https://oskar-bordeaux.fr:443 Le site collecte, stocke, indexe, archive, et diffuse des documents de recherche en format numérique. 2026-07-18T18:04:30Z https://oskar-bordeaux.fr/handle/20.500.12278/6722 Diversité et caractéristiques génomiques d'Oenococcus oeni LORENTZEN, Marc Oenococcus oeni est une espèce de bactérie lactique adaptée à l'environnement hostile de la fermentation du vin. Elle montre un degré de spécialisation remarquable face au stress provoqué par le faible pH et la forte teneur en éthanol, ce qui lui permet de proliférer là où la plupart des bactéries ne survivent pas. Cette bactérie est très importante dans la production de vin, car elle réalise la fermentation malolactique, qui se produit après la fermentation alcoolique, et au cours de laquelle l'acide malique est métabolisé en acide lactique et où le vin est désacidifié. L'espèce accumule des mutations plus vite que les autres espèces de bactéries lactiques, ce qui a probablement accéléré le processus de domestication. Son degré de spécialisation a été démontré par la présence de populations spécifiques adaptées aux vins rouges ou aux vins blancs dans la même région. Dans cette étude, nous avons utilisé des approches de séquençage haut débit et de génomique pour élucider la diversité des souches d’O. oeni, identifier leurs caractéristiques génomiques et mesurer leur dispersion dans différents environnements ainsi que leur dynamique au cours des fermentations. En raison de son importance pour la vinification, plusieurs centaines de souches ont été isolées et séquencées. Dans ce travail, nous avons augmenté la collection de génomes en séquençant des souches de cidre et de kombucha et en effectuant des analyses phylogénétiques afin de clarifier la structure de la population de l'espèce. En calculant un pangénome à l'échelle de l'espèce, nous avons effectué une analyse génomique comparative afin d'explorer des gènes spécifiques à une ou plusieurs sous-populations. Avec le séquençage de nouvelle génération, nous avons produit des génomes entièrement circularisés à partir des principales sous-populations et analysé leurs arrangements génomiques. Ces nouveaux génomes ont été annotés avec de nouveaux pipelines automatiques et une curation manuelle pour la première fois depuis la publication du génome de référence PSU-1. L’évolution des communautés bactériennes au cours de la fermentation, du moût de raisin au vin fini, a été examinée par le séquençage de fragments 16S dans quatre exploitations du bordelais. À l’aide d’amorces universelles et spécifiques, nous avons comparé la biodiversité des espèces dans des vins issus d’agriculture biologique ou conventionnelle. De plus, en se basant sur les groupes phylogénétiques de souches d’O. oeni nouvellement définis, nous avons développé une méthode de qPCR pour analyser la dispersion des groupes de souches d’O. oeni et leur dynamique au cours des fermentations. Cette nouvelle méthode a également été utilisée pour analyser la diversité des souches d’O. oeni dans les vins de base de Cognac et au cours de la production de cidre, deux produits qui se distinguent des productions de vins traditionnels par la non-utilisation de sulfites. Les deux autres espèces du genre Oenococcus, O. kitaharae et O. alcoholitolerans, se retrouvent également dans les environnements de boissons fermentées. O. kitaharae ne possède pas de gène malolactique fonctionnel, mais O. alcoholitolerans, découvert plus récemment, serait capable de réaliser la réaction malolactique. Nous l’avons caractérisée, ainsi que sa tolérance aux facteurs de stress de l'environnement vin. Constatant qu'elle était incapable de survivre dans le vin, nous avons produit un génome entièrement circularisé d'O. alcoholitolerans et effectué une analyse de génomique comparative afin d'identifier les gènes d'O. oeni lui permettant de tolérer le pH et l'éthanol, ce qui manque à O. alcoholitolerans et à O. kitaharae. En conclusion, nous avons utilisé les nouvelles technologies de séquençage de nouvelle génération pour produire des génomes de haute qualité et effectuer des analyses comparatives approfondies à l’échelle de l’espèce qui nous ont permis d’identifier des gènes susceptibles d’expliquer l’adaptation