https://oskar-bordeaux.fr:443 El repositorio digital de Burdeos captura, almacena, indiza, preserva y distribuye materiales de investigación en formato digital. 2026-05-26T20:00:48Z https://oskar-bordeaux.fr/handle/20.500.12278/6722 Diversité et caractéristiques génomiques d'Oenococcus oeni LORENTZEN, Marc Oenococcus oeni est une espèce de bactérie lactique adaptée à l'environnement hostile de la fermentation du vin. Elle montre un degré de spécialisation remarquable face au stress provoqué par le faible pH et la forte teneur en éthanol, ce qui lui permet de proliférer là où la plupart des bactéries ne survivent pas. Cette bactérie est très importante dans la production de vin, car elle réalise la fermentation malolactique, qui se produit après la fermentation alcoolique, et au cours de laquelle l'acide malique est métabolisé en acide lactique et où le vin est désacidifié. L'espèce accumule des mutations plus vite que les autres espèces de bactéries lactiques, ce qui a probablement accéléré le processus de domestication. Son degré de spécialisation a été démontré par la présence de populations spécifiques adaptées aux vins rouges ou aux vins blancs dans la même région. Dans cette étude, nous avons utilisé des approches de séquençage haut débit et de génomique pour élucider la diversité des souches d’O. oeni, identifier leurs caractéristiques génomiques et mesurer leur dispersion dans différents environnements ainsi que leur dynamique au cours des fermentations. En raison de son importance pour la vinification, plusieurs centaines de souches ont été isolées et séquencées. Dans ce travail, nous avons augmenté la collection de génomes en séquençant des souches de cidre et de kombucha et en effectuant des analyses phylogénétiques afin de clarifier la structure de la population de l'espèce. En calculant un pangénome à l'échelle de l'espèce, nous avons effectué une analyse génomique comparative afin d'explorer des gènes spécifiques à une ou plusieurs sous-populations. Avec le séquençage de nouvelle génération, nous avons produit des génomes entièrement circularisés à partir des principales sous-populations et analysé leurs arrangements génomiques. Ces nouveaux génomes ont été annotés avec de nouveaux pipelines automatiques et une curation manuelle pour la première fois depuis la publication du génome de référence PSU-1. L’évolution des communautés bactériennes au cours de la fermentation, du moût de raisin au vin fini, a été examinée par le séquençage de fragments 16S dans quatre exploitations du bordelais. À l’aide d’amorces universelles et spécifiques, nous avons comparé la biodiversité des espèces dans des vins issus d’agriculture biologique ou conventionnelle. De plus, en se basant sur les groupes phylogénétiques de souches d’O. oeni nouvellement définis, nous avons développé une méthode de qPCR pour analyser la dispersion des groupes de souches d’O. oeni et leur dynamique au cours des fermentations. Cette nouvelle méthode a également été utilisée pour analyser la diversité des souches d’O. oeni dans les vins de base de Cognac et au cours de la production de cidre, deux produits qui se distinguent des productions de vins traditionnels par la non-utilisation de sulfites. Les deux autres espèces du genre Oenococcus, O. kitaharae et O. alcoholitolerans, se retrouvent également dans les environnements de boissons fermentées. O. kitaharae ne possède pas de gène malolactique fonctionnel, mais O. alcoholitolerans, découvert plus récemment, serait capable de réaliser la réaction