pour étudier la régulation de l'expression des gènes et des protéines dans les processus impliqués dans le développement de cancers et de maladies génétiques. Ces travaux peuvent servir à étudier les propriétés putatives de la protéine humaine HID1 à empêcher des tumeurs de se former. J'ai utilisé la technique RNAseq pour révéler les changements d'expression des gènes sur les cellules de S. pombe dont sont absentes trois gènes orthologues du gène humain HID1: hid1+, hid2+ et hid3+. Des mutants ont été créés par remplacement de gènes et testés pour découvrir leurs propriétés de croissance. La croissance du mutant hid2Δ semblait meilleure tandis que celle de hid3Δ semblait plus lente que les contrôles. La morphologie cellulaire de chaque mutant était normale. La microscopie à transmission électronique a révélé que l'appareil de Golgi était fortement modifié dans hid3Δ. RNAseq a montré que plus de 500 gènes étaient exprimés différentiellement dans hid3Δ. Les changements d'expression indiquaient des cellules sous tension. Par ailleurs, un jeu défini de facteurs de transcription et un groupe de gènes encodant des protéines situées et sécrétées ont été introduits, ce qui suggère que la perturbation de la fonction protéique au niveau de la membrane plasmique a un effet feedback sur la régulation de l'expression des gènes. J'émets l'hypothèse que la croissance lente de hid3Δ s'explique par un état cellulaire de quiescence partielle. Aussi, S. pombe ont été séquencées et révèlent l'expression de petits ARN non codants spécifiques, dont des introns complets et d'autres ARN non codants non annotés. https://oskar-bordeaux.fr/handle/20.500.12278/169983 Endoréduplication, division et expansion cellulaire : mécanismes acteurs de la croissance du fruit DELUCHE, Cynthia La transformation de la paroi de l’ovaire en un péricarpe charnu implique une coordination entre les divisions cellulaires et l’expansion cellulaire. Des données considérables sur le développement et la maturation du fruit de tomate ont été établies, mais la coordination des divisions cellulaires, de l’expansion cellulaire et de l’endoréduplication durant la mise à fruit ainsi que durant la croissance du fruit de tomate reste grossièrement caractérisée au sein du péricarpe et de nombreuses questions ne sont pas résolues : comment ces deux processus sont-ils régulés et coordonnés durant le développement du fruit d’un point de vue cellulaire? Quand commence l’endoréduplication dans les tissus du fruit et quelle est sa fonction? La première partie de ce mémoire concerne la coordination des divisions cellulaires et de l’expansion cellulaire durant la fin du développement de l’ovaire et le début du développement du fruit. Une différenciation précoce des assises cellulaires composant la paroi de l’ovaire puis le péricarpe a été démontrée. Les divisions cellulaires se font principalement au sein de l’épiderme externe et montrent une synchronisation partielle tandis que l’expansion cellulaire se fait principalement dans le mésocarpe. L’endoréduplication semble être initiée avant l’anthèse. La deuxième partie est consacrée à l’analyse du RNA-seq nucléaire en fonction de quatre niveaux de ploïdie (4, 8, 16 et 32C). La majorité des gènes montrent une augmentation proportionnelle de leurs expressions en fonction des niveaux de ploïdie. Cependant, certains gènes révèlent une surexpression ou une sous-expression en fonction des niveaux de ploïdies. https://oskar-bordeaux.fr/handle/20.500.12278/168506 CAUSSE, Mathilde; ZHAO, Jiantao; DIOUF, Isidore; WANG, Jiaojiao; LEFEBVRE, Véronique; CAROMEL, Bernard; GÉNARD, Michel; BERTIN, Nadia Springer 2020-03-03T00:00:00Z