d’O. oeni à l’environnement. https://oskar-bordeaux.fr/handle/20.500.12278/10704 VUILLEMIN, Marlène; GRIMAUD, Florent; CLAVERIE, Marion; ROLLAND-SABATÉ, Agnes; GARNIER, Catherine; LUCAS, Patrick; MONSAN, Pierre; DOLS-LAFARGUE, Marguerite; REMAUD-SIMEON, Magali; MOULIS, Claire 2018-01-01T00:00:00Z https://oskar-bordeaux.fr/handle/20.500.12278/172798 ELBOUTACHFAITI, Redouan; MOLINIÉ, Roland; MATHIRON, David; MAILLOT, Yannis; FONTAINE, Jean-Xavier; PILARD, Serge; QUÉRO, Anthony; BRASSELET, Clément; DOLS-LAFARGUE, Marguerite; DELATTRE, Cédric; PETIT, Emmanuel 2022-04-01T00:00:00Z https://oskar-bordeaux.fr/handle/20.500.12278/11369 CIBRARIO, Alice; MIOT-SERTIER, Cecile; RIQUIER, Laurent; DE REVEL, Gilles; MASNEUF POMAREDE, Isabelle; BALLESTRA, Patricia; DOLS-LAFARGUE, Marguerite 2020-01-01T00:00:00Z https://oskar-bordeaux.fr/handle/20.500.12278/5876 Diversité génétique et phénotypique de l’espèce Brettanomyces bruxellensis : influence sur son potentiel d’altération des vins rouges CIBRARIO, Alice Brettanomyces bruxellensis est une levure particulièrement redoutée des vinificateurs pour ses capacités d’altération organoleptique des vins. Elle est également associée à de nombreux produits fermentés et présente une importante diversité génétique en lien avec son origine écologique. L’analyse des profils microsatellites d’une collection importante d’individus (1318) d’origines géographiques variées montre une diversité génétique importante parmi les isolats de vin. Elle met notamment en évidence la coexistence d’individus diploïdes et triploïdes dans différentes régions du monde ainsi qu’à l’échelle d’un chai et d’un vin. La présence de certains génotypes dans plusieurs régions à travers le monde suggère la dispersion de cette espèce et une adaptation importante au milieu difficile qu’est le vin.La relation entre diversité génétique, matrice d’origine et traits physiologiques a été explorée. La nature des sucres utilisables pour supporter la croissance ainsi que les capacités de production de phénols volatils sont peu variables entre les souches étudiées, indépendamment de leur niveau de ploïdie ou de leur origine écologique. Néanmoins, les profils de croissance et de production de phénols volatils (vitesses et rendements) varient et traduisent des différences dans l’adaptation des souches au milieu et aux conditions d’oxygénation. Nos données suggèrent notamment une adaptation plus importante des souches triploïdes aux conditions physico-chimiques du vin. D’un point de vue pratique, l’influence de certains facteurs physico-chimiques, tels que les sucres et la température, sur le développement de B. bruxellensis dans les vins a été étudiée. Dans les vins rouges, la composition en sucres résiduels ne peut pas être considérée comme un outil de diagnostic du risque « Brett ». Néanmoins, les variations importantes de température observées dans les chais, jusqu’alors sous-estimées, pourraient expliquer en partie les phénomènes d’altération de vins rouges fréquemment observés au cours du premier été d’élevage en barrique. https://oskar-bordeaux.fr/handle/20.500.12278/26837 CIBRARIO, Alice; PERELLO, Marie-Claire; MIOT-SERTIER, Cecile; RIQUIER, Laurent; DE REVEL, Gilles; BALLESTRA, Patricia; DOLS-LAFARGUE, Marguerite 2020-07-01T00:00:00Z https://oskar-bordeaux.fr/handle/20.500.12278/72134 CIBRARIO, Alice; PEANNE, Claire; LAILHEUGUE, Marine; CAMPBELL-SILLS, Hugo; DOLS-LAFARGUE, Marguerite 2016-12-01T00:00:00Z https://oskar-bordeaux.fr/handle/20.500.12278/27131 DIMOPOULOU, Maria; CLAISSE, Olivier; DUTILH, Lucie; MIOT-SERTIER, Cecile; BALLESTRA, Patricia; LUCAS, Patrick; DOLS-LAFARGUE, Marguerite 2017-06-30T00:00:00Z https://oskar-bordeaux.fr/handle/20.500.12278/26908 DIMOPOULOU, Maria; BARDEAU, Tiphaine; RAMONET, Pierre-Yves; MIOT-SERTIER, Cecile; CLAISSE, Olivier; DOCO, Thiery; PETREL, Melina; LUCAS, Patrick; DOLS-LAFARGUE, Marguerite 2016-02-01T00:00:00Z https://oskar-bordeaux.fr/handle/20.500.12278/21312 CAMPBELL-SILLS, Hugo; EL KHOURY, Mariette; FAVIER, Marion; ROMANO, Andrea; BIASIOLI, Franco; SPANO, Giuseppe; SHERMAN, David J; BOUCHEZ, Olivier; COTON, Emmanuel; COTON, Monika; OKADA, Sanae; TANAKA, Naoto; DOLS-LAFARGUE, Marguerite; LUCAS, Patrick 2015-05-14T00:00:00Z