malolactique. Nous l’avons caractérisée, ainsi que sa tolérance aux facteurs de stress de l'environnement vin. Constatant qu'elle était incapable de survivre dans le vin, nous avons produit un génome entièrement circularisé d'O. alcoholitolerans et effectué une analyse de génomique comparative afin d'identifier les gènes d'O. oeni lui permettant de tolérer le pH et l'éthanol, ce qui manque à O. alcoholitolerans et à O. kitaharae. En conclusion, nous avons utilisé les nouvelles technologies de séquençage de nouvelle génération pour produire des génomes de haute qualité et effectuer des analyses comparatives approfondies à l’échelle de l’espèce qui nous ont permis d’identifier des gènes susceptibles d’expliquer l’adaptation d’O. oeni à l’environnement. https://oskar-bordeaux.fr/handle/20.500.12278/10704 VUILLEMIN, Marlène; GRIMAUD, Florent; CLAVERIE, Marion; ROLLAND-SABATÉ, Agnes; GARNIER, Catherine; LUCAS, Patrick; MONSAN, Pierre; DOLS-LAFARGUE, Marguerite; REMAUD-SIMEON, Magali; MOULIS, Claire 2018-01-01T00:00:00Z https://oskar-bordeaux.fr/handle/20.500.12278/172798 ELBOUTACHFAITI, Redouan; MOLINIÉ, Roland; MATHIRON, David; MAILLOT, Yannis; FONTAINE, Jean-Xavier; PILARD, Serge; QUÉRO, Anthony; BRASSELET, Clément; DOLS-LAFARGUE, Marguerite; DELATTRE, Cédric; PETIT, Emmanuel 2022-04-01T00:00:00Z https://oskar-bordeaux.fr/handle/20.500.12278/11369 CIBRARIO, Alice; MIOT-SERTIER, Cecile; RIQUIER, Laurent; DE REVEL, Gilles; MASNEUF POMAREDE, Isabelle; BALLESTRA, Patricia; DOLS-LAFARGUE, Marguerite 2020-01-01T00:00:00Z https://oskar-bordeaux.fr/handle/20.500.12278/5876 Diversité génétique et phénotypique de l’espèce Brettanomyces bruxellensis : influence sur son potentiel d’altération des vins rouges CIBRARIO, Alice Brettanomyces bruxellensis est une levure particulièrement redoutée des vinificateurs pour ses capacités d’altération organoleptique des vins. Elle est également associée à de nombreux produits fermentés et présente une importante diversité génétique en lien avec son origine écologique. L’analyse des profils microsatellites d’une collection importante d’individus (1318) d’origines géographiques variées montre une diversité génétique importante parmi les isolats de vin. Elle met notamment en évidence la coexistence d’individus diploïdes et triploïdes dans différentes régions du monde ainsi qu’à l’échelle d’un chai et d’un vin. La présence de certains génotypes dans plusieurs régions à travers le monde suggère la dispersion de cette espèce et une adaptation importante au milieu difficile qu’est le vin.La relation entre diversité génétique, matrice d’origine et traits physiologiques a été explorée. La nature des sucres utilisables pour supporter la croissance ainsi que les capacités de production de phénols volatils sont peu variables entre les souches étudiées, indépendamment de leur niveau de ploïdie ou de leur origine écologique. Néanmoins, les profils de croissance et de production de phénols volatils (vitesses et rendements) varient et traduisent des différences dans l’adaptation des souches au milieu et aux conditions d’oxygénation. Nos données suggèrent notamment une adaptation plus importante des souches triploïdes aux conditions physico-chimiques du vin. D’un point de vue pratique, l’influence de certains facteurs physico-chimiques, tels que les sucres et la température, sur le développement de B. bruxellensis dans les vins a été étudiée. Dans les vins rouges, la composition en sucres résiduels ne peut pas être considérée comme un outil de diagnostic du risque « Brett ». Néanmoins, les variations importantes de température observées dans les chais, jusqu’alors sous-estimées, pourraient expliquer en partie les phénomènes d’altération de vins rouges fréquemment observés au cours du premier été d’élevage en barrique. https://oskar-bordeaux.fr/handle/20.500.12278/26837 CIBRARIO, Alice; PERELLO, Marie-Claire; MIOT-SERTIER, Cecile; RIQUIER, Laurent; DE REVEL, Gilles; BALLESTRA, Patricia; DOLS-LAFARGUE, Marguerite 2020-07-01T00:00:00Z https://oskar-bordeaux.fr/handle/20.500.12278/72134 CIBRARIO, Alice; PEANNE, Claire; LAILHEUGUE, Marine; CAMPBELL-SILLS, Hugo; DOLS-LAFARGUE, Marguerite 2016-12-01T00:00:00Z https://oskar-bordeaux.fr/handle/20.500.12278/27131 DIMOPOULOU, Maria; CLAISSE, Olivier; DUTILH, Lucie; MIOT-SERTIER, Cecile; BALLESTRA, Patricia; LUCAS, Patrick; DOLS-LAFARGUE, Marguerite 2017-06-30T00:00:00Z https://oskar-bordeaux.fr/handle/20.500.12278/26908 DIMOPOULOU, Maria; BARDEAU, Tiphaine; RAMONET, Pierre-Yves; MIOT-SERTIER, Cecile; CLAISSE, Olivier; DOCO, Thiery; PETREL, Melina; LUCAS, Patrick; DOLS-LAFARGUE, Marguerite 2016-02-01T00:00:00Z https://oskar-bordeaux.fr/handle/20.500.12278/21312 CAMPBELL-SILLS, Hugo; EL KHOURY, Mariette; FAVIER, Marion; ROMANO, Andrea; BIASIOLI, Franco; SPANO, Giuseppe; SHERMAN, David J; BOUCHEZ, Olivier; COTON, Emmanuel; COTON, Monika; OKADA, Sanae; TANAKA, Naoto; DOLS-LAFARGUE, Marguerite; LUCAS, Patrick 2015-05-14T00:00:00Z https://oskar-bordeaux.fr/handle/20.500.12278/10698 DIMOPOULOU, Maria; RAFFENNE, Jerôme; CLAISSE, Olivier; MIOT-SERTIER, Cecile; ITURMENDI, Nerea; MOINE, Virginie; COULON, Joana; DOLS-LAFARGUE, Marguerite 2018-01-01T00:00:00Z https://oskar-bordeaux.fr/handle/20.500.12278/10702 GAMMACURTA, Marine; TEMPERE, Sophie; MARCHAND, Stéphanie; MOINE, Virginie; DE REVEL, Gilles 2018-01-01T00:00:00Z https://oskar-bordeaux.fr/handle/20.500.12278/140308 MARTÍNEZ-MORENO, Alejandro; PÉREZ-ÁLVAREZ, Eva; LÓPEZ-URREA, Ramon; INTRIGLIOLO, Diego; GONZÁLEZ-CENTENO, M. Reyes; TEISSEDRE, Pierre Louis; GIL-MUÑOZ, Rocío 2022-02-01T00:00:00Z https://oskar-bordeaux.fr/handle/20.500.12278/21384 LORENTZEN, Marc P.; LUCAS, Patrick 2019-02-20T00:00:00Z https://oskar-bordeaux.fr/handle/20.500.12278/10173 COOKSON, Sarah; PRODHOMME, Duyên; CHAMBAUD, Clément; HÉVIN, Cyril; VALLS FONAYET, Josep; GODINAUD, Ghislaine; TROSSAT-MAGNIN, Claudine; RICHARD, Tristan; BORTOLAMI, Giovanni; GAMBETTA, Gregory; BROCARD, Lysiane; OLLAT, Nathalie 2019-01-01T00:00:00Z https://oskar-bordeaux.fr/handle/20.500.12278/11126 PRODHOMME, Duyên; HÉVIN, Cyril; VALLS FONAYET, Josep; FRANC, Céline; GODINAUD, Ghislaine; TROSSAT-MAGNIN, Claudine; DE REVEL, Gilles; RICHARD, Tristan; OLLAT, Nathalie; COOKSON, Sarah J. Poster 2018-01-01T00:00:00Z https://oskar-bordeaux.fr/handle/20.500.12278/111711 OLLAT, Nathalie; PRODHOMME, Duyen; CHAMBAUD, Clement; HEVIN, Cyril; VALLS FONAYET, Josep; GODINAUD, Ghislaine; TROSSAT-MAGNIN, Claudine; RICHARD, Tristan; BORTOLAMI, Giovanni; GAMBETTA, Gregory; BROCARD, Lysiane; COOKSON, Sarah Jane 2018-01-01T00:00:00Z https://oskar-bordeaux.fr/handle/20.500.12278/4238 PRODHOMME, Duyên; VALLS FONAYET, Josep; HEVIN, Cyril; FRANC, Céline; GODINAUD, Ghislaine; DE REVEL, Gilles; RICHARD, Tristan; OLLAT, Nathalie; COOKSON, Sarah 2019-01-01T00:00:00Z https://oskar-bordeaux.fr/handle/20.500.12278/78670 Composition et origine du bouquet de vieillissement des vins rouges de Bordeaux. Influences du terroir dans l'expression aromatique des vins vieux. LABOYRIE, Justine Les vins qui apportent probablement le plus de plaisir et de magie aux amateurs sont très souvent les vins dits « de garde ». Ce sont des bouteilles que l’on conserve de nombreuses années et avec lesquelles on dépose l’espoir d’une grande dégustation. A l’ouverture, le dégustateur espérera découvrir la complexité et l’élégance du bouquet de vieillissement. Ce concept olfactif, mêlant de manière harmonieuse les odeurs produites au cours du vieillissement en bouteille à celles du vin jeune, est le cadeau qu’offre les grands vins aux épicuriens patients. L’expression du bouquet serait très intimement liée aux terroirs et au millésime, révélés par le passage du temps. Ce travail de thèse est essentiellement consacré à démonter et affiner cette connaissance empirique.Dans un premier temps, le dosage de plusieurs molécules liées à la composition de la baie de raisin, aux activités fermentaires et au vieillissement a été effectué dans 80 vins issus de « verticales » de différents crus du vignoble de Bordeaux. L’analyse des résultats montrent que les crus possèdent une identité moléculaire propre malgré la variabilité due aux millésimes et aux âges des vins. La présence de dérivés terpéniques, issus du métabolisme végétal, est fondamentale dans la construction de cette identité. Cette différenciation des crus montre l’importance de la composition du raisin, exprimant un terroir, sur l’identité des vins vieux.Dans un second temps, des paramètres du terroir (statut hydrique, statut azoté et cépage par exemples) ont été confrontés aux quantités des molécules ciblées pour l’étude et mesurées par des techniques de chromatographie en phase gazeuse. Ces travaux ont nécessité le développement d’outils analytiques ainsi que la mise en place de plans expérimentaux à diverses échelles (laboratoire à unités de production viticole). Enfin, dans l’objectif d’obtenir des outils susceptibles de nous aider à prédire le potentiel de garde et l’apparition du bouquet, l’étude des précurseurs des arômes du bouquet a été entamée. Parmi les composés qui influenceraient l’expression du bouquet, le sulfure de diméthyle (DMS) présente de multiples caractères organoleptiques. Il participe à la fois au caractère « fruits frais » et « truffe » des vins vieux. L’influence de paramètres viticoles sur les teneurs en précurseurs du DMS (pDMS) a été étudiée ainsi que la modulation de ses teneurs au cours de la vie du vin. Le DMS, par le biais de la mesure de son potentiel, est largement influencé par les conditions du millésime et par la phase de maturité du raisin. Cependant, les conditions fermentaires constituent un réel enjeu sur sa préservation au cours de la vinification et donc sa gestion à la mise en bouteille. Enfin, la libération du DMS au cours du vieillissement est dépendante de la matrice puisque des interactions avec les tanins du raisin interviennent. Dans ce cadre, le comportement du DMS au cours de l’acte de dégustation a été précisé. Le DMS pourrait donc être un bon marqueur à la fois du terroir, de la gestion des fermentations mais aussi du mode de service du vin vieux. Cette thèse aborde et ouvre de nombreuses questions sur l’origine moléculaire d’autres composés d’intérêt, l’importance des conditions fermentaires ou encore l’influence des conditions de la garde des vins sur le potentiel de vieillissement et le caractère aromatique des vins vieux. https://oskar-bordeaux.fr/handle/20.500.12278/4235 LE MENN, Nicolas; VAN LEEUWEN, Cornelis; PICARD, Magali; RIQUIER, Laurent; DE REVEL, Gilles; MARCHAND, Stéphanie 2019-01-01T00:00:00